1896年，清政府刑部左侍郎李端棻上奏《推广学校》一折，建议自京师以及各省府州县皆设学堂。10月，盛宣怀向清朝政府正式上奏《条陈自强大计折》，附奏《请设学堂片》，禀明两江总督刘坤一，拟在上海捐地开办南洋公学，经费由轮电两局捐输，聘请何嗣焜出任总理。12月得到光绪皇帝准允。至此，标志南洋公学正式创立。因学堂地处南洋（当时称江、浙、闽、广等地为南洋），参考西方学堂经费“半由商民所捐，半由官助者为公学”，故定名为南洋公学。南洋公学初建时以培养高端法政人才为办学目标，先设师范院、外院、中院、上院四院，继设铁路班、特班、政治班、译书院、东文学堂等。
1897年，盛宣怀呈奏《筹建南洋公学及达成馆舍》一折，提出南洋公学及达成馆均可由轮电两局集捐筹办。聘请张焕纶为中文总教习，福开森为监院。在上海徐家汇赁屋办学。首批招考师范生30名，于4月8日开学，按五层格进行培养。11月9日外院开办，由师范生担任教习。师范生自编《蒙学课本》，风行中国国内。何嗣焜拟定公学第一份办学章程——《南洋公学章程》。招商局认捐规银6万两，电报局认捐规银4万两，作为办学经费。
1905年，学校改隶商部，改校名为商部上海高等实业学堂，始以培养高级工程技术与管理人才为目标。
1906年秋，学校工科之始——铁路工程班成立。
邮传部上海高等实业学堂
1907年改隶邮传部，易校名为邮传部上海高等实业学堂。同年10月，学校的第一个工程专科，即学制3年的铁路专科正式成立。
1908年夏，学校增设电机专科，为中国高等学校最早设立的电机系科。
1909年，邮传部上海高等实业学堂船政科成立，后于1911年改为邮传部上海高等商船学堂。
1910年，学校建立电机实验室，同年秋，定“勤、俭、敬、信”四字为校训。
1911年，在辛亥革命的高潮声中，唐文治宣布学校改名为南洋大学堂，监督改称校长。该时期学校经费困难，唐文治提出自己减薪一半，师生同心，以维持教学。唐文治还著《人格》一书作为国文教材。该时期孙中山莅校演讲，全校师生开始共同致力于兴建中国实业。
民国茁壮
1912年，学校改隶北京国民政府交通部，更名为交通部上海工业专门学校。并将铁路科改为土木科，电机科改为电气机械科。[11]
交通部上海工业专门学校
1918年3月，学校又增设铁路管理科，这是中国设立该科之开端，开创了工管结合的先河，是中国近代高等教育史上的一个创举。[11]
1921年，叶恭绰任北洋政府交通总长时，将交通部所属三所高校（上海、北京及唐山）统一更名为交通大学。学校定名为交通大学上海分校，并在全国率先成立董事会，校长亦由董事会选举产生。叶恭绰当选为校长，张铸为沪校主任，凌鸿勋和张廷金为副主任。学校在原有电机科外又增设了机械科。
1922年，由于政局变动，叶恭绰出走，学校改为交通部南洋大学。此后校长多次变换，直到1924年底凌鸿勋再次任校长，学校才有了进一步的发展。该时期仍设置电机、机械和铁路管理三科，而土木科已调归唐山学校。学校在该期间又新建成体育馆和调养室，并于1926年创办了中国高校最早的工业研究所。[12]
交通大学上海学校
1927年，北伐胜利，北洋政府垮台，南京政府成立。国民政府交通部接管南洋大学。学校改组为第一交通大学，设立校务委员会。并第一次招收女生，实行男女同校。附中、附小脱离学校，另组私立南洋模范中小学。
1928年10月，南京国民政府改组，增设铁道部。学校移归铁道部管辖，将设在上海、唐山、北平三处的交通大学各学院合并，统称铁道部交通大学，分上海本部、北平铁道管理学院和唐山土木工程学院。校长由铁道部部长孙科兼任，副校长由黎照寰兼任。不久，黎又被任命为专职校长。该时期学校经费充裕，校舍建设和系科建设都得到较快发展，校园面积也扩大到近500亩。其间，学校先后成立了科学学院、管理学院、土木工程学院、机械工程学院、电机工程学院和中国文学系、外国文学系，由此形成了以工为重点，理为基础，兼重管理的教学体系。
