为支撑上海交通大学医学院附属第一人民医院（上海市第一人民医院）优势重点学科的健康快速发展，聚焦学科重点病种诊治研究方向，拟吸引、凝聚、培养一批高层次、高水平的生命科学与医学研究领域的优秀人才，打造一支高水平的专职科学研究队伍。
我院特色学科众多、影响力大，包括眼部疾病国家临床医学研究中心、泌尿外科、骨科、消化科、心内科、普外科、血液科、急诊危重病科、内分泌代谢科、放射科、临床药学科、麻醉科等，尤其是在眼部神经和血管性疾病、泌尿系统肿瘤、消化系统肿瘤、血液肿瘤、脓毒血症、代谢性疾病以及影像诊断、免疫和细胞治疗技术等领域，亟需高端优秀青年科研人才加盟，聚焦临床疾病诊疗需求和技术创新，与临床团队合作开展具有学术和临床价值的研究。
一、
人才待遇
1.薪酬：国家级人才Ａ档，年薪135万 + 20万年度奖励；国家级人才Ｂ档，年薪90万 + 12万年度奖励；课题组长年薪60-80万 + 年终绩效；青年课题组长年薪40-65万 + 年终绩效。
2.安家费：国家级人才Ａ档，安家费400-500万；国家级人才Ｂ档，安家费300万；课题组长（海外引进）安家费100万。
3.启动经费：国家级人才Ａ档，院内启动经费400-600万；国家级人才Ｂ档，院内启动经费250-400万，青年课题组长院内启动经费150万。
4.团队配置：国家级人才Ａ档，配置1-2个团队，每团队4人；国家级人才Ｂ档，配置2-4名工作人员；青年课题组长配置1名工作人员。各级各类人才招收博士后名额不限，薪酬待遇主要由医院支付。
5.其他支持：
5.1提供事业单位编制，按照上海市相关政策办理落户；
5.2为申请人子女解决本地区最优质入托或就学，全力协助解决配偶工作；
5.3依托医院优质医疗资源，提供免费医疗体检与员工就医福利。
6.科研奖励：按照《上海市第一人民医院科技奖励管理条例》规定实施。
二、
配套条件
标配办公场所、实验场所和公共实验设施设备平台。
三、
遴选标准
国家级人才Ａ档、Ｂ档走绿色通道面试、面谈；
课题组长近五年以首要第一作者（排名第一）或首要通讯作者（排名最后）在国际顶级学术期刊上发表论著1篇或者其重要子刊上发表2-3篇，并以首要通讯作者（排名最后）发表的SCI收录论著不少于5-8篇；且承担过国家级课题不少于2-3项（海外引进人才无课题硬性要求）；
青年课题组长年龄小于40周岁，近五年以首要第一作者（排名第一）或首要通讯作者（排名最后）在国际顶级学术期刊上发表论著1篇或者其重要子刊上发表1-2篇；且承担国家级课题不少于1项（海外引进人才无课题硬性要求）；
具备团队合作精神和积极主动对接临床团队、开展临床疾病为导向的转化医学研究的意愿
四、
应聘材料
个人简历（包括高中起的学习工作经历、科研经历及取得的学术成果）；
代表性论文全文，毕业证、学位证复印件；
拟开展的研究计划。
我院长期招聘优秀青年人才，符合上述条件的应聘者，将应聘材料发送至邮箱honglin.wang@sjtu.edu.cn和shiyirsc@163.com，邮件主题注明“应聘高端人才-姓名”。本招聘广告常年有效，所有材料将严格保密，不予退还，敬请理解。
上海市第一人民医院临床研究院诚聘助理研究员及博士后
（长期有效、随时面试）
一、
助理研究员招聘要求
1.1 岗位职责：
在课题组长领导下独立开展科学研究，承担实验室的日常管理以及学生的带教工作，独立申请包括国自然青年课题在内的各级各类科研基金并撰写发表学术论文。
1.2 岗位要求：
（1）获得免疫学、分子生物学、细胞生物学、生物化学、化学生物学、生物信息学、生物医学工程、材料学、药学、医学等相关专业博士学位；
（2）在国内外获得博士学位不超过三年，品学兼优，身体健康，原则上年龄在35周岁以下的非在职人员，应届生、博士后出站优先；
（3）以第一作者（排名第一）发表中科院分区2区及以上SCI论著不少于一篇。
（4）具有较强的英文听说读写能力，熟练阅读英文文献；
（5）热爱生物医学研究，工作认真严谨，有责任心，具备独立承担课题的能力，良好的沟通、协调能力，独立工作能力以及团队协作精神；
（6）遵守国家有关法律法规及上海市第一人民医院的各项规章制度。
1.3 岗位待遇：
（1）提供有竞争力的薪酬待遇，一事一议；
（2）科研奖励按照《上海市第一人民医院科技奖励管理条例》规定实施；
（3）第一聘期内科研成绩突出者可晋升为青年PI。
二、
博士后招聘要求
2.1 岗位要求：
（1）获得博士学位不超过3年，品学兼优，身体健康，年龄一般不超过35周岁；
（2）近3年以第一作者发表≥1篇本专业领域中科院SCI分区2区及以上的论著，或获得国家自然科学基金项目1项。
2.2 岗位待遇：
（1）享受五险一金；
（2）表现优秀可优先留院工作；
（3）出站留院后可申报交大医学院副研究员职称；
（4）提供有竞争力的薪酬待遇，出站评估优秀给予额外优厚奖励。
2.3 在站期间可申请项目：
在站期间可申请各级各类博士后项目。
三、
各招聘课题组概况如下
应聘材料请发送至 honglin.wang@sjtu.edu.cn 及感兴趣课题组课题组长邮箱。
附各课题组详细介绍：
一、
王宏林课题组
联系方式：honglin.wang@sjtu.edu.cn
1.简介:
王宏林 PhD
上海交通大学医学院 研究员、博士生导师
国家杰出青年基金获得者（2017）
科技部重点研发项目首席科学家（2020）
上海交通大学医学院附属第一人民医院 临床研究院 执行副院长
上海交通大学医学院附属第一人民医院 疑难疾病精准研究中心 主任
德国乌尔姆大学医学院 博士、博士后
上海交通大学 特聘教授
上海交通大学致远荣誉计划 导师
上海市特聘教授（东方学者）
上海市浦江人才计划
上海市优秀学术带头人
中国免疫学会皮肤免疫学分会 副主任委员
中华中医药学会免疫学分会 副主任委员
2.研究方向：
皮肤免疫学、神经免疫学、药物靶点发现与新药研发
3.原创性科研成果：
3.1 发现RNA病毒感染而非链球菌感染诱发银屑病的发生发展，这是银屑病病因学研究的重要突破，为银屑病的积极预防和治疗提供了全新思路；
3.2 主持研发出选择性抑制Th17细胞分化的天然候选药物小分子，该小分子获得全球自主知识产权（中国、美国、欧盟、日本授权发明专利），现已完成I期临床试验与治疗银屑病的IIa期临床试验，即将开展治疗白癜风的II期临床试验。该小分子有望成为我国自主研发、自主知识产权、First-in-Class治疗银屑病、白癜风的国家I类新药；
3.3研发一款检测人体免疫状态的流式细胞学试剂盒，可简易、快捷、准确地应用于人体外周血样本。最终的产品在只取1毫升样本、耗时1小时、针对1个主要指标的条件下，准确评估人体“免疫年龄与功能”。成果转让总金额6亿元人民币，首期付款3000万元，创上海市医疗机构专利转让首批到账金额最高记录。
4.近5年代表性文章：
1)Xiangxiao Li, Fengjiao Zhang, Libo Sun, Xiaojie Cai, Fangzhou Lou, Yang Sun, Min Gao, Zhikai Wang, Sibei Tang, Li Fan, Yue Wu, Xinping Jin, Siyu Deng, Zhenyao Xu, Xuxu Sun, Qun Li, Honglin Wang*. scRNA-seq identifies WARS1+ mesenchymal stem cells with enhanced immunomodulatory capacity and improved therapeutic efficacy. Journal of Immunology. 2024 Aug 1;213(3):257-267. doi: 10.4049/jimmunol.2300752.
