明太祖朱元璋还在位时，太子朱标早逝，因此立了皇孙朱允炆为皇储，可朱允炆太过年幼，他的势力还没有壮大起来，朱元璋又为皇孙登基铺平道路，但却不曾想过朱家人有一天会自相残杀。
洪武三十一（1398年），21岁的朱允炆登基为帝，为建文帝，朱允炆自幼熟读儒家经书，性情温文尔雅，但并没有国政经验，也未有治理国家的才能，年轻的朱允炆也知道这一点，因此将三位儒家师傅黄子澄、齐泰和方孝孺视为心腹。
后在黄子澄、齐泰等人的支持下开始了一系列削藩措施，但燕王朱棣曾跟着明太祖驰骋沙场，能力不容小觑，当一个个藩王被建文帝处理后，朱棣不可能不知道建文帝的心思，而当建文帝动到朱棣的头上时，朱棣行动了。
无论朱棣是原本就打算篡位，还是为了自保，1399年朱棣挥师南下时，一切都不重要了，而建文帝也根本挡不住朱棣，1402年朱棣攻下了帝都应天，建文帝从此下落不明。
进入南京后，朱棣开始为登基一事做准备，处死了曾为朱允炆出谋划策以及不肯降附的文臣武将，便让方孝孺起草即位诏书。当年朱棣出发去往南京时，“黑衣宰相”姚广孝曾劝过朱棣：“南京城攻下之日，方孝孺一定不投降，希望不要杀他，杀了方孝孺，天下的读书种子就灭绝了。”
朱棣也本想留方孝孺一命，只要方孝孺归降他，听他的话起草诏书，但方孝孺誓死不从，也不愿意为朱棣起草即位诏书。朱棣登基为帝已是迟早的事情，因此他威胁方孝孺道：“不老实诛你九族”。
然而方孝孺将笔扔在地上，边哭边骂道：“死就死了罢，诏书我绝不能起草，有种诛我十族。”
历来诛九族是最重的刑罚，“九族”是上自高王母、下至玄孙，即玄孙、曾孙、孙、子、身、母、王母、曾王母、高王母；还有一说是父族四、母族三、妻族二。
朱棣见方孝孺态度坚决，也是十分生气，还真在九族外找了一族，不仅将方孝孺全家杀了，还将方孝孺的学生、好友等人杀了，共计873人。
1402年7月25日，方孝孺慷慨赴死，做绝命之词：“上天降下战乱忧患啊，谁知道其中的缘由，奸邪的臣子如了愿啊，求取国柄耍弄计谋。忠正的臣子愤怒悲怨啊，血泪淌流；以此血泪为君殉葬啊，还有什么企求？呜呼哀哉的悲鸣啊，大概不是我的怨尤。”
不少人认为方孝孺此举不过是对建文帝的愚忠，但很多人也感慨方孝孺宁死不屈的气节，有多少臣子能做到方孝孺这般，而正是方孝孺对建文帝忠心耿耿，朱棣势必不会将方孝孺留下，留下方孝孺，朱棣每时每刻都会想起自己篡位一事。
方孝孺不降，仿佛就是在告诉朱棣，他的皇位是名不正言不顺得到的，而且朱棣登基为帝后也是试图将建文帝的一切抹去。
皇帝：不老实诛你九族，大臣：有种诛我十族，皇帝又重新找了一族