1930年春，学校将“工业研究所”扩充为“交通大学研究所”，设工业和经济两大研究部，分材料、设计、机械、电气、物理、化学、社会经济、实业经济、交通、管理、会计和统计共12个研究组。从1931年起正式招收研究生。[13-14]
1937年8月1日，学校划归教育部，名为国立交通大学。八·一三事变爆发后学校迁至上海法租界继续办学。
国立交通大学(上海本部)[11]
日军侵占上海租界后，国立交通大学总部从上海转移到重庆九龙坡。该时期，交大开展院系建设。重庆商船专科学校并入交大组建造船等新专业。1943年，交通大学电信研究所成立，是解放前中国培养工学硕士最多的单位。[15-16]
1945年10月，抗日战争胜利后，重庆交大总校师生分批复员上海。
1946年，国民党挑起内战。沪校与渝校会合，教学秩序得以恢复。广大师生投入到反对内战的斗争之中。在通货膨胀、经济困难与“白色恐怖”之中，学校仍坚持改进教学，并增设电信管理、电信技术两专修科。
至1949年1月，学校共有理、工、管理3个学院，18个学系，2个专修科和1个研究所。
1949年5月27日，中国人民解放军解放上海，并于同年6月15日接管交通大学。[11]
开辟新程
1952年，全国进行大规模院系调整，交大由10个系、1个专修科调整为机械、电机、造船3大类、7个系；开办工农速中和工农调干生班、开展学习苏联经验的教学改革，走按专业培养专门人才的道路。
1955年，由于东南沿海局势紧张，党中央、国务院决定将交通大学分由上海迁往西安。同年，交通大学汽车专业调出组建长春汽车拖拉机学院（现吉林大学汽车工程学院）。[17-21]
1956年7月1日，以交通大学和大连工学院造船系为基础的上海造船学院在交通大学原址成立；同月，交通大学调整设有机械制造系、动力机械系、运输起重系、电工器材制造系、电力工程系5个系，马列主义教研组以及教务处下设的物理、化学、数学、俄文、体育、工程画、材料力学、理论力学、机械原理、机械零件、电工原理等11个教研组。8月25日，根据周恩来总理“交大迁校，必须留一个机电底子，以为南洋公学之续”的指示精神，又在交大校址成立了南洋工学院筹备委员会。同年，交通大学电讯工程系调出组建成都电讯工程学院（现电子科技大学）。[21-24]
1957年，由于国际形势趋于缓和，根据交通大学的实际情况和上海、西安两地的建设需要，国务院决定交通大学的大部分专业及师生迁往西安，作为交通大学的西安部分；小部分留在上海并与原上海造船学院及筹办中的南洋工学院合并，作为交通大学的上海部分，两部分为一个学校，一个系统，统一领导。[157]
交通大学上海部分
1959年3月，中央下发《关于在高等学校中指定一批重点学校的决定》，将西安交通大学和上海交通大学共同列为全国16所重点学校之列。这是官方第一次明确地把交通大学西安部分和上海部分称为西安交通大学和上海交通大学。[25][157]
1959年7月31日，国务院批准交通大学上海部分、西安部分分别独立为两所学校。同年，经国务院批准，交通大学上海部分正式定名为上海交通大学。
1961年2月6日，中央决定上海交大划归国防科委直接领导，同时受教育部及上海市委领导。
1970年2月15日，学校划归第六机械工业部领导。[2][11]
1978年10月，由上海交通大学、上海市第一机电工业局、第二机电工业局、上海造船工业局、上海交通运输局、华东电业管理局和上海市长宁区人民政府联合创办上海交通大学机电分校（现上海工程技术大学）。[134]
1981年11月26日，经国务院批准，上海交通大学成为全国首批博士和硕士学位授予单位。[26]
1982年9月17日，教育部、中国船舶工业总公司下达通知：国务院正式批准，将中国船舶工业总公司所属上海交通大学移交给教育部领导，实行教育部与上海市双重领导，以教育部领导为主。
上海交通大学
1984年，邓小平同志亲切接见了上海交通大学校领导和师生代表。同年6月10日，上海交大被列为国务院批准的第一批国家重点发展的高等院校。同年试办研究生院。[16]