2)Tang S, Zhang J, Lou F, Zhou H, Wang Z, Sun L, Sun Y, Cai X, Li X, Fan L, Jin X, Deng S, Yin Q, Wang H, Wang H*. LncRNA Dleu2-Encoding Peptide Relieves Autoimmunity by Facilitating Smad3-mediated Regulatory T Cell Induction. EMBO Rep. 2024 Mar;25(3):1208-1232. doi: 10.1038/s44319-024-00070-4. Epub 2024 Jan 30.
3)Lou F, Xu Z, Bai J, Zhao X, Cui L, Li Q, Wang H*. Identification and pre-clinical investigation of CKBA as a drug for external use to treat psoriasis. Br J Pharmacol. 2024;1-18. doi: 10.1111/bph.16253. PMID:37749894.
4)Tong J, Li Y, Cai X, Lou F, Sun Y, Wang Z, Zheng X, Zhou H, Zhang Z, Fang Z,Ding W, Deng S, Xu Z, Niu X, Wang H*. CKBA suppresses mast cell activation viaERK signaling pathway in murine atopic dermatitis. Eur J Immunol. 2023 Sep;53(9):e2350374. doi: 10.1002/eji.202350374. Epub 2023 Jul 7. PMID: 37417726.
5)Cai X, Han M, Lou F, Sun Y, Yin Q, Sun L, Wang Z, Li X, Zhou H, Xu Z, Wang H,Deng S, Zheng X, Zhang T, Li Q, Zhou B, Wang H*. Tenascin C+ papillaryfibroblasts facilitate neuro-immune interaction in a mouse model of psoriasis. Nat Commun. 2023 Apr 10;14(1):2004. doi: 10.1038/s41467-023-37798-x. PMID:37037861; PMCID: PMC10086024.
6)Wang Z, Sun Y, Lou F, Bai J, Zhou H, Cai X, Sun L, Yin Q, Tang S, Wu Y, FanL, Xu Z, Wang H, Hu X, Wang H*. Targeting the transcription factor HES1 byL-menthol restores protein phosphatase 6 in keratinocytes in models ofpsoriasis. Nat Commun. 2022 Dec 19;13(1):7815. doi: 10.1038/s41467-022-35565-y.PMID: 36535970; PMCID: PMC9763329.
7)Zhou H, Lou F, Bai J, Sun Y, Cai W, Sun L, Xu Z, Liu Z, Zhang L, Yin Q, ZhangJ, Gao Y, Wang Z, Niu L, Cai X, Deng S, Wang H, Xia L, Ginhoux F, Li Q, Wang H*. A peptide encoded by pri-miRNA-31 represses autoimmunity by promoting Treg differentiation. EMBO Rep. 2022 May 4;23(5): e53475. doi:10.15252/embr.202153475. Epub 2022 Mar 28. PMID: 35343645; PMCID: PMC9066071.
8)Yin Q, Sun L, Cai X, Lou F, Sun Y, Wang B, Jiang B, Bao L, Li X, Song N, TangS, Bai J, Wang Z, Wu Y, Zhou H, Wang H, Yu B, Li Q, Wang H*. Lidocaine Ameliorates Psoriasis by Obstructing Pathogenic CGRP Signaling‒Mediated Sensory Neuron‒Dendritic Cell Communication. J Invest Dermatol. 2022Aug;142(8):2173-2183.e6. doi: 10.1016/j.jid.2022.01.002. Epub 2022 Jan 12. PMID:35032503.
9)Chen L, Bai J, Peng D, Gao Y, Cai X, Zhang J, Tang S, Niu L, Sun Y, Lou F, Zhou H, Yin Q, Wang Z, Sun L, Du X, Xu Z, Wang H, Li Q, Wang H*. SZB120 Exhibits Immunomodulatory Effects by Targeting eIF2α to Suppress Th17 Cell Differentiation. J Immunol. 2021 Mar 1;206(5):953-962. doi:10.4049/jimmunol.2000036. Epub 2021 Jan 22. PMID: 33483349; PMCID: PMC7887737.
10)Wei Cai, Junxun Zhang, Hong Zhou, Xiangxiao Li, Fangzhou Lou, Yang Sun, Zhenyao Xu, Jing Bai, Qianqian Yin, Zhikai Wang, Libo Sun, Xiaojie Cai, Sibei Tang, Yue Wu, Li Fan, Hong Wang, Honglin Wang*, Qun Li. Protein phosphatase 6 (Pp6) is crucial for regulatory T cell function and stability in autoimmunity. Genes and diseases. 2021 Aug 17;9(2):562-575. doi: 10.1016/j.gendis.2021.07.005. eCollection 2022 Mar.
11)Niu L, Lou F, Sun Y, Sun L, Cai X, Liu Z, Zhou H, Wang H, Wang Z, Bai J, YinQ, Zhang J, Chen L, Peng D, Xu Z, Gao Y, Tang S, Fan L, Wang H*. A micropeptide encoded by lncRNA MIR155HG suppresses autoimmune inflammation via modulatingantigen presentation. Sci Adv. 2020 May 20;6(21): eaaz2059. doi:10.1126/sciadv. aaz2059. PMID: 32671205; PMCID: PMC7314557.
12)Lou F, Sun Y, Xu Z, Niu L, Wang Z, Deng S, Liu Z, Zhou H, Bai J, Yin Q, CaiX, Sun L, Wang H, Li Q, Wu Z, Chen X, Gu J, Shi YL, Tao W, Ginhoux F, Wang H*. Excessive Polyamine Generation in Keratinocytes Promotes Self-RNA Sensing by Dendritic Cells in Psoriasis. Immunity. 2020 Jul 14;53(1):204-216.e10. doi: 10.1016/j.immuni.2020.06.004. Epub 2020 Jun 17. PMID: 32553276.
13)Danhong Peng, Linjiao Chen, Yang Sun, Libo Sun, Qianqian Yin, Siyu Deng, Liman Niu, Fangzhou Lou, Zhikai Wang, Zhenyao Xu, Conghui Wang, Li Fan, Hong Wang, Honglin Wang*. Melanoma suppression by quercein is correlated with RIG-I and type I interferon signaling. Biomedicine & Pharmacotherapy. 2020 May:125: 109984. doi: 10.1016/j.biopha.2020.109984. Epub 2020 Feb 25.
5.承担的课题：
团队自2009年组建以来，获得国家自然科学基金杰出青年基金、科技部重点研发计划计划、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金重大研究计划、国家自然科学基金面上项目等多项资助，总经费逾4200万。
6.授权专利：
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二、
董淑娴课题组
联系方式：dongshuxian@sjtu.edu.cn
1. 简介:
董淑娴 PhD
上海交通大学医学院 研究员、博士生导师
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
国家海外优秀青年科学基金获得者（2021）
科技部重点研发计划青年项目首席科学家（2021）
上海市浦江人才
美国爱因斯坦医学院副研究员，博士后
美国斯隆凯特琳癌症中心博士后
2.研究方向：
干细胞调控生物学、衰老
3.原创性科研成果：
3.1 发现了分子伴侣介导的自噬（CMA）在造血干细胞激活及衰老中的关键调控作用；
3.2 创新性的构建了展示分子伴侣介导的自噬(CMA)的荧光报告小鼠,并成功分析了CMA活性在体内的时空变化；
3.3 揭示了蛋白酶体降解系统和溶酶体降解系统的相互作用，发现蛋白酶体激活因子REGγ可以通过调控去乙酰化酶SirT1 而调节巨自噬 (Macro-autophagy) 的开关，从而达到调控肝脏脂肪代谢的目的。
4.近5年代表性文章：
1)Dong S, Wang Q, Kao YR, Diaz A, Tasset I, Kaushik S, Zintiridou A, Nieves E, D’Angelo A, Will B, Cuervo AM. Chaperone-mediated autophagy sustains hematopoietic stem cell function. Nature, 2021, 591(7848): 117-123.
