1757年，乾隆灭了准噶尔汗国以后，正式将西域纳入清朝版图。为了彰显故土新归之意思，所以将这里取名为新疆。
为了管理好这片地区，乾隆于1762年在伊犁设立了伊犁将军，作为整个新疆的最高统帅。此外还在塔城设立参赞大臣，在阿克苏设立办事大臣，用军府制的方式来管理新疆。
1878年，左宗棠击败阿古柏，收复新疆以后，便一再上书希望清廷在新疆设省，按照行省制的方式来管理新疆。最终1884年，也就是光绪十年，新疆终于得以设省。那么问题来了，为啥拖了100多年，新疆才设省呢？
军府制的管理略显混乱
乾隆收复新疆以后，虽然在这里采取了军府制的方式来统治新疆，可由于这里地广人稀，外加特殊的民族成分，所以管理起来依旧相对混乱。
新疆东部靠近内地的汉人聚居地，清朝在这里采取了和内地一样的州县制。但新疆北部蒙古人、哈萨克人的聚居地，则采取了和喀尔喀蒙古一样的扎萨克制。至于南疆回族、塔族的聚居地，则采取了他们过去的伯克制。
这么一套复杂的管理制度，注定了管理起来会非常混乱。尤其是那些对新疆不太了解的伊犁将军，压根就无从下手。
清朝强盛时期，这种管理制度的问题还没有凸显出来，毕竟执行力比较强。清廷也针对新疆的这些地方势力，做出过改革。比如说伯克制，失去了世袭的资格，只能由清廷决定继承者，而且他们做事，必须要得到当地参赞大臣的监督。
这些做法，对新疆的稳定的确有很不错的效果，而且这么做，也大大加强了中原王朝对新疆的管理效率。
不过，等到清朝逐步衰败以后，新疆各地的王公、伯克们，表面上依旧尊清朝为主，实际上则在各自的地盘上当起了土皇帝，而且各位土皇帝们，为了争夺地盘，甚至会大打出手。
再加上大小和卓的后裔们，不断滋扰新疆的安宁，因此清朝衰败后，军府制已经很难继续管理好新疆了。
中亚军阀、沙俄对新疆虎视眈眈
新疆是一块宝地，不光清朝知道，周围其他邻居们也非常清楚。尤其是七河流域，绝对是中亚数一数二的宝地。
因此，无论是中亚的浩罕汗国，还是北方的沙俄，对新疆早已是垂涎三尺。
1862年，沙俄出兵进入巴尔喀什湖以东以南地区，这里是我们的哈萨克牧民长期放牧的地方，结果却被沙俄给强占了。
他们的人马一路推进到了伊犁和塔城附近，在当地守军的顽强抗争下，沙俄才停下了脚步。到了1864年，沙俄逼着清廷签订了《勘分西北界约记》，将外西北44万平方公里的土地给割走了。这里面包括了大量七河流域的地盘，全部都是宝地。
不得不说，沙俄是真有眼光，看中的都是好地方。
就在沙俄割走外西北大片土地的第二年，1865年，中亚浩罕汗国的一个叫阿古柏的伯克，带着本部人马冲入了新疆。
他的人马先占据了南疆全境，后夺取了北疆大部分地区，在这里建立了哲德沙尔汗国。俨然是不把清朝放在眼里了。
面对如此困境，清朝朝堂之上，却为了海防还是塞防，进行了一场很长时间的争论。左宗棠认为塞防更重要，寸土必争。而李中堂则认为海防更重要，因为列强多数都是从海上来的。
双方争执不下，最终慈禧也答应让左宗棠收复新疆，但只给了500万两银子，剩下的军费，全都要左宗棠自己想办法筹集。
在这种情况下，左宗棠在胡雪岩的帮助下，向海外洋行借了一大笔军费，又带着数万人马抬棺入疆，花了2年时间，在1878年彻底击败阿古柏，收复了新疆绝大多数地区。
为啥不是全境呢？因为1871年伊犁地区已经被沙俄趁乱全部给占了。左宗棠要想收复伊犁，只能与沙俄一战，这可不是闹着玩的。
阿古柏好对付，毕竟背后没啥靠山，沙俄就不同了，这也是一个超级大国，万一打败了，绝对是割地求和的结果。
为此，左宗棠一边做好进攻伊犁的打算，一边让人去找沙俄谈判。一开始去谈判的崇厚，在沙俄的逼迫下，签订了丧权辱国的《里瓦几亚条约》，几乎把伊犁全境都卖给了沙俄。后来清廷又派曾纪泽前去谈判。
曾纪泽在前面谈，左宗棠在后面做好进攻伊犁的架势，这才迫使沙俄做出让步，将特克斯河流域还给了清朝。但沙俄依旧割走了外西北7万多平方公里的土地，伊犁河谷三分之二的地盘，都被沙俄收入囊中。
左宗棠：如不设省，前功尽弃
早在1878年，左宗棠就已经建议朝廷，在新疆设省的事情了，不过那时候新疆的核心地区伊犁尚未收复，一切无从谈起。到了1881年，清朝收复伊犁以后，这件事再次被左宗棠提了出来。
不过很可惜，那时候左宗棠又被调任两江总督，因此这事儿推进起来非常慢。即便如此，左宗棠依旧还在上书朝廷，希望尽快在新疆设省。
他的好帮手、收复新疆的前敌总指挥刘锦棠，也提出了自己的观点，他一路上走来，发现过去清朝的军府制的管理方式，在当时的新疆已经完全行不通了。只有推行行省制，才能够保住新疆，保住他们的胜利果实。
在左宗棠等人看来，收复新疆实在是太不容易了。而隔壁的沙俄已经吞并了中亚大部分地盘，他们对新疆依旧垂涎三尺。
如果不在新疆设立行省，将这里和内地进行统一管理的话，那么当地人就很难有归属感。如果沙俄、大小和卓的后裔或者浩罕汗国的余部，再来新疆找麻烦的话，那来之不易的战果，将荡然无存。
最终清廷在光绪十年，也就是1884年终于下旨在新疆建省，撤销伯克制，命刘锦棠为新疆巡抚，魏光焘为布政使，将新疆完全按照内地的管理方式来管理。
1919年阿勒泰加盟，现代新疆的格局基本成型
新疆刚设省的时候，主要分成了4道，分别是镇迪、阿克苏、喀什噶尔、伊塔等。下面还有6个府、10个厅、3个州以及23个县。
不过现代新疆比那时候的新疆还要多一块地方，那就是美丽的阿勒泰。前段时间《我的阿勒泰》火爆一时，其实在新疆刚设省的时候阿勒泰还没有被划入新疆。
那时候的阿勒泰还和科布多一起，归属乌里雅苏台将军管辖。到了1904年，为了便于管理，科布多和阿勒泰便分开管理了，阿勒泰也成了清廷直接管理的一个地区。
正是这一决定，使得阿勒泰地区没能跟着外蒙一起分出去单干。到了1919年，阿勒泰地区划入了新疆管辖，从此以后，这里便成了新疆不可分割的一部分。