目前，所有历史教材使用的地图都以谭其骧《中国历史地图集》的疆域图，但是个别朝代又进行了稍微的改动。例如在谭图上，元朝和明朝的版图是不包括台湾岛的，只包括澎湖列岛，而高中历史教材则将台湾岛也和大陆画成一种颜色，其目的自然为了彰显“自古以来”。
教材上的元朝地图
但我认为，就算是彰显“自古以来”，那也要实事求是，不然反而适得其反。当学生发现其中的错误后，那自然也会对教材的其他内容产生怀疑，这就是“因小失大”。我曾经参加过一场研究会，一位编写教材的专家说：大家是不想写澎湖巡检司管辖台湾岛这样的句子的，因为这样不符合基本的历史事实，但是相关部分不允许，所以教材就模棱两可地将管理变成了“经略”一词。
谭其骧元朝版图的东南角
当然，一种观点是澎湖列岛现在也属于台湾地区，属于台湾方面管辖。因此，说元朝在澎湖列岛设立机构，就可以说是中国中央王朝开始在台湾地区实行管辖了，并且为后来在台湾岛实行管辖奠定基础，这种说法，算说得过去。
那么，元朝到底有没有管辖台湾岛呢？台湾岛，在古代被称为“琉求”。《隋书 列传卷四十六 东夷传》记载：“流求国，居海岛之中，当建安郡东，水行五日而至。”三国孙吴河隋朝都曾经派遣军队到此地劫掠，此后几百年就没有记载了。《新元史·流求传》记载：“流求……历唐、五代，皆与中国绝。”
谭其骧明朝地图的东南角
到了南宋时期，开始在澎湖列岛经营。南宋周必大的《敷文阁学士宣奉大夫赠特进汪公大猷神道碑》记载了一件事：乾道七年，有一群叫做“毗舍耶”的蛮族侵扰了平湖（澎湖），于是泉州知州汪大猷就在澎湖列岛修建了200间房屋，驻扎水师，从此“蛮不复来”。这件事说明了南宋已经管辖了澎湖列岛。
那么毗舍耶到底是什么民族呢？答案就是台湾的高山族。《宋史》记载“流求国在泉州之东，有海岛曰彭湖……旁有毗舍邪国，语言不通，袒裸盱睢，殆非人类。”也就是琉求国和毗舍耶国都同处于一个地方。实际上，这些所谓的“国”不过就是一些原始部落罢了。在南宋淳熙年间，琉求一位土著首领带领当地人到泉州一带劫掠，最后被官兵击退。
元朝时期，倭寇开始在沿海侵扰中国，忽必烈为了保障台湾海峡的交通安全，于是在1281年设置了澎湖巡检司。《新元史》记载巡检司的职能就是“主捕盗之事”，是县以下的机构，类似于现在的派出所。另外，澎湖列岛盛产海盐，澎湖巡检司也有收盐税的职能，“至元间立巡检司，以周岁额办盐课中统钱钞一十锭二十五两，别无科差。”
澎湖列岛
澎湖巡检司是否管辖了台湾岛？《元史》记载“琉求，在南海之东。漳、泉、兴、福四州界内彭湖诸岛，与琉求相对，亦素不通。……琉求，在外夷最小而险者也。汉、唐以来，史所不载，近代诸蕃市舶不闻至其国。”可见，元朝并不认为自己澎湖巡检司管辖了台湾岛。
1291年，忽必烈准备从琉求一带出发进攻日本，但这必须要先征服琉求。于是海船副万户杨祥请求带领6000人去征服琉求。之后，书生吴志斗说可以先派人去招抚，招抚不成再用兵。于是杨祥、吴志斗、阮鉴等就任命为使者，前往琉求招抚。使团登陆后，遇到一些土著居民，于是拿出圣旨念了一堆，大意就是让他们臣服，结果土著听不懂，言语不通。最终，三人被土著所杀。
《元史》的原文记载
1297年，福建行省的长官高兴上奏，要求派兵到琉求。随后，高兴派遣张浩、张进登陆琉求和当地土著发生了战争，他们俘虏了130人而回来。但元朝为了表示怀柔，就释放了这些俘虏。后来，再也没有下文。“自是，终元之世，史不再见也。”
从以上的文献就可以得出，元朝曾经两次登陆台湾岛，但是都没有成功招抚台湾土著。最后，由于元朝国力逐渐衰落，也就没有提起进攻台湾的事情了。
到了明朝初期，延续元朝的制度，在澎湖列岛设置澎湖巡检司。但当时倭寇十分猖狂，明朝在澎湖的统治难以维持。洪武五年，汤信国视察海上的情况后，认为澎湖列岛的居民叛服难信，于是提出了将他们全部迁走。到洪武20年，朱元璋就下令将澎湖列岛的居民迁走了，史称“尽徙屿民，废巡司而墟其地。”