2)Dong S, Aguirre-Hernandez C, Scrivo A, Eliscovich C, Arias E, Bravo-Cordero JJ, Cuervo AM. Monitoring spatiotemporal changes in chaperone-mediated autophagy in vivo. Nature Communication, 2020.
3)Wei, Q., Pinho, S., Dong, S. et al. MAEA is an E3 ubiquitin ligase promoting autophagy and maintenance of haematopoietic stem cells. Nat Commun 12, 2522 (2021).
4)Gomez-Sintes R, Xin Q, Jimenez-Loygorri JI, McCabe M, Diaz A, Garner TP, Cotto-Rios XM, Wu Y, Dong S, Reynolds CA, Patel B, de la Villa P, Macian F, Boya P, Gavathiotis E, Cuervo AM. Targeting NCoR-RARainteraction activates chaperone-mediated autophagy and protects against retinal degeneration. Nat Commun. 2022 Jul 21;13(1):4220.
5)Kaushik S, Juste YR, Lindenau K, Dong S, Macho-González A, Santiago-Fernández O, McCabe M, Singh R, Gavathiotis E, Cuervo AM. Chaperone-mediated autophagy regulates adipocyte differentiation. Sci Adv. 2022 Nov 18;8(46):eabq2733.
6)Shuxian Dong, Britta Will, Ana Maria. Cuervo. Chaperone-mediated autophagy sustains hematopoietic stem cell function. Blood. Volume 134, Issue Supplement_1. November 13 2019
7)Lianlui S, Guangjian F, Peipei S, Xiaoying Q, Shuxian D., et al., Regulation of energy homeostasis by the ubiquitin-independent REGgamma proteasome. Nat Commun, 2016. 7: p. 12497
8)Yarui An, Ying Fu, Danqin Lu, Ya Wang, Wenji Bi, Zhiai Xu, Dong S., Zhang S. , et al., A TiO2-Au-polymer hybrid system for photoelectrochemical immunoassay of SirT1. J. Mater. Chem. B, 2014,2, 1644-1652
9)Dong S., Jia C., Zhang S., Fan G., Li Y., Shan P., Sun L., Xiao W., Li L., Zheng Y., et al., The REGgamma Proteasome Regulates Hepatic Lipid Metabolism through Inhibition of Autophagy. Cell Metab, 2013. 18(3): p. 380-91.
5.承担的课题：
1.2021年度科技部国重点研发青年项目首席科学家：2021YFA1102300，499万
2.2021年度国家海外优秀青年基金项目，300万
3.2021年度浦江人才（A类）计划项目：21PJ1412200，30万
4.2023年国家自然科学基金面上项目 82270169，2023.01-2026.12，52万，项目负责人
5.2023年上海市原创探索项目 23ZR1480500，2023.04-2026.03, 50万，项目负责人
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三、
蒋冬生课题组
联系方式：dongsheng.jiang@shgh.cn
1.简介：
蒋冬生 PhD
上海交通大学医学院 研究员、博士生导师
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
国家海外优秀青年科学基金获得者（2021）
上海领军人才海外青年项目获得者（2021）
新加坡国立大学 学士
新加坡国立大学 博士
德国乌尔姆大学 博士后
德国亥姆霍兹慕尼黑研究中心，再生生物和医学研究所 青年PI、副所长
2.研究方向：
创面愈合与再生、疤痕形成机制与疤痕修复
3.原创性科研成果：
1）从成纤维细胞异质性的角度阐释了疤痕的成因，为预防疤痕的形成提供了全新的治疗思路（Nat Cell Biol 2018）；
2）修正了疤痕形成的传统观念，开创性地揭示了皮下筋膜是疤痕组织的主要来源（Nature 2019）；
3）用活体成像技术展示疤痕的形成过程和其细胞分子机制，为疤痕研究提供了一个全新的时空维度视角（Nat Commun 2020）；
4）建立创面和疤痕组织外植体模型和转基因小鼠模型，优化了疤痕机制研究过程中涉及体内、外实验的模型（Nat Commun 2023）。
4.近5年代表性文章：
1) Correa-Gallegos D#, Jiang D#, Christ S, Ramesh P, Ye H, Wannemacher J, Kalgudde Gopal S, Yu Q, Aichler M, Walch A, Mirastschijski U, Volz T, Rinkevich Y. (2019). Patch repair of deep wounds by mobilized fascia. Nature 576(7786): 287-292.
2)Jiang D, Correa-Gallegos D, Christ S, Stefanska A, Liu J, Ramesh P, Rajendran V, De Santis MM, Wagner DE, Rinkevich Y. (2018). Two succeeding fibroblastic lineages drive dermal development and the transition from regeneration to scarring. Nat Cell Biol 20(4): 422-431.
3)Kalgudde Gopal S#, Dai R#, Stefanska AM, Ansari M, Zhao J, Ramesh P, Bagnoli J W, Correa-Gallegos D, Lin Y, Christ S, Angelidis I, Lupperger V, Marr C, Davies LC, Enard W, Machens HG, Schiller HB*, Jiang D*, Rinkevich Y*. (2023). Wound infiltrating adipocytes are not myofibroblasts. Nat Commun 14: 3020.
4)Jiang D, Christ S, Correa-Gallegos D, Ramesh P, Kalgudde Gopal S, Wannemacher J, Mayr CH, Lupperger V, Yu Q, Ye H, Mück-Häusl M, Rajendran V, Wan L, Liu J, Mirastschijski U, Volz T, Marr C, Schiller HB, Rinkevich Y. (2020). Injury triggers fascia fibroblast collective cell migration to drive scar formation through N-cadherin. Nat Commun 11: 5653.
5)Jiang D, Singh K, Muschhammer J, Schatz S, Sindrilaru A, Makrantonaki E, Qi Y, Wlaschek M, Scharffetter-Kochanek K. (2020). MSCs rescue impaired wound healing in a murine LAD1 model by adaptive responses to low TGF-beta1 levels. EMBO Rep 21(4): e49115.
至今60篇SCI论文: https://orcid.org/0000-0003-0961-2671
5.承担的课题：
团队于2023年12月组建，获得国家海外优秀青年科学基金、上海领军人才（海外）等项目资助。
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四、
王俊课题组
联系方式：jwang03@sibs.ac.cn
1.简介
王俊 PhD
上海交通大学医学院 研究员、博士生导师
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
国家高层次青年人才（2022）
广东省自然科学基金杰青（2021）
中国科学院 博士
美国劳伦斯伯克利国家实验室、美国肯塔基大学博士后
2.研究方向
黏膜免疫、黏膜修复、炎癌转变
3.原创性科研成果
3.1 发现感染促进新生儿肝脏自身免疫性B细胞前体扩增诱导胆道闭锁，美罗华可有效修复患儿肝脏免疫稳态（Cell, 2020）。
3.2 发现胞内cAMP浓度缺乏是各种儿童炎症性肠病发病的共通机制, 通过使用一种泛PDE抑制剂潘生丁可有效治疗儿童炎症性肠病 （Cell, 2019）。研究成果获得2019年中国医学重大进展。
4.近5年代表性文章 (#第一作者；*通讯作者)
1)JunWang#, YanhuiXu#, ZhanghuaChen#, JiankunLiang#, ZefengLin#, HuiyingLiang#, YipingXu, QiWu, XuanjieGuo, JunliNie, BingtaiLu, BingHuang, HuifangXian, XiaohuiWang, QiangWu, JixiaoZeng, ChengweiChai, MeixueZhang, YuzhenLin, LiZhang, ShanmeiziZhao, YanluTong, XiaoqiongGu, LiangZeng, Zhuang-guiChen,ShuhongYi, TongZhang, DavidDelfouneso, YanZhang, StephenLNutt, AndrewMLew, LiweiLu, FanBai*, HuiminXia*, ZheWen*andYuxiaZhang*. Liverimmuneprofilingrevealspathogenesisandtherapeuticsforbiliaryatresia.Cell, 2020, 187(7):1867-1883.
