1925年9月14日，中国大学教育史和国学研究史上曾经最辉煌、但也是昙花一现的清华国学研究院正式始业。
清华学校本为美国退还清政府庚子赔款所设立的留美预备学校，建校以来一直采用全美式教育，学生以学习英文为主，对国学课程的设置和学习要求均不受重视。
自1919年五四新文化运动兴起后，国人不再仅仅迷恋于西学开始注重以科学理念与方法进行国学研究，对于清华学子来说，他们也不再以“美国化”为荣，转而向校方和社会发出了自己的声音：
“吾清华学校非中国之学校乎？我等清华学生，非中国之国民乎？吾校造就我等，非为中国用乎？何于本国国文，轻视忽略，与日俱进，无时而已也。”（刊于1920年1月《清华周刊》）
1924年到任清华校长的曹云祥曾在他《西方文化与中国前途之关系》一文中提出“融会中西”的办学宗旨，并为清华发展列出了三大计划：改设大学、筹备大学基金、拟设研究院。
在他的办学规划中，本意是想设立一系列以对接本科教育的研究院，但基于清华学校当时正处于向大学过渡的阶段，因此首先设立了呼声最高、办学资源最好的国学研究院。
一所大学能否取得成功，与办学者的理念、教育经费、组织架构、生源质量等都有关系，但最为关键的是要有名师。清华国学研究院正是因为有了日后被称为“四大导师”的四位国学大师加入，才使其一时成为中国大学之中国学研究的顶尖机构。
1925年，在多方努力下，清华国学研究院主任吴宓及“四大导师”中的王国维、梁启超、赵元任以及特别讲师李济先后到校。（另一位导师陈寅恪则因个人原因次年夏天才到校，任教详见前作：清华国学研究院成立始末，及王国维就聘导师经过。）
1925年9月9日，清华学校举行秋季开学典礼，9月14日，清华学校国学研究院正式始业，四大导师及讲师李济指导研究及普通演讲的学科范围如下：
研究范围——王国维：经学（诗、书、礼）、小学（训诂、古文字学、古韵）、上古史、中国文学。梁启超：诸子、中国佛学史、宋元明学术史、清代学术史、中国文学。赵元任：现代方言、中国音韵学、普通语言学。陈寅恪：年历学、古代碑志与外族有关者之研究、摩尼教经典回纥文及译文研究、佛教经典各种文字译文之比较研究、蒙古满洲书籍及碑志与历史有关系者之研究。李济：中国人种考。
普通演讲题目——王国维：古史新证、说文练习。梁启超：中国通史。赵元任：方言学、普通语言学。陈寅恪：未定。李济：人文学。
这是清华学校决心“改办大学”之后所形成的旧制部（留美预科）、大学部、国学研究院三足鼎立的办学格局。1928年清华学校更名为国立清华大学，管辖权也由原来外交部独管改为与教育部共管，1929年外交部退出由教育部专管，至1937年全面抗战爆发前，清华大学已发展为一所拥有文、理、法、工四个学院16个学系的综合性大学。
国学研究院的开办和独特的人才培养方式让清华获得了极高的评价和赞誉，堪称当时国学研究领域一颗璀璨的明珠，然而，这样繁荣和谐的好日子很快就因为校内派系斗争而陷入困境。
研究院筹备初期，清华校长曹云祥在胡适的建议下邀请王国维、梁启超和章太炎三位国学大师共同担任导师，但章太炎因不愿与梁启超、王国维共事拒绝受聘，时任清华教务长的张彭春于是热情推荐了他同期留美的同学、有“汉语言学之父”之称的赵元任，时任研究院筹备主任的吴宓也趁机推进了他同读于哈佛的陈寅恪担任导师，这也是清华国学研究院创办初期“四大导师”的由来。
张彭春是南开大学校长、著名的教育家张伯苓的胞弟，他与胡适、赵元任同属1910年庚款第二批留美的同学（成绩为赵元任第2名、张鹏春第10名、胡适第55名），先后获得克拉克大学文学学士学位、哥伦比亚大学文学硕士及教育学硕士学位，以及哥伦比亚大学哲学博士学位，是为清华园中“少壮派”的领头人。
吴宓1916年毕业于清华学校，次年赴美留学，初入弗吉尼亚大学，后转入哈佛大学就读获得硕士学位，与陈寅恪、汤用彤被称为“哈佛三杰”。1921年归国后先后在东南大学和东北大学任教，受清华校长曹云祥盛情相邀回到清华，因兼任号称“昌明国粹，融化新知，以中正之眼光，行批评之职事”的《学衡》杂志主编被称为“学衡派”。
