1862年，英王陈玉成前往寿州，想跟苗沛霖商议军事大事。谁知，苗沛霖已经暗中投降清朝，陈玉成被俘虏，押送到胜保大营，因拒绝投降，被凌迟处死。
陈玉成死后，英王部下还在继续战斗。其中，镇守丹阳的然王陈时永，与6万清军长期厮杀，坚守南京门户，并策应常州战场，因敌众我寡而败亡。
丹阳，进入江浙的门户，也是南京的一道屏障，战略地位很重要。1860年，太平军第二次摧毁“江南大营”，然后东征江浙，陈玉成、李秀成开始有了矛盾。
李秀成看来，陈玉成拥有皖北，江南就应该归自己所有。如此，李秀成通过朋友林绍璋的关系，让他在朝廷运作，拿到了苏州、常州。
陈玉成不服，麾下大将黄文金多次与忠王部下摩擦。但是，湘军攻打安庆，陈玉成力不从心，又希望李秀成支持他西征，故而选择妥协。
英王部下撤离苏州、常州，但陈玉成还是希望能在江南立足。如此，夺取丹阳之后，陈玉成寸步不让，他把城池交给叔叔然王陈时永防守，这是英王在江南的唯一领地。
1861年9月，陈玉成兵败安庆，退守庐州，陈时永没有追随。安庆之战关键时刻，陈玉成让叔叔回到丹阳，主持防守，保有生力量，试图东山再起。
安庆之战后，李秀成第二次东征江浙。清朝为了对付李秀成，让李鸿章的淮军、左宗棠的楚军东征，并勾结列强组建“洋枪队”，共同剿灭太平军。
江浙战场，楚军、淮军的主要对手是李秀成、李世贤军团。如此，陈时永在很长一段时间内，并没有遭受来自清军的进攻，丹阳局势比较稳定。
丹阳之战前，陈时永多次出兵苏州、常州，协助李秀成、陈坤书防守。此外，陈时永通过丹阳，把大量粮食运送到南京，保证太平军陆路粮道安全。
陈时永镇守丹阳，让清军芒刺在背，清朝决定拔除这颗钉子。再则，战争持续到1864年时，清军内部矛盾激化，为了抢夺功劳，各方明争暗斗。
李鸿章、左宗棠在江浙进展顺利，相继拿下苏州、杭州、余杭。此时，曾国藩军团在南京城下受挫，曾氏湘军10万余人，却拿不下数千人镇守的南京，慈禧非常生气。
为了制约曾国藩，不想让湘军势力过于庞大，慈禧太后打算让李鸿章率淮军来“协助”曾国荃，配合湘军攻城。
湘军征战多年，损失惨重，就是为了劫掠南京，夺取灭亡太平天国首功，岂能允许淮军来插手呢？曾国藩强烈反对，曾国荃甚至表示要翻脸，李鸿章也知道湘军意见很大，故而婉拒朝廷旨意。
慈禧这么一来，曾国藩、曾国荃压力很大，为了避免淮军来南京，他们必须尽快拿下城池。要想夺取南京，一定要攻克丹阳，截断南京太平军最重要的补给线。
为了拿下丹阳，曾国藩让广西提督冯子材挂帅，让各地团练协助他，拼凑出一支6万人的队伍，杀向丹阳。这支清军的前锋，是大名鼎鼎的太平军降将詹启纶。
1853年，詹启纶追随林凤祥北伐，一度杀到天津郊外。北伐孤军深入，粮草补给跟不上，林凤祥退守连镇，詹启纶便投降僧格林沁，充当剿灭太平军急先锋。
詹启纶军纪败坏，随意劫掠驻军地区的居民，私自设置关卡盘剥过往商人，弄得民怨沸腾。但是，詹启纶非常勇猛，故而清朝也就容忍他。
冯子材攻打丹阳，分三路前进，詹启纶率8500余人打头阵。双方在西瓜山下进行战斗，陈时永身先士卒，正面迎战清军，赖桂芳则绕出敌后，两面夹击。
清军詹启纶、刁经明、讷依楞阿部战败，损失三千余人。次日，双方继续战斗，詹启纶知道太平军格斗能力强，不再跟他们硬拼，而是埋伏炮队，引诱陈时永追击。
陈时永连胜几场，有了轻敌之心，结果遭遇埋伏。詹启纶所部炮队，装备主要购买西洋火炮，威力强大，太平军阵亡千余人，只好撤回城内。
詹启纶、陈时永激战的同时。袁崇焕后裔富明阿率1500骑兵从江北南下，突袭陈时永后方，摧毁太平军营垒9座，并截断丹阳粮道。
为了打通粮道，陈时永率兵攻打富明阿，成功斩杀参将李庆国，击毙八旗将领数人，把富明阿围困在阵中。眼看就要胜利，詹启纶突然杀来，太平军腹背受敌，功败垂成。
陈时永能打，太平军也敢于搏斗，但终究难以守住丹阳。此时，太平天国已经到了灭亡的边缘，东线、西线、南线同时告急，各地城池纷纷陷落，也没有人来救援丹阳，陈时永陷入了绝望。
粮道不通，补给困难，除了两广老兄弟意志坚定，其余大多想到投降清朝，改换门庭，换取荣华富贵。
黄先知、杜玉成暗中投降詹启纶，与清军约定“里应外合”，夺取丹阳。有了叛徒协助，清军攻城就比较顺利，陈时永即将迎来最后一次战斗。
詹启纶、刁经明进攻丹阳东北，张文德、杨青山进攻西南。清军先以火炮轰击丹阳城，炸开缺口，陈时永率兵前往，一边修补缺口，一边指挥太平军还击。
陈时永正在激战，即将打退詹启纶的攻势。此时，黄先知在城内纵火，炸毁火药库，丹阳陷入一片火海，太平军力战不支，清军终于攻入城内。
然王陈时永、柬王赖桂芳、广王李恺顺、邹王周林保、梁王凌国钧、列王金友顺率兵巷战，寸土不让。太平军利用每一条街道，每一座障碍物抗击清军，尽量消灭敌人。
清军人多势众，6王逐渐处在下风，但依然不愿意撤退。激战中，陈时永的坐骑被枪弹击毙，他改为步战，斩杀清军十余人，自己也受了重伤。
陈时永倒地后，还爬起来战斗，又斩杀清军数人，终因力竭而亡。其余5位王爷看到然王被杀，也不愿意投降。此时，詹启纶调来清军“洋枪队”，射杀继续抵抗的太平军，俘虏5位王爷。
丹阳陷落，太平军损失了6位王爷，其中5位被俘虏。更重要的是，南京的粮道已经没法保障，让本就陷入粮荒的南京雪上加霜。3个月后，南京陷落，太平天国灭亡。
陈时永阵亡，丹阳丢失，宣告陈玉成江南军团覆没。但是，陈玉成在西北还有陈得才、赖文光军团。其中，赖文光影响最大，他改变了晚清军政格局。