秦始皇虽然搞出来“焚书坑儒”，可还是有“秦时未尝不用儒生与经学也”。秦国人对儒学并不是完全的否定态度，秦始皇自己就“悉召文学方术士甚众，欲以兴太平”，对儒生还是很尊重的。秦国人在攻打齐国时，大军路过鲁国柳下惠墓地，还专门在大军之中颁布命令，让军中兵将不得随意破坏柳下惠墓地。后来秦始皇“置酒咸阳宫，博士七十人前为寿”，还跟众多儒生登泰山刻石颂秦德，封禅泰山祭祀山川，儒生在秦国的地位不低。公子扶苏受此影响，对儒生颇具尊敬之意，“诸生皆诵法孔子……从者儒生弟子百余人”。
后来秦始皇因为派遣方士前往东海寻求长生不老药，由于受到蒙骗才迁怒于儒生，才有所谓的焚书坑儒。儒生之厄运实际上是在始皇帝的执政后期，即是秦始皇对长生不老的感情甚为急切之时，因此对于秦国人数代之间耕耘起来的儒学氛围并没有造成削弱，吕不韦当年集三千门客编写《吕氏春秋》，其中儒生自是不少，说明整个秦国社会自上而下对儒学还是有所尊崇的。所以直至后来秦朝灭亡，儒生并没有在政治灾难中销声匿迹，反而是更多的流散于天下。刘邦取得了天下却对儒生不重视，则又是另外一段渊源。
史书中说刘邦“儒冠溲溺”，后人说刘邦出身草莽是个土包子，或许正是源自于此。但这种评点对刘邦而言并不公正。春秋战国以来讲究的是诸子百家，社会上宗派林立。这也是那个时代特有的风格，即是有着不同行当的人也能有着成功的机会，不问出身不问门第，这是儒学者最早的初