由于张彭春与吴宓在办学理念和施教方针等方面常有分歧，且两人都是清华手握实权的关键人物，最终导致关系公开决裂，吴宓与胡适、赵元任等人的交往也越来越少，以至几为仇寇。
很快，大权在握的张彭春便因为玩弄权术而被曹云祥（其为保守派）勒令辞职回到天津南开，而吴宓也因被张彭春的派系暗算被调离研究院，转而在清华大学部外文系任教授，研究院事务暂由校长曹云祥“兼理”，从此也再也没有设置专职主任。
这时的清华研究院刚刚开办仅一年时间，但即便如此，随着陈寅恪在1926年7月入住清华园，由此带来的喧嚣与不安逐渐归于平静，研究院在梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任和李济等人的努力下继续正常教学，这也是研究院所聘请的导师和讲师唯一全部在岗的一年。
时间来到1927年的夏天，由于时局的变化和人事的相继凋零，清华国学研究院真的走到了即将终结的关口。
1927年6月2日，王国维在颐和园投湖自杀，一代国学巨匠就此陨落，研究院导师四去其一。
关于王国维自杀的原因虽然在当时说法极多，但后人考证归纳起来亦无非“殉清”、“殉文化”和“长子过世与罗振玉逼债”几种，如今网上相关文章颇多，此处不另赘述。
1927年12月，梁启超身体每况愈下无法继续担任上课事务；1928年5月，“梁任公先生将同学论文评阅竣事，即辞回天津养病”。
1929年1月19日，梁启超与世长辞，享年五十七岁。
导师队伍四去其二，加之“赵元任先生常赴各地调查方言，李济之先生出外主持发掘或赴美参加考古学会议，两先生每学期回院讲学不过数周。故研究院末期，所有指导研究生，指挥助教办事，联系离校同学或函复其请教的诸问题，事无巨细，全集于陈先生一身，辛劳忙碌，自不待言。（蓝文徵在《清华大学国学研究院始末》）”正常的教学工作已经难以为继。
陈寅恪“遂请校方聘章炳麟、罗振玉、陈垣三氏为导师，马叔平（衡）为特别讲师，校方一一致聘，章、罗二氏均不就，陈氏自以‘不足继梁、王二先生之后’为词，再三恳辞，惟马先生应聘。校方以国学大师数少而难请，又不愿降格聘人，使曾煊赫一时的研究院，因而变质，遂经评议会（类似校务会议）决议，研究院至明年暑假停办”。
在此期间，校长曹云祥于1928年1月被“少壮派”赶出清华园（此前与张彭春派系斗争的延续），由严鹤龄（民国政府外交官）代理清华校长，3个月后张作霖的奉系进入北京，派遣保定军警执法处处长温应星担任清华校长。
1928年6月8日，北伐军进入北京城；8月17日，清华学校更名为国立清华大学，由罗家伦出任清华大学首任校长。
罗家伦1917年考入北京大学，曾与傅斯年等共同组织新潮社和创办《新潮》杂志，积极支持和宣传新文化运动，是“五四运动”的学生领袖和命名者，也是《北京学界全体宣言》的起草人。
1928年秋，清华研究院最后一届仅招录了一名学生：王壁如。
关于王壁如我没有找到更多资料，仅有的一些碎片指向他毕业后应曾从事教育工作，编著有民国时期教科书《王氏初中公民》三册。
赵立彬《西学驱动与本土需求：民国时期“文化学”学科建构研究》一书中曾有提及“王壁如”名字：“民国时期外人著作的中译本，对于‘文化学’的建构产生了极其重要的作用。黄文山、钟兆麟、吕叔湘、马绍伯、王璧如、李宝瑄、张资平、何炳松等翻译了大量欧美或日本的学术著作”。
1936年，正中书局出版有王壁如翻译日本学者宇野哲人《中国哲学概论》一书，译著由陈立夫作序，这位“王壁如”当是清华研究院这一位最后的学生。
1928年下半年，人才凋零的研究院仅存的三位导师陈寅恪、赵元任、李济三人先后被傅斯年笼络至刚刚成立的史语所，并分任历史组、语言组和考古组组长，这个被称为“中国近代最重要的学术高地之一、中国现代人文学脉由此发轫”的研究机构就此迎来了最重要的时刻。
1929年夏天，清华大学国立研究院完全停办，留任的师资人员等并入文科院。
虽是短短四年时间的昙花一现，却在中国学术发展史上开创了国学研究的新风气和新方向，更为现当代的中国学术界培养了数十位堪称中流砥柱的著名学者。
80年后的2009年11月1日，全新的清华大学国学研究院重新成立，师从张岱年和冯友兰的清华大学哲学系教授、儒家哲学研究者陈来出任研究院首任院长。