说到内蒙古，大家首先会联想到的就是无边无际的大草原，但实际上只有内蒙古北部才是辽阔的呼伦贝尔、锡林郭勒草原，而内蒙古东部地区则是茫茫的大兴安岭林海（包括大兴安岭原始林区和大兴安岭南部山地等11片次生林区），野生动植物资源非常丰富。而且由于内蒙古还是我国北方地区的重要生态屏障，承担着拦截沙尘暴的重要任务，所以内蒙古境内还有许多人工林区，这些人工林区经过长期的建设养护已经形成了极大的规模，需要重点保护。截至2020年，内蒙古实有森林面积高达4.08亿亩，森林规模位居全国第一位，其中人工林区面积就有9900万亩。所以，在此背景下，为了保护内蒙古地区丰富的森林资源，武警部队专门在内蒙古部署了正师级的武警内蒙古森林总队。
武警内蒙古森林总队的历史最早可以追溯至1952年4月，当时内蒙古自治区政府经请示中央及军委，将解放军某部下辖的骑兵团转隶到林业战线，并调整改编为解放军内蒙古公安司令部林务大队。从此，内蒙古地区也有了专业的森林保卫力量；到了1953年，该林务大队又被改编为非现役的护林警察大队，主要承担林区巡逻、林区生产秩序管理、防火灭火、检查监督林区生产单位防火制度执行情况、宣传护林法规政策、打击偷挖盗猎等等任务。
1978年，在经历了转隶重组、裁撤恢复、新建整编等一系列阶段后，国务院、中央军委对于森林警察力量的建设开始予以了更多关注，特别是加强了正规化、军事化建设。也是从这一年起，武装森林警察新征警士开始实行义务兵役制，服役期为三年。1981年，内蒙古森林警察总队正式成立，标志着内蒙古的森林防火和林区资源保护有了更为强大专业的力量。1988年1月，包括内蒙古森林警察总队在内的森林警察队伍列入武警序列，全部实行现役制。
1998年8月，正军级的武警森林指挥部在北京挂牌成立，内设司令部、政治部和后勤部。1999年2月，国务院、中央军委确定武警森林部队实行武警总部和国家林业主管部门双重领导管理体制，也就是说内蒙古森林警察总队由武警森林指挥部领导管理，并更名为“武警内蒙古森林总队”。当时，武警内蒙古森林总队机关也设有司令部、政治部和后勤部，下辖大兴安岭森林支队、赤峰森林支队、通辽森林支队、呼伦贝尔森林支队、兴安盟森林支队、锡林郭勒盟森林支队以及总队直属大队、阿拉善盟直属森林大队和总队教导队。与此同时，内蒙古自治区负责分管林业工作的领导兼任武警内蒙古森林总队的“第一政委、党委第一书记”；类似的，各森林支队的“第一政委、党委第一书记”等职则是由所在市（盟）分管林业工作的领导兼任。
2018年10月，根据中央的统一部署，武警内蒙古森林总队整建制退出现役、转隶应急管理部，现役编制改为行政编制，同时总队也被改编为“内蒙古森林消防总队”（实行垂直管理）。至于总队下辖的支队、大队则相继调整为森林消防支队、森林消防大队。现阶段，内蒙古森林消防总队一共下辖6个森林消防支队、阿拉善盟直属森林消防大队、特勤大队等力量，队伍分布驻防在内蒙古10个盟市、36个旗县，担负着全区12个重点林区、6大草原、29个国家级自然保护区累计2613万公顷森林和8800万公顷草原的防火灭火任务，而且必要时还要执行跨区增援灭火任务。
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