大多数养殖场对消毒剂的选择及使用还存在一定盲区，不规范的使用消毒剂不仅起不到杀灭病原微生物的作用，甚至会对畜禽机体造成一定伤害，严重时导致动物传染病的发生，造成一定的经济损失，影响畜禽业的健康发展。
畜禽养殖中，消毒剂的种类有很多，同一种消毒剂，又有很多商品名称。养殖户在购买消毒剂时要认清其“通用名称”或主要化学成分。我们现根据消毒剂的主要成分将其分为以下几类：
通常在选择消毒剂时，要考虑多方面因素
消毒对象：不同的消毒对象，选取不同的消毒剂，比如有些消毒剂虽然有很强的杀灭病原微生物的能力，但腐蚀性极强，不能用于带畜消毒；有些刺激性小的消毒剂又不适合空气熏蒸消毒。因此，消毒前首先要明确消毒对象，再考虑消毒剂种类。
消毒方式：消毒对象确定好后，再考虑选取消毒的方式，常见消毒方式有喷洒、浸泡、喷雾、冲洗、熏蒸等。不同的消毒方式针对的消毒对象也有所不同。喷洒、喷雾多用于圈舍、场地、墙面的消毒；浸泡多用于器具、衣物等物品的消毒；熏蒸多用于密闭环境的消毒等。
总之，消毒剂在选用时，除了考虑其对各种病原体的杀灭作用和杀灭能力外，消毒剂的性质稳定性、环境适应性、水溶性、渗透性、腐蚀性、刺激性、环保性也应考虑周全后再定夺。
影响消毒剂效力的主要因素
即使考虑综合因素后选择了最佳的消毒剂，但如果使用不当，也会影响消毒效果。因此，使用者应当充分了解各种消毒剂适宜环境，以达到最佳消毒效果。
①pH值：一般说来，化学消毒剂的pH值在小于3或大于10时消毒效力会上升，pH值的变化不仅能够改变消毒剂的溶解度，解离程度和分子结构，也能改变病原微生物的生存环境，进而影响生长情况。
②温度：温度是影响消毒剂效力的重要因素之一。一般说来，消毒剂的消毒速度随温度升高而加快，并且温度越高，消毒效力越强。
③有机物：常见有机物主要以血液、脓液、痰液、粪便等形式出现，能够附着在微生物表面，形成一层保护层，影响消毒剂的效力。甚至有些有机物能够中和一部分消毒剂，降低消毒剂作用浓度。
④稀释液：消毒剂配制时，稀释液的选取对消毒剂的作用效力也有影响。养殖场大多选用自来水作为稀释液，但是不同地区水的质量也有所不同，比如水的硬度、水内微生物含量、矿物质等会影响消毒效果。因此，使用前请参考说明书建议用稀释液配制消毒剂。
消毒程序建议
消毒前，建议彻底清扫污物，如畜禽排泄物、分泌物、体表脱落物、饲料残渣、以及其他有机物等污物。彻底的清洁是有效消毒的前提。
常规消毒程序是：污物的彻底清扫-畜禽舍清扫-高压水枪冲洗（从屋顶、墙壁、门窗至地面）-干燥-喷雾消毒（喷雾器喷头高举空中，喷嘴向上喷出雾粒。雾粒直径大小应控制在80~120μm，喷雾药物用量在5~25mL/m3）/-干燥-必要时甲醛熏蒸畜禽舍-密闭2天-通风-进畜禽，整个消毒过程控制在7~15天才可认为消毒程序完成。