2)BingHuang# , ZhanghuaChen# , LanlanGeng#, JunWang#, HuiyingLiang#, YujiaCao, HuanChen, WanmingHuang, MeilingSu, HanqingWang, YanhuiXu, YukunLiu, LuB, HuifangXian, HuiwenLi, HuilinLi, LuRen, JingXie, LipingYe, HongliWang, JunhongZhao, PeiyuChen, LiZhang, ShanmeiziZhaoS, TingZhang, BanglaoXu, DiChe, WenyueSi, XiaoqiongGu, LiangZeng , YongWang , DingyouLi, YifanZhan, DavidDelfouneso, AndrewM. Lew, JunCui, WaiHo. Tang, YanZhang, SitangGong*, FanBai*, MinYang*, YuxiaZhang*. MucosalProfilingofPediatric-OnsetColitisandIBDRevealsCommonPathogenicsandTherapeuticPathways. Cell, 2019;179(5):1160-1176.
3)HuahuaXu, GuihongPan, JunWang*. Repairingmechanismsfordistalairwayinjuriesandrelatedtargetedtherapeuticsforchroniclungdiseases. CellTransplantation, 2023, 32:1-16.
4)BingtaiLu#, MingLiu#, JunWang#, HuifengFan#, DiyuanYang, LiZhang, XiaoqiongGu, JunliNie, ZhenjunChen, AlexandraJ. Corbett, MichaelJ. Zhan, ShengboZhang, VanessaL. Bryant, AndrewM. Lew, JamesMcCluskey, Hai-binLuo, JunCui, YuxiaZhang*, YifanZhan*, GenLu*. IL-17 productionbytissue-residentMAITcellsislocallyinducedinchildrenwithpneumonia. MucosalImmunol., 2020; 13(5):824-835.
5)DalongSun, JingChen, LongziLiu, GuangxiZhao, PingpingDong, BingruiWu, JunWang*, LingDong*. Establishmentofa 12-geneexpressionsignaturetopredictcoloncancerprognosis. PeerJ, 2018, 6:e4942.
5.承担的课题
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五、
王义平课题组
联系方式：yiping.wang1@shgh.cn
1.简介:
王义平 PhD
上海交通大学医学院 副研究员
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
国家优秀青年科学基金获得者（2023）
复旦大学 博士
哈佛大学/麻省总医院 博士后
中国科协青年人才托举工程
上海市青年科技启明星
2.研究方向：
细胞代谢与人类疾病
3.原创性科研成果：
3.1 肿瘤细胞感知代谢物调控线粒体生物发生以维持能量稳态；
3.2 线粒体代谢重塑调控细胞应激和表观遗传促进肿瘤发生发展；
4.近5年代表性文章：
1)Weiwei Yan#, Chengmei Xie#, Sijun Sun#, Quan Zheng#, Jingyi Wang, Zihao Wang, Cheuk-Him Man, Haiyan Wang, Yunfan Yang, Tianshi Wang, Leilei Shi, Shengjie Zhang*, Chen Huang*, Shuangnian Xu*, Yi-Ping Wang*.SUCLG1 restricts POLRMT succinylation to enhance mitochondrial biogenesis and leukemia progression. EMBO Jounal, 2024 已接收
2)Yi-Ping Wang, Azeem Sharda, Shuang-Nian Xu, Nick van Gastel, Cheuk Him Man, Una Choi, Wei Zhong Leong, Xi Li, David T Scadden*. Malic enzyme 2 connects the Krebs cycle intermediate fumarate to mitochondrial biogenesis. Cell Metab. 2021 May 4;33(5):1027-1041.e8
3)Wei-Wei Yan, Yun-Liu Liang, Qi-Xiang Zhang, Di Wang, Ming-Zhu Lei, Jia Qu, Xiang-Huo He, Qun-Ying Lei, Yi-Ping Wang*. Arginine methylation of SIRT7 couples glucose sensing with mitochondria biogenesis. EMBO Reports. 2018 Dec;19(12). pii: e46377
4)Xing-Yu Zhong, Xiu-Ming Yuan, Ying-Ying Xu, Miao Yin, Wei-Wei Yan, Shao-Wu Zou, Li-Ming Wei, Hao-Jie Lu, Yi-Ping Wang*, Qun-Ying Lei*. CARM1 Methylates GAPDH to Regulate Glucose Metabolism and Is Suppressed in Liver Cancer. Cell Reports. 2018 Sep 18;24(12):3207-3223
5)Yi-Ping Wang*, Jin-Tao Li, Jia Qu, Miao Yin, Qun-Ying Lei*. Metabolite sensing and signaling in cancer. J Biol Chem. 2020 Aug 14;295(33):11938-11946
5.承担的课题：
团队自2023年组建以来，获得国家自然科学基金优秀青年基金、国家自然科学基金面上项目、科技部重点研发计划、上海市自然科学基金等多项资助，总经费逾700万。
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六、
卢鹏飞课题组
联系方式：pengfei.lu@sjtu.edu.cn
（本课题组同时招聘技术员，详情请联系课题组长）
1.简介:
卢鹏飞 PhD
上海交通大学医学院 研究员、博士生导师
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
国家海外优秀青年科学基金获得者
上海市领军人才（海外）
上海市浦江人才
美国爱因斯坦医学院 副研究员
美国爱因斯坦医学院 博士后
中科院上海生化细胞所 博士
山东大学 学士
2.研究方向：
心血管发育与疾病
3.原创性科研成果：
3.1 揭示冠状血管发育与再生修复机制，为冠状动脉疾病的防治提供理论基础；
3.2 阐明先天性二叶式主动脉瓣的致病机理，并实现宫内发育畸形纠正，为先天性疾病的预防和治疗提供了全新思路；
3.3 发现心肌细胞异质性，为心脏心肌损伤修复治疗奠定基础。
4.近5年代表性文章：
1)Pengfei Lu*, Yidong Wang*, Yang Liu, Yifeng Wang, Bingruo Wu, Deyou Zheng, Richard P Harvey, Bin Zhou. Perinatal angiogenesis from pre-existing coronary vessels via DLL4-NOTCH1 signalling. Nature Cell Biology. 2021 Sep;23(9):967-977. (* Co-first author)
2)Pengfei Lu#, Bingruo Wu, Yidong Wang, Megan Russell, Yang Liu, Daniel J Bernard, Deyou Zheng, Bin Zhou#. Prerequisite endocardial-mesenchymal transition for murine cardiac trabecular angiogenesis. Developmental Cell. 2023 May 8; 58, 791-805. (# Co-corresponding author)
3)Pengfei Lu, Bingruo Wu, Xuhui Feng, Wei Cheng, Richard N Kitsis, Bin Zhou. Cardiac Myosin Heavy Chain Reporter Mice to Study Heart Development and Disease. Circulation Research. 2022 Aug 5;131(4):364-366.