1985年开始闵行校区建设。[2]
1994年11月，上海交大和欧洲管理发展基金会签署合同，共办中欧国际工商学院。[27][126]
1995年12月，上海交大被列为国家“211工程”重点建设院校。[28]
1996年，经国家验收合格首批正式成立研究生院。[16]
1999年7月，学校被列为国家“985工程”重点建设院校。9月1日，学校举行庆祝上海农学院并入上海交通大学暨上海交通大学农学院成立大会。[11]
2001年，首批获准试办国家示范性软件学院。同年，上海海洋水下工程科学研究院并入学校。[29-30]
2002年，经教育部批准，成立中国高校首个海外研究生院——上海交通大学新加坡研究生院（2019年7月注册成立）。[31]
2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并组建新的上海交通大学[32]，成立了由教育部、上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院。
2006年，首批入选国家“111计划”。
2007年， 成为研究生培养机制改革首批试点高校之一。[33]
2009年4月，上海市人民政府依托学校成立上海交通大学上海高级金融学院[34]；同月，被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。5月，进入教育部、农业部合作共建全国八所涉农高校行列。同年，入选国家“珠峰计划”。[35-36]
2010年6月，入选教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”高校。10月，主办21世纪学术联盟第4届总会。[37-38]
2012年5月，入选国家首批卓越法律人才教育培养计划。11月，入选教育部、卫生部第一批“卓越医生教育培养计划“高校。[39-41]
2014年，入选国家“2011计划”。同年，入选国家首批卓越农林人才教育培养计划项目试点高校。[42-43]
上海交大—南加州大学文化创意产业学院
2015年10月29日，上海交大-南加州大学文化创意产业学院揭牌成立。[44][116]
2016年4月8日，在纪念上海交通大学建校120周年之际，1947届校友江泽民同志专程为母校发来贺信。[45]同月，学校入选首批国家双创示范基地。[46]
2017年9月，入选国家“双一流”建设高校；上海交通大学医学院成立儿科学院，中国历史最悠久的医学院儿科系正式升格为国内规模最大的儿科学院。11月，学校获评第一届全国文明校园。[47]
2018年3月，入选教育部首批新工科研究与实践项目。4月，经国务院学位委员会批准，学校成为首批学位授权自主审核单位。6月，首批入选上海高等学校一流本科建设引领计划[48]；同月，学校联合招商银行共建金融业首个AI实验室。[49-51]11月，成为医学“双一流”建设联盟成员。[9]12月2日，上海交通大学宁波人工智能研究院成立。[203]
2019年2月，学校与中国国家博物馆签订战略合作协议；同月，被教育部认定为首批高等学校科技成果转化和技术转移基地。4月，首批入选上海高等学校一流研究生教育引领计划。5月，发起成立长三角研究型大学联盟。9月，入选一流网络安全学院建设示范项目高校；发起成立长三角高校智库联盟。11月，学校与国家电力投资集团有限公司签署深化战略合作协议。12月，入选全国首批教育融媒体试点单位。[52-59]
2020年6月8日，上海交通大学重庆研究院在重庆两江新区正式揭牌。[60]7月30日，上海交通大学内蒙古研究院在呼和浩特市正式揭牌。[61]8月，学校与中国船舶集团有限公司签署全面战略合作协议。[62]9月2日，上海交通大学应急管理学院成立暨上海交通大学与上海市应急管理局战略合作签约仪式举行。[63]9月28日，上海交通大学政治经济研究院成立。[64]10月16日，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权示范高校。[65]11月，学校入选“赋予科研人员职务科技成果所有权或长期使用权试点单位”；[66]同月，上海交通大学教育学院成立。[67]12月29日，上海交通大学国家电投智慧能源创新学院成立。[68]
