工厂内有不同部门，各部门之间必须协调合作才能发挥整体功能。工厂最主要的部分是制造产品的现场，这里安装了生产工具，还有操作员进行加工或生产制造。
制造时使用的材料或零组件，需要对外采购。对于加工组装型的工厂，材料费用有时占生产成本的六到八成。所以，能够取得更便宜材料与零组件的厂商，就可以提高利润。
如果材料与零组件采购动作太慢，就会导致生产机器闲置，并且浪费人力。因此，采购对工厂的毛利率有很大影响。
工厂生产的物品要销售出去，才能成为公司的营业额。而这部分工作就销售”的任务。但前提是必须有订单进来，否则制造现场便“无事可做”。所以，销售部门也是公司经营中非常关键的部分。
由此可见，工厂经营的主要流程为“采购”→“制造”→“销售”。
还有一个重要工作流程，那就是“开发、设计”→“制造”的纵向流程。必须有人持续开发、设计更好更新的产品，再交由制造部门进行生产、销售部门把产品卖出去，公司才能赚到钱。
许多现代时尚产品的流行周期越来越短，厂商必须不断推出新产品，才能吸引顾客青睐。所以，“开发、设计”的重要性愈来愈高。
对于制造业而言，与廉价进口商品对抗的最好方法就是进行产品升级。如此一来，开发与设计能力便更加重要，甚至可以说是企业存亡的关键。
开发与设计部门提供的信息（产品规格、生生产方法等），不仅对制造部门有用，在采购、销售乃至于维修时也能派上用场。
前述纵向与横向两个流程可以说是工厂经营的主要架构，工厂经营者必须随时检查这两部分运作是否顺畅、有没有缺点，必要时加以修正。而判断是否需要改进的依据则是质量、成本与财务状况。
质量管理与成本控管部门的主要工作是，掌握制造活动的实际数据，据此检查产品的质量与成本是否符合要求，若发现问题就对责任人发出警告。
财务部门则负责整理经营绩效，向股东与税务机关提出报告。
最后，经营战略、经营计划部门，负责了解环境市场变化，拟定工厂未来经营方向。
至于“人事部门”，则负责确保足够质量的员工，员工得到充足的培训，并且想办法提升员工士气，维护其安全与健康。
此外，有些公司还有设备维护与建立信息系统的部门等等。
很多公司會尽可能推行精益生產管理，精益生产的核心之一是消除浪费（Muda）。通过识别和消除生产过程中不增值的活动，如过度生产、等待时间、运输、库存等，工厂各部门可以更高效地协同工作，减少不必要的资源消耗。精益生产也强调流程的连续性和流动性。通过精益工具如价值流图（Value Stream Mapping），可以清晰地识别各部门间的工作流和瓶颈，促使各部门协作改进流程，减少等待时间和冗余步骤。