4)Pengfei Lu*, Ping Wang*, Bingruo Wu, Yidong Wang, Yang Liu, Wei Cheng, Xuhui Feng, Xinchun Yuan, Miriam M Atteya, Haleigh Ferro, Yukiko Sugi, Grant Rydquist, Mahdi Esmaily, Jonathan T Butcher, Ching-Pin Chang, Jack Lenz, Deyou Zheng, Bin Zhou. A SOX17-PDGFB Signaling Axis Regulates Aortic Root Development. Nature Communications. 2022 Jul 13;13(1):4065. (* Co-first author)
5)Pengfei Lu#, Bingruo Wu, Yidong Wang, Jingran Zhang, Bin Zhou#. A sandwiched ventricular explant assay to model mouse coronary angiogenesis ex vivo. STAR Protocols. 2023 Oct 27;4(4):102619. (# Co-corresponding author)
6)Yidong Wang*, Pengfei Lu*, Bingruo Wu, Bernice E Morrow, Bin Zhou. NOTCH maintains developmental cardiac gene network through WNT5A. Journal of Molecular and Cellular Cardiology. 2018 Dec;125:98-105. (* Co-first author)
7)Huahua Liu*, Pengfei Lu*, Shan He, Yuru Luo, Yuan Fang, Sonia Benkaci, Bingruo Wu, Yidong Wang, Bin Zhou. β-Catenin regulates endocardial cushion growth by suppressing p21. Life Science Alliance. 2023 Jun 29;6(9):e202302163. (* Co-first author)
5.承担的课题：
团队自2023年组建以来，获得中组部、国家自然科学基金、上海市等科研项目资助。
1. 中组部，海外优青，2024-2026，在研，主持
2. 国家自然科学基金委员会，面上项目，2024-2027，在研，主持。
3. 上海市委组织部，领军人才计划（海外），2023-2026，在研，主持
4. 上海市科委，浦江人才计划，2023-2025，在研，主持
5. 上海市第一人民医院，启动经费，2023-2027，在研，主持
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七、
陈思思课题组
联系方式：sisichen@shsmu.edu.cn
1.简介:
陈思思 PhD
上海交通大学医学院 研究员、博士生导师
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
国家海外优秀青年科学基金获得者
上海市领军人才（海外）
上海市浦江人才
纪念斯隆-凯特琳癌症中心 博士后
哈佛大学医学院 博士后
美国印第安纳大学医学院 博士
2.研究方向：
造血干细胞与血液肿瘤
3.原创性科研成果：
3.1 重要基因突变调控造血干细胞自我更新以及克隆性造血的分子机制
3.2 驱动衰老相关的克隆性造血发生的重要内源和外源因素
3.3 血液肿瘤发生的机制及靶向策略
4.近5年代表性文章：
1)Chen S#, Vedula RS#, Navarro AC#, Lu B, Hogg SJ, Wang E, Benbarche S, Knorr K, Kim WJ, Stanley RF, Cho H, Erickson C, Singer M, Cui D, Tittley S, Durham BH, Pavletich T, Fiala E, Walsh MF, Inoue D, Monette S, Taylor J, Rosen N, McCormick F, Lindsley RC, Castel P, Abdel-Wahab O. Impaired proteolysis of non-canonical RAS proteins drives clonal hematopoietic transformation. Cancer Discovery. 2022 Jul 29;12(10):2434-2453. doi:10.1158/2159-8290.CD-21-1631.
2)North K#, Benbarche S#, Liu B, Pangallo J, Chen S, Stahl M, Bewersdorf JP, Stanley RF, Erickson C, Cho H, Pineda JMB, Thomas JD, Polaski JT, Belleville AE, Gabel AM, Udy DB, Humbert O, Kiem HP, Abdel-Wahab O, Bradley RK. Synthetic introns enable splicing factor mutation-dependent targeting of cancer cells. Nature Biotechnology. 2022 Jul;40(7):1103-1113. doi: 10.1038/s41587-022-01224-2.
3)Chen S, Abdel-Wahab O. Splicing regulation in hematopoiesis. Current Opinion in Hematology. 2021 Jul 1;28(4):277-283. doi: 10.1097/MOH.0000000000000661.
4)Chen S, Benbarche S, Abdel-Wahab O. Splicing factor mutations in hematologic malignancies. Blood. 2021 Jun;138(8):599-612. doi:10.1182/blood.2019004260.
5)Inoue D#, Polaski JT#, Taylor J#, Castel P, Chen S, Kobayashi S, Hogg SJ, Hayashi Y, Pineda JMB, El Marabti E, Erickson C, Knorr K, Fukumoto M, Yamazaki H, Tanaka A, Fukui C, Lu SX, Durham BH, Liu B, Wang E, Mehta S, Zakheim D, Garippa R, Penson A, Chew GL, McCormick F, Bradley RK, Abdel-Wahab O. Minor intron retention drives clonal hematopoietic disorders and diverse cancer predisposition. Nature Genetics. 2021 May;53(5):707-718. doi: 10.1038/ s41588-021-00828-9.
6)Chen S, Yu H, Gao R, Nabinger SC, Kobayashi M, Yao C, Liu SZ, Yoder MC, Kapur R, Broxmeyer HE, Gao Z, and Liu Y. Mutant p53 Drives Clonal Hematopoiesis through Modulating Epigenetic Pathway. Nature Communications. 2019 Dec 11;10(1):5649. doi: 10.1038/ s41467-019-13542-2.
7)Chen S and Liu Y. p53 involvement in clonal hematopoiesis of indeterminate potential. Current Opinion in Hematology. 2019 Jul;26(4):235-240. doi:10.1097/MOH.0000000000000509.
8)Chen S, Gao R, Yao C, Kobayashi M, Liu SZ, Yoder MC, Broxmeyer HE, Kapur R, Boswell HS, Mayo LD, and Liu Y. Genotoxic stresses promote the clonal expansion of hematopoietic stem cells expressing mutant p53. Leukemia. 2018 Mar;32(3):850-854. doi:10.1038/leu.2017.325.
9)Cai Z, Kotzin JJ, Ramdas B, Chen S, Nelanuthala S, Palam LR, Pandey R, Mali RS, Liu Y, Kelley MR, Sandusky G, Mohseni M, Williams A, Henao-Mejia J, Kapur R. Inhibition of Inflammatory Signaling in Tet2 Mutant Preleukemic Cells Mitigates Stress-Induced Abnormalities and Clonal Hematopoiesis. Cell Stem Cell. 2018 Dec 6;23(6):833-849.e5. doi:10.1016/j.stem.2018.10.013.
5.承担的课题：
课题组自2023年组建以来，获得中组部、上海市等人才项目资助。
1.国家海外优秀青年科学基金，中组部，2024-2026，在研，主持。
2.上海市领军人才（海外），上海市委组织部，2024-2026，在研，主持。
3.上海市白玉兰人才计划浦江项目，上海市科委，2023-2025，在研，主持。
4.上海市第一人民医院启动经费，2023-2027，在研，主持。
5.Leukemia & Lymphoma Society Career Development Award, 2021-2024，在研，主持。
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八、
周鲁明课题组
联系方式：l.zhou13@imperial.ac.uk
lumingzhou86@gmail.com
1.简介:
周鲁明 PhD
上海交通大学医学院 研究员
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
国家海外优秀青年科学基金获得者
上海市领军人才计划
英国伦敦帝国理工学院医学院 博士后
德国图宾根大学医学院Hertie研究所 博士
2.研究方向：
神经损伤与修复、神经免疫学、衰老神经生物学
3.原创性科研成果：
3.1 发现CXCL13依赖性CD8+ T细胞与背根神经节（DRG）神经元交互在老年小鼠坐骨神经再生衰退中的重要作用，并利用CXCL13特异性抗体治疗显著提升了坐骨神经的再生与功能修复，填补了干预手段逆转衰老导致神经再生退化的空白；
3.2 在神经内源性再生机制方面，阐明了在DRG神经元再生过程中发挥重要作用的组蛋白乙酰化与代谢调控机制。
4.近5年代表性文章：
1)Zhou, L., Kong, G., Palmisano, I., Cencioni, M.T., Danzi, M., De Virgiliis, F., Chadwick, J.S., Crawford, G., Yu, Z., and De Winter, F. (2022). Reversible CD8 T cell–neuron cross-talk causes aging-dependent neuronal regenerative decline. Science 376, eabd5926.
