建工案例或其他涉及招投标工程纠纷，常见补充协议能否导致合同关系效力受影响的主张或抗辩。
《招标投标法》第46条规定的原则是：再行订立背离中标合同实质性内容的其他协议无效。
何谓“实质性内容”，全国人大法工委条文释义是指投标价格、投标方案等。招投标法实施条例第57条关于“主要条款”涵盖标的、价款、质量、履行期限等。2004年建工司法解释是指工程价款、质量或期限等。2015年现行建工司法解释另包括了工程范围。
何谓“背离实质性内容”存在争议，主要体现在质和量两个维度，有学者甚至提出补充协议中工程量、期限、价款等变化量超过中标合同20%，不属于正常变更，应认定背离中标合同实质性内容。有学者认为是否背离，应由裁判者自由裁量。
一致的主流观点是：是否“背离中标合同实质性内容”，不应机械从相关条款形式或内容上的改变来判断，而应结合施工实际情况，客观判断补充协议与中标合同不一致的必要性、现实性，同时结合招投标制度设立意义及招投标双方利益衡量予以综合评判。
司法实践中，关于建工方面“阴阳合同”或“黑白合同”相关裁判规则，梳理如下：
【案例一】
案情简介：2003年，开发公司与建筑公司签订施工合同。2005年，主体工程完工，因工程款问题形成纠纷。一审庭审中，开发公司另行提交档案馆存档的施工合同，相较一审举证期限届满前双方提交的合同文本，多了有关工程款“优惠8个点”条款，经鉴定系开发公司工作人员书写。
实务要点：同一工程，两份合同，以备案中标合同为结算依据——当事人就同一建设工程签订两份合同，发生争议时，应以备案中标合同而非以存档合同文本作为结算工程款依据。
案例索引：最高人民法院（2007）民一终字第74号“某建筑公司与某开发公司建设工程施工合同纠纷案”，见《西安市临潼区建筑工程公司与陕西恒升房地产开发有限公司建设工程施工合同纠纷案》（审判长张进先，审判员吴晓芳，代理审判员宋春雨），载《最高人民法院公报·裁判文书选登》（2008:365）；另见《应以备案合同文本还是存档合同文本作为结算工程价款的依据——西安市临潼区建筑工程公司与山西恒升房地产开发有限公司建设工程施工合同纠纷上诉案》（吴晓芳，最高院民一庭），载《民事审判指导与参考·最高人民法院二审案件解析》（200803/35:221）。
【案例二】
问题提出：同一建设工程存在“黑白合同”情形下，在判断工程价款结算根据时，是否需考虑“白合同”效力？
实务要点：以“白合同”作为结算根据，前提须是该合同有效——同一建设工程存在“黑白合同”情形下，在判断工程价款结算根据时，应考虑“白合同”即中标合同的法律效力。
资料索引：见《同一建设工程存在“黑白合同”的情形下，在判断工程价款结算根据时，是否需要考虑“白合同”的效力》（《民事审判指导与参考》研究组），载《民事审判指导与参考·民事审判信箱》（201901/77:237）。
【案例三】
案情简介：2007年，开发公司与建筑公司签订施工合同并备案，约定按可调价方式结算。2010年，因开发公司原因导致停工损失，由此双方所签补充协议约定开发公司赔偿建筑公司2000万元，并约定按固定单价方式以房抵顶赔款及工程款。
实务要点：补充协议赔偿停工损失，属于对中标合同正常变更——建设工程中标合同履行过程中，为赔偿一方停工损失而对工程款结算方式所作变更约定，不属“黑白合同”情形。
案例索引：最高人民法院（2015）民一终字第309号“某开发公司与某建筑公司建设工程施工合同纠纷案”，见《合同履行过程中的正常变更与黑白合同的认定——唐山凤辉房地产开发有限公司与赤峰建设建筑（集团）有限责任公司建设工程施工合同纠纷案》（于蒙，最高院民一庭），载《民事审判指导与参考·最高人民法院案件解析》（201601/65:169）。
【案例四】
案情简介：2009年，开发公司向建筑公司所发《中标通知书》载明“总承包价款5600万元”。双方所签施工合同约定“采用固定价格，价款5600万元”。随后所签补充协议约定“实行平方米一次性包干，建筑面积固定单价。承包价格按建筑面积1500元/平方米计算”。2010年，双方经结算，确定工程款总价5518万元。开发公司支付4800万元后，就扣除质保金230万元后的工程款，建筑公司诉请给付。关于工程款按总价5600万元，还是按5518万元计算，双方存在争议。
实务要点：补充协议变更备案合同，如何认定实质性内容变更——当事人另签施工补充协议对备案中标合同工程款计价方式的变更，是否构成“实质性内容不一致”，应综合考量。