2021年1月17日，加入长三角文化遗产保护与文化资源共享研究联盟。[69]4月，上海交通大学国家安全研究院正式成立。[107]4月23日，发起组建“长三角可持续发展大学联盟”[109]。5月，“上海交通大学-建水紫陶联合研究中心”签约揭牌[110]；同月，上海交通大学-德尔股份“先进材料联合研发中心”签约揭牌[111]；同月，获批教育部首批未来技术学院。[112]6月30日，上海交通大学在徐汇校区隆重举行学校第一个党团支部纪念碑落成仪式。[118]
2022年7月30日，首届上海交大中银科技金融高峰论坛成功举办，新成立的上海交通大学中银科技金融学院在本届峰会中举行了揭牌仪式。[135]8月，加入全球中文学习联盟。[138]9月1日，上海交通大学附属黄浦实验中学、上海交通大学附属黄浦实验小学举行揭牌仪式。[140]9月24日，上海交通大学绍兴新能源与分子工程研究院揭牌仪式在浙江绍兴举行。[143]12月1日，上海交通大学举行国家卓越工程师学院成立大会。[155]
交通大学
2023年3月，上海交通大学国家电投智慧能源创新学院碳中和发展产学研智创中心揭牌成立。[159]3月28日，上海交通大学联合发起组建国际传播学会中国理事会成立。[161]4月7日，上海交通大学牵头组建的磁共振诊疗高端技术国家工程研究中心揭牌仪式在闵行校区唐仲英楼举行。[163]4月8日，联合成立“中国大学创意写作联盟”。[162]5月18日，上海交通大学医学院消化科学院正式揭牌成立。[166]5月26日，由上海市教委指导，复旦大学、上海交通大学、华东师范大学等8所高校共同发起倡议成立上海高校教师教学发展联盟。[167]7月，上海交通大学21世纪马克思主义研究院正式揭牌成立。[173]8月15日，“绿动全球，氢启未来”：上海交通大学绿氢产融发展论坛暨绿氢产融研究中心成立大会在上海交通大学长宁校区举办，上海交通大学绿氢产融研究中心正式揭牌。[176]9月18日，上海交通大学郑州研究院揭牌。[177]9月25日，发起成立全国增材制造行业产教融合共同体并担任副理事长单位。[178]10月，上海交通大学“主动健康战略与发展研究院”正式成立。[180]11月4日，发起成立建构复杂系统管理中国自主知识体系大学联盟。[181]12月1日消息，上海交通大学新校区即将落户崇明陈家镇东滩地区。[182]12月21日上午，上海交通大学思源研究院成立。[183]12月23日，上海交通大学无锡碳中和动力技术研究院揭牌仪式在锡山举行。[184]12月27日，上海交通大学智能传播研究院成立。[185]
鸟瞰交通大学
2024年1月，中华医学会发布《关于2023年中华医学科技奖奖励的决定》，上海交通大学医学院9个项目以第一完成单位获得医学科学技术奖。[186-187]3月23日，上海交通大学合肥肿瘤早筛创新技术研究院完成正式揭牌。[188]3月31日，上海交通大学集成电路学院揭牌成立。[190]4月7日，上海交通大学心理学院宣布成立。[191]4月，上海交通大学医工交叉期刊联盟成立。[193]4月20日，上海交通大学宣布成立人工智能学院。[194]7月2日，上海交通大学南通先进技术研究院揭牌。[197]7月，上海交通大学智能计算研究院揭牌成立。[200]同月，中国红十字会总会与上海交通大学签署《战略合作框架协议》，上海交通大学红十字应急救护培训教室揭牌。[201]7月31日，中国安全生产科学研究院-上海交通大学战略合作签约仪式在上海交大闵行校区文博楼举行。
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