2)Serger, E., Luengo-Gutierrez, L., Chadwick, J.S., Kong, G., Zhou, L., Crawford, G., Danzi, M.C., Myridakis, A., Brandis, A., and Bello, A.T. (2022). The gut metabolite indole-3 propionate promotes nerve regeneration and repair. Nature 607, 585-592.
3)Müller, F. *, De Virgiliis, F. *, Kong, G. *, Zhou, L. *, Serger, E., Chadwick, J., Sanchez-Vassopoulos, A., Singh, A.K., Eswaramoorthy, M., and Kundu, T.K. (2022). CBP/p300 activation promotes axon growth, sprouting, and synaptic plasticity in chronic experimental spinal cord injury with severe disability. PLoS biology 20, e3001310. (*co-first author)
4)Kong, G.*, Zhou, L.*, Serger, E., Palmisano, I., De Virgiliis, F., Hutson, T.H., Mclachlan, E., Freiwald, A., La Montanara, P., and Shkura, K., Puttagunta R., Di Giovanni S. (2020). AMPK controls the axonal regenerative ability of dorsal root ganglia sensory neurons after spinal cord injury. Nature Metabolism 2, 918-933. (*co-first author).
5)De Virgiliis, F., Hutson, T.H., Palmisano, I., Amachree, S., Miao, J., Zhou, L., Todorova, R., Thompson, R., Danzi, M.C., and Lemmon, V.P. (2020). Enriched conditioning expands the regenerative ability of sensory neurons after spinal cord injury via neuronal intrinsic redox signaling. Nature Communications 11, 1-16.
6)Hervera, A.*, Zhou, L.*, Palmisano, I., McLachlan, E., Kong, G., Hutson, T.H., Danzi, M.C., Lemmon, V.P., Bixby, J.L., Matamoros‐Angles, A., Forsberg K., De Virgiliis F., Matheos D.P., Kwapis J., Wood M.A., Puttagunta R., Del Rio Ja., Di Giovanni S. (2019). PP4‐dependent HDAC3 dephosphorylation discriminates between axonal regeneration and regenerative failure. The EMBO journal 38. (*co-first author).
7)De Virgiliis, F., Hutson, T.H., Palmisano, I., Amachree, S., Miao, J., Zhou, L., Todorova, R., Thompson, R., Danzi, M.C., and Lemmon, V.P., Bixby J.L., Wittig I., Shah A.M., Di Giovanni S. (2020). Enriched conditioning expands the regenerative ability of sensory neurons after spinal cord injury via neuronal intrinsic redox signaling. Nature Communications 11, 1-16.
8)Palmisano, I., Danzi, M.C., Hutson, T.H., Zhou, L., McLachlan, E., Serger, E., Shkura, K., Srivastava, P.K., Hervera, A., and O’Neill, N., Liu T., Dhrif H., Wang Z., Kubat M., Wuchty S., Merkenschlager M., Levi L., Elliott E., Bixby J.L., Lemmon V.P., Di Giovanni S. (2019). Epigenomic signatures underpin the axonal regenerative ability of dorsal root ganglia sensory neurons. Nature Neuroscience 22, 1913-1924.
9)Hutson, T.H., Kathe, C., Palmisano, I., Bartholdi, K., Hervera, A., De Virgiliis, F., McLachlan, E., Zhou, L., Kong, G., and Barraud, Q., Danzi M.C., Medrano-Fernandez A., Lopez-Atalaya J.P., Boutillier A.L., Sinha S.H., Singh A.K., Chaturbedy P., Moon L.D.F., Kundu T.K., Bixby J.L., Lemmon V.P., Barco A., Courtine G., Di Giovanni S. (2019). Cbp-dependent histone acetylation mediates axon regeneration induced by environmental enrichment in rodent spinal cord injury models. Science Translational Medicine 11, eaaw2064.
10)Hervera, A., De Virgiliis, F., Palmisano, I., Zhou, L., Tantardini, E., Kong, G., Hutson, T., Danzi, M.C., Perry, R.B.-T., and Santos, C.X., Kapustin A.N., Fleck R.A., Del Rio J.A., Carroll T., Lemmon V.P., Bixby J.L., Shah A.M., Fainzilber M., Di Giovanni S. (2018). Reactive oxygen species regulate axonal regeneration through the release of exosomal NADPH oxidase 2 complexes into injured axons. Nature Cell Biology 20, 307-319.
5.承担的课题：
团队预计于2024年初正式组建运行。目前获得国家自然科学基金面上项目1项。
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九、
孔德平课题组
联系方式：deping.kong@shsmu.edu.cn
1.简介:
孔德平 PhD
上海交通大学医学院 副研究员、硕士生导师
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
上海市青年科技启明星（2021）
中国科学院大学 博士
天津医科大学 博士后
中国生理学会循环委员会 委员
中国药理学会心血管药理委员会 青年委员
2.研究方向：
血管免疫学、血管代谢生物学
3.科研成果：
3.1 结合非激素类消炎药NSAID临床应用中存在的心血管问题，解析COX-2下游脂质代谢产物前列腺素D2在炎症与心血管稳态的相关研究。对合理使用NSAID提供了理论依据，也为筛选抗心血管疾病的第三代NSAID提供了潜在靶点。
3.2 聚焦代谢性炎症与血管稳态的基础医学与临床转化研究，围绕代谢和免疫在病理状态下相互作用的调控网络，从RNA多样性层面挖掘血管重构的异质性新靶点。
4.代表性文章：
1)Kong D*#, Liu J#, Lu J#, Chen H, Duan Z, Ke Yu, Zheng X, Zou P, Zhou L, Zeng C, Lv Y, Zeng Q, Lu L, Li L, He Y*. HMGB2 Release Promotes Pulmonary Hypertension and Predicts Severity and Mortality of Patients with Pulmonary Arterial Hypertension. Arterioscler Thromb Vasc Biol. doi: 10.1161/ATVBAHA.123.319916. (2024)
2)Wu H, Lu Y, Duan Z, Wu J, Lin M, Wu Y, Han S, Li T, Fan Y, Hu X, Xiao H, Feng J, Lu Z*, Kong D*, Li S*. Nanopore long-read RNA sequencing reveals functional alternative splicing variants in human vascular smooth muscle cells. Commun Biol. 6(1):1104. (2023 )
3)Kong D#*; YuY* ; Prostaglandin D2 signaling and cardiovascular homeostasis, J Mol Cell Cardiol,167: 97-105(2022)
4)Kong D#, Wan Q#, Li J, et al, Yu Y*. DP1 activation reverses age-related hypertension via NEDD4L-mediated T-bet degradation in T Cells. Circulation. 141(8):655-666 (2020)
5)He Y#, Zuo C#, Jia D#, Bai P#, Kong D#, Chen D#, Liu G, et al, Wang J*, Lyu A*, Shen Y*, Yu Y*. Loss of DP1 aggravates vascular remodeling in pulmonary arterial hypertension via mTORC1 signaling. Am J Respir Crit Care Med. doi: 10.1164/rccm.201911-2137OC. (2020)
6)Li J#, Kong D#, Wang Q#, Wu W#, Tang Y, et al, Wang L*, Yu Y*. Niacin ameliorates ulcerative colitis by activation of D prostanoid receptor 1. EMBO Mol Med. 9(5):571-588 (2017)
7)Kong D, Li J, Shen Y, et al, Yu Y*. Niacin promotes cardiac healing after myocardial infarction through activation of myeloid Prostaglandin D2 receptor subtype 1. J Pharmacol Exp Ther. 360:435-444 (2017).