明朝不管理澎湖列岛，倒是给海盗、倭寇提供了便利。他们将这里作为侵扰大陆的据点，史称“继而不逞者潜聚其中，倭奴往来停泊取水，亦必经此。”嘉靖年间，出兵大规模的兵力对付海盗。嘉靖四十二年，俞大猷在澎湖列岛驻扎了军队，但不久又撤退了。随后，明朝在此重设了澎湖巡检司，但很快又被废除。直到万历二十五年，明朝才重新设置了巡检司。
明朝的澎湖巡检司都十分不稳定，军事力量十分薄弱，更别说管理台湾岛了。朱元璋时期，派人到琉求国进行了招抚，这是大琉球，也就是现在的琉球群岛。明朝人认为台湾岛只是一个小岛，因而不加重视，也没有派人去册封。朱元璋将小琉球作为十五个不征之国之一，并明确提到这里“不通往来，不曾朝贡”。
明朝不征之国分布
明朝后期，将台湾岛称之为“东番”，可能是明朝人终于意识到台湾岛和琉球群岛有区别。但当时的东藩已经成为了海盗的据点，明朝蔑称为“倭寇”，例如在澎湖盘踞的林道乾即是广东人，是著名的海盗头目，是俞大猷对付的“倭寇”主要对象。后来又有颜思齐（福建人）从日本逃到台湾岛，开始开发台湾。颜思齐去世后，郑芝龙逐渐成为了台湾的海盗头目。再后来，台湾就被荷兰占据了，明朝始终没有管理台湾，也不想去管理。
嘉靖末，倭寇扰闽，大将戚继光败之。倭遁居于此，其党林道乾从之——而鸡笼遭倭焚掠，国遂残破。初悉居海滨，既遭倭难，稍稍避居山后。忽中国渔舟从魍港飘至，遂往来通贩，以为常。——《明史》
当然，台湾岛不归属于元朝和明朝，那也不影响台湾属于中国的定论。谭其骧在《长水集续编》中已经说得非常到位了，且看：
尤其突出的是，一定要把跟中原王朝拉上一点关系才算是中国的一部分，那么处理台湾问题就难了。台湾在明朝以前，既没有设过羁縻府州，也没有设过羁縻卫所，岛上的部落首领没有向大陆王朝进过贡、称过臣，中原王朝更没有在台湾岛上设官置守。 台湾自古以来是中国的一部分，这是一点没有错的，但是你不能把这句话解释为台湾自古以来是中原王朝的一部分，这是完全违反历史事实，明以前历代中原王朝都管不到台湾。 有人也感到这样实在说不过去，于是又提出了所谓台澎一体论，这也是绝对讲不通的。......相反，我们有好多证据证明是管不到的。 因此，你假如说一定要与中原正朝发生联系才算中国的一部分，那末明朝以前台湾就不是中国的一部分，这行吗？不行。台湾当然是中国的，自古以来是中国的。为什么自古以来是中国的？因为历史演变的结果，到了清朝台湾是清帝国疆域的一部分。所以台湾岛上的土著民族--高山族是我们中华民族的一个组成部分，是我们中国的一个少数民族。对台湾我们应该这样理解，在明朝以前，台湾岛是由我们中华民族的成员之一高山族居住着的，他们自己管理自己，中原王朝管不到。到了明朝后期，才有大陆上的汉人跑到台湾岛的西海岸建立了汉人的政权，这就是颜恩齐、郑芝龙一伙人。后来荷兰侵略者把汉人政权赶走了，再后来郑成功又从荷兰侵略者手里收复了。但是，我们知道，郑成功于1661年收复台湾，那时大陆上已经是清朝了，而郑成功则奉明朝正朔，用永历年号，清朝还管不到台湾。一直到1683年（康熙二十二年），清朝平定台湾，台湾才开始同大陆属于一个政权，所以一定要说某一地区同中原正朝属于同一政权，中原王朝管到了才算是中国的话，那末，台湾就只能从1683年算起，1683年前不算中国，这行吗？台湾自古以来是中国的，为什么是中国的？因为高山族是中国的一个少数民族，台湾自古以来是高山族的地方，不是日本的地方，也不是菲律宾的地方，更不是美国的地方、苏联的地方，台湾自古以来就是中国的地方。 但不是属于中原王朝，是属于高山族的，到1683年以后中原王朝才管到，这样我们觉得就可以讲通了。
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