案例索引：见《如何理解<最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释>第二十一条所称的“实质性内容不一致”》（司伟，最高院民一庭），载《民事审判指导与参考·指导性案例》（201402/58:112）。
【案例五】
案情简介：2009年，建筑公司经招投标成为物流公司建设工程中标单位，备案合同约定价款为6500万余元，逾期付款按日万分之三支付违约金。随后双方另签补充合同约定合同价款暂定为5000万元（以决算为准），并另行约定了逾期双倍利率及分期支付工程款的条款。2011年，双方所签工程结算报告确认工程造价为5800万余元。2012年，就拖欠2500万余元工程款，建筑公司诉请物流公司支付。
实务要点：备案合同与补充合同约定不同，工程款应如何结算——就同一建设工程另行订立的施工合同与备案中标合同实质性内容不一致的，应以备案合同作为工程款的结算根据。
案例索引：最高人民法院判决“某建筑公司与某物流公司等建设工程施工合同纠纷案”，见《当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据——浙江宝业建设集团有限公司与天津老板娘水产食品物流有限公司、浙江老板娘食品集团有限公司建设工程施工合同纠纷案》（王毓莹，最高院民一庭），载《民事审判指导与参考·案件解析》（201401/57:157）。
【案例六】
问题提出：最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定的“备案的中标合同”，如何理解？
实务要点：备案中标合同效力，以中标通知书为实质认定条件——“备案的中标合同”指履行招投标程序后，按中标通知书所载实质性内容，在法定期限内签订并备案的施工合同。
资料索引：见《〈最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释〉第二十一条规定的“备案的中标合同”应当如何理解》（《民事审判指导与参考》研究组），载《民事审判指导与参考·民事审判信箱》（201304/56:229）。
【案例七】
问题提出：如何认定备案合同与未备案合同内容发生实质性变化？
实务要点：工程质量、工期和工程款调整，应构成实质性变化——如备案和未备案两份建设工程施工合同在建设工期、施工质量、计付价款等方面发生变化，应属实质性内容变化。
资料索引：见《如何认定备案合同与未备案合同的内容发生实质性变化》（《民事审判指导与参考》研究组），载《民事审判指导与参考·民事审判信箱》（201301/53:243）。
【案例八】
问题提出：开发公司与建筑公司依招投标程序签订建设工程施工合同并进行了备案，在该合同中约定的纠纷解决方式是仲裁。后双方签订补充合同，约定的纠纷解决方式是诉讼。
实务要点：补充合同变更中标合同纠纷解决方式，应认定有效——中标合同中已约定仲裁解决方式，但当事人在补充合同中变更为诉讼解决方式的，非实质性内容变更，应为有效。
资料索引：见《当事人另行签订的建设工程施工合同补充合同中关于纠纷解决方式的变更约定是否有效》（《民事审判指导与参考》研究组），载《民事审判指导与参考·民事审判信箱》（201203/51:236）。
【案例九】
问题提出：发包方与施工方在招标文件中约定质量为合格，工程中标后又同中标人约定如工程未达到鲁班奖、不予退还履行保证金，这一约定有效吗？
实务要点：施工合同另行约定工程质量标准，依法应认定无效——发包方与施工方另行约定工程未达到鲁班奖、不予退还履约保证金条款因背离合同实质性内容，依法应认定无效。
资料索引：见《发包方与施工方另行约定工程未达到鲁班奖、不予退还履约保证金的条款无效》（《民事审判指导与参考》研究组），载《民事审判指导与参考·民事审判信箱》（201202/50:237）。
【案例十】
案情简介：2006年，建筑公司中标开发公司工程，施工合同约定合同价款4500万元，价款调整方式为“施工图纸加变更、签证”。随后，建筑公司向开发公司出具承诺书，承诺工程款让利20%。2007年，工程竣工。有关让利条款效力成为双方争议焦点之一。
实务要点：中标人出具让利承诺，因构成实质性变更，应无效——中标人向招标人出具让利承诺因与招投标中标合同实质背离，应为无效，不产生变更中标建设工程施工合同效力。
案例索引：见《建设工程施工合同纠纷案件中让利承诺书效力的认定》（姚宝华，最高院民一庭），载《民事审判指导与参考·指导性案例》（200902/38:171）。