8)Kong D, Shen Y, Zuo S, et al, Yu Y*. PKA regulatory IIa subunit is essential for PGD2-mediated resolution of inflammation. J Exp Med. 213:2209-26 (2016).
5.承担的课题：
团队自2020年组建以来，获得获得医院启动经费、国家自然科学基金面上基金、专项基金和上海市科委项目等多项资助。
1）糖酵解醛缩酶ALDOA及其乳酰化修饰调控肺动脉高压中血管重塑的作用和机制研究(国家自然科学基金委员会, 专项项目, 82241018, 2023.01 - 2025.12, 50万元);
2）NEDD4L下调介导的IRS4积累在心肌梗死中的作用及机制研究 (国家自然科学基金委员会, 面上项目, 82170253, 2022.01-2025.12, 58万元);
3）E3泛素连接酶NEDD4L在心肌梗死中的作用及机制研究 (上海市科学技术委员会, 上海市自然科学基金原创探索类项目, 21ZR1481200, 2021.07-2024.06, 50万元)。
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十、
李胜利课题组
联系方式：shengli.li@sjtu.edu.cn
1.简介:
李胜利 PhD
上海交通大学医学院 副研究员、硕士生导师
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
上海市青年科技启明星
上海市领军人才（海外）
美国德州大学休斯顿健康科学中心 博士后
复旦大学 博士
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会 委员
中国生物信息学会（筹）重大疾病组学信息学专委会 委员
2.研究方向：
计算生物学与生物信息学、蛋白质翻译及调控、肿瘤发生与精准医疗
3.原创性科研成果：
3.1 解析了肿瘤RNA转录本图谱，识别了大量未注释的RNA转录本（如AC092803-u1）,构建了RNA结合蛋白-转录本-抗肿瘤药物关系网络（如PTBP1-KIAA1522-a6-Decitabine）,并识别了癌症类型特异的RNA标志物；
3.2 提出了基于蛋白质组的胃食管结合部肿瘤的三种分子分型，并识别了不同分子亚型特异的潜在药物靶点。
4.近5年代表性文章：
1)Hu W, Wu Y, Shi Q, Wu J, Kong D, Wu X, He X, Liu T, Li S*. Systematic characterization of cancer transcriptome at transcript resolution. Nat Commun. 2022 Nov 10;13(1):6803. PMID:36357395.
2)Shi Q, Liu T, Hu W, Chen Z, He X, Li S*. SRTdb: an omnibus for human tissue and cancer-specific RNA transcripts. Biomark Res. 2022 Apr 26;10(1):27. PMID: 35473935.
3)Wu H, Lu Y, Duan Z, Wu J, Lin M, Wu Y, Han S, Li T, Fan Y, Hu X, Xiao H, Feng J, Lu Z, Kong D, Li S*. Nanopore long-read RNA sequencing reveals functional alternative splicing variants in human vascular smooth muscle cells. Commun Biol. 2023 Oct 31;6(1):1104. PMID: 37907652
4)Li S, Yuan L, Xu Z, Xu J, Chen G, Guan X, Pan G, Hu C, Dong J, Du Y, Yang L, Ni M, Jiang R, Zhu X, Lv H, Xu H, Zhang S, Qin J, Cheng X. Integrative proteomic characterization of adenocarcinoma of esophagogastric junction. Nat Commun. 2023 Feb 11;14(1):778. PMID: 36774361.
5)Li S, Hu Z, Zhao Y, Huang S, He X. Transcriptome-wide analysis reveals the landscape of aberrant alternative splicing events in liver cancer. Hepatology. 2019 Jan;69(1):359-375.
6)Li S, Li Y, Chen B, Zhao J, Yu S, Tang Y, Zheng Q, Li Y, Wang P, He X, Huang S. exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D106-D112. PMID: 30053265.
7)Li S, Zhang J, Huang S, He X. Genome-wide analysis reveals that exon methylation facilitates its selective usage in the human transcriptome. Brief Bioinform. 2018 Sep 28;19(5):754-764. PMID: 28334074.
8)Feng J, Wu H, Li S*. Noncanonical translation of circRNAs drive antitumor immunity. Trends Cancer. 2024 Jan 18:S2405-8033(24)00006-2. PMID: 38242823.
9)Liu Y, Hu W, Xie Y, Tang J, Ma H, Li J, Nie J, Wang Y, Gao Y, Cheng C, Li C, Ma Y, Su S, Zhang Z, Bao Y, Ren Y, Wang X, Sun F, Li S*, Lu R. Single-cell transcriptomics enable the characterization of local extension in retinoblastoma. Commun Biol. 2024 Jan3;7(1):11. PMID: 38172218.
10)Wu Y, Xu M, Feng Z, Wu H, Wu J, Ha X, Wu Y, Chen S, Xu F, Wen H, Li S*, Wu X. AUF1-induced circular RNA hsa_circ_0010467 promotes platinum resistance of ovarian cancer through miR-637/LIF/STAT3 axis. Cell Mol Life Sci. 2023 Aug 17;80(9):256. PMID: 37589744.
11)Li C, Wu H, Guo L, Liu D, Yang S, Li S*, Hua K. Single-cell transcriptomics reveals cellular heterogeneity and molecular stratification of cervical cancer. Commun Biol. 2022 Nov 10;5(1):1208. PMID: 36357663.
12)Zhang J, Li S#, Zhang L, Xu J, Song M, Shao T, Huang Z, Li Y. RBP EIF2S2 promotes tumorigenesis and progression by regulating MYC-mediated inhibition via FHIT-related enhancers. Mol Ther. 2020 Apr 8;28(4):1105-1118. PMID: 32059763.
13)Zhang J, Li S#, Zhang J. Docetaxel resistance-derived LINC01085 contributes to the immunotherapy of hormone-independent prostate cancer by activating the STING/MAVS signaling pathway. Cancer Lett. 2022 Oct 1:545:215829. PMID: 35868534.
14)Shen M, Li S#, Zhao Y, Liu Y, Liu Z, Huan L, Qiao Y, Wang L, Han L, Chen Z, He X. Hepatic ARID3A facilitates liver cancer malignancy by cooperating with CEP131 to regulate an embryonic stem cell-like gene signature. Cell Death Dis. 2022 Aug 25;13(8):732. PMID: 36008383.
15)Chen Z, Li S#, Shen M, Lu X, Bao C, Chen D, Ding J, Wang Q, Huang S, Cong W, Han L, He X. The Mutational and transcriptional landscape of hepatocarcinogenesis in a rat model. iScience. 2020 Oct 15;23(11):101690. PMID: 33163943.
16)Xu J, Wang Z, Li S#, Chen J, Zhang J, Jiang C, Zhao Z, Li J, Li Y, Li X. Combinatorial epigenetic regulation of non-coding RNAs has profound effects on oncogenic pathways in breast cancer subtypes. Brief Bioinform. 2018 Jan 1;19(1):52-64. PMID: 27742663.
17)Ruan H, Xiang Y, Ko J, Li S#, Jing Y, Zhu X, Ye Y, Zhang Z, Mills T, Feng J, Liu C, Jing J, Cao J, Zhou B, Wang L, Zhou Y, Lin C, Guo A, Chen X, Diao L, Li W, Chen Z, He X, Mills G, Blackburn M, Han L. Comprehensive characterizationof circular RNAs in ~1000 human cancer cell lines. Genome Med. 2019 Aug 26;11(1):55. PMID: 311446897.
5.承担的课题：
6.软件著作权：
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十一、
林达课题组
联系方式：da.lin@shgh.cn
1.简介
林达 PhD
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI
第三届博士后创新人才支持计划（2018）
2.研究方向：
肿瘤基因组学、三维基因组学、单细胞组学
3.原创性研究成果
3.1 开发了一系列新型染色质空间构象捕获及基因组结构变异检测技术，其中包括针对大量细胞的DLO Hi-C（Nature Genetics，2018），针对微量细胞的DLO Hi-C 2.0（JGG，2020），针对单细胞的sciDLO Hi-C（Nature Communications，2022）。Nature Genetics专门发表评论文章，对DLO Hi-C方法给予较高评价。
3.2 利用DLO Hi-C系列技术，解析了巨噬细胞分化及免疫活化过程中染色质空间构象重塑和表观修饰重编程，拓展了疾病易感基因，发掘了新的药物治疗靶点，寻找到了新的潜在治疗药物。
3.3 基于肿瘤基因组三维结构特征，开发了多重基因组结构异常及ecDNA检测方法MGA-Seq，并绘制了肾癌组织中ecDNA互作网络（Genome Biology，2023）。
4.近5年代表性文章：
1)Da Lin#, Ping Hong#, Siheng Zhang, Weize Xu, Muhammad Jamal, Keji Yan, Yingying Lei, Liang Li, Yijun Ruan, Zhen F. Fu, Guoliang Li*, Gang Cao*, Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture, Nature Genetics, 2018, 50(5): 754-763. (5-year IF: 39.321) (亮点文章，Nature genetics同期评论文章专题报道)。
2)Da Lin*#, Yanyan Zou#, Xinyu Li, Jinyue Wang, Qin Xiao, Xiaochen Gao, Fei Lin, Ningyuan Zhang, Ming Jiao, Yu Guo, Zhaowei Teng, Shiyi Li, Yongchang Wei, Fuling Zhou, Rong Yin, Siheng Zhang, Lingyu Xing, Weize Xu, Xiaofeng Wu, Bing Yang, Ke Xiao, Chengchao Wu, Yingfeng Tao, Xiaoqing Yang, Jing Zhang, Sheng Hu, Shuang Dong, Xiaoyu Li, Shengwei Ye, Zhidan Hong, Yihang Pan, Yuqin Yang, Haixiang Sun*, Gang Cao*, MGA-seq: robust identification of extrachromosomal DNA and genetic variants using multiple genetic abnormality sequencing, 2023, Genome Biology. (5-year IF: 17.4)
3)Da Lin#, Weize Xu#, Ping Hong#, Chengchao Wu, Zhihui Zhang, Siheng Zhang, Lingyu Xing, Bing Yang, Wei Zhou, Qin Xiao, Jinyue Wang, Cong Wang, Yu He, Xi Chen, Xiaojian Cao, Jiangwei Man, Aikebaier Reheman, Xiaofeng Wu, Xingjie Hao, Zhe Hu, Chunli Chen, Zimeng Cao, Rong Yin, Zhen F. Fu, Rong Zhou, Zhaowei Teng, Guoliang Li*, Gang Cao*, Decoding the Spatial Chromatin Organization and Dynamic Epigenetic Landscapes of Macrophage Cells During Differentiation and Immune Activation, Nature Communications, 2022 Oct 4;13(1):5857. (5-year IF: 17.763)
4)Zhihui Zhang, Chengchao Wu, Khaista Rahman, Weize Xu, Guoliang Li*, Da Lin*, Gang Cao*, Robust capturing chromosome conformation using the DLO Hi-C 2.0 method, Journal of Genetics and Genomics, 2020, 47(10): 655-658.
5)Da Lin, Siheng Zhang, Zhihui Zhang, Weize Xu, Ping Hong, Guoliang Li, Gang Cao, The "toolbox" for chromatin conformation capture (in Chinese), SCIENTIA SINICA Vitae, 2020, 50(5): 497-505.
5.承担的课题
先后主持国自然面上项目（2024）、国自然青年项目（2019）、博士后创新人才支持计划（2018）、博士后一等面上资助（2018）等基金项目多项。
6.授权专利：
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十二、
施雷雷课题组
联系方式：leilei.shi@shgh.cn
1. 简介:
施雷雷 PhD
上海交通大学医学院附属第一人民医院 课题组长、PI、博士生导师
上海市浦江人才
2.研究方向：
生物活性光敏剂、多肽水凝胶材料
3. 原创性科研成果：
3.1 分子靶向光敏剂。本团队突破传统光敏剂在应用过程中遇到的瓶颈问题，例如O2含量、自由基清除以及激光光源等的限制，先后开发了四代光敏剂，尤其是最新一代的自发光分子靶向光敏剂能够在低氧状态下，通过病灶部位特殊生理生化特征的刺激下能够驱动光敏剂自发光产生氧自由基；
3.2 生物大分子药物透皮递送。皮肤角质层的屏障作用使得药物透皮速率和渗透量难以满足治疗的需求，是开发透皮给药制剂的重大障碍，尤其是大分子生物药类。针对生物大分子透皮递送领域的难题，研究团队通过大量的筛选，设计出了具备高透皮性能的新型多肽水凝胶材料，可高效透皮递送功能核酸、功能蛋白等生物大分子药物。
4.近5年代表性文章：
1)Leilei Shi, Peng Zhang, Xiaoxiao Liu, Yuzhen Li, Wenbo Wu, Xihui Gao*, and Bin Liu*. “An Activity-Based Photosensitizer to Reverse Hypoxia and Oxidative Resistance for Tumor Photodynamic Eradication” Advanced Materials, 34 (2022), 202206659. (IF: 32.086, 1区)
2)Leilei Shi, Xiaoxiao Liu, Yuzhen Li, Sha Li, Wenbo Wu, Xihui Gao*, and Bin Liu*. “Living Bacteria-Based Immuno-Photodynamic Therapy: Metabolic Labeling of Clostridium Butyricum for Eradicating Malignant Melanoma” Advanced Science, 9 (2022), e2105807. (IF: 17.521, 1区)
3)Leilei Shi, Wenbo Wu, Yukun Duan, Li Xu, Sha Li, Xihui Gao*, and Bin Liu*. “Carrier-Free Hybrid DNA Nanoparticles for Light-induced Self-Delivery of Functional Nucleic Acid Enzymes” ACS Nano, 15 (2021), 1841-1849. (IF: 18.027, 1区)
4)Leilei Shi, Wenbo Wu, Yukun Duan, Li Xu, Yingying Xu, Lidan Hou, Xiangjun Meng, Xinyuan Zhu, and Bin Liu*. “Light Induced Self-Escape of Spherical Nucleic Acid from Endo/Lysosome for Efficient Non-Cationic Gene Delivery” Angew. Chem. Int. Ed., 59 (2020), 19168-19174. (IF: 16.823, 1区)
5)Leilei Shi, Fang Hu, Yukun Duan, Wenbo Wu, Jinqiao Dong, Xiangjun Meng, Xinyuan Zhu, Bin Liu*. “Hybrid Nanospheres to Overcome Hypoxia and Intrinsic Oxidative Resistance for Enhanced Photodynamic Therapy.” ACS Nano, 14 (2020), 2183-2190. (IF: 18.027, 1区)
6)Lianfeng Fan, Chuanjiang Jian, Ling Li, Li Wang, Xuejiao Song, Minjia Wang, Chutong Liu, Xiaoxiao Liu, Shidang Xu, Xihui Gao*, Xianjie Shi, Miaomiao Yuan*, Bin Liu*, Leilei Shi*, “A Bioactive Photosensitizer for Hypoxia-Tolerant Molecular Targeting-Photo-Immunotherapy of Malignant Tumor”, Advanced Functional Materials, 2023, 202313755. (IF:19.0, 1区)
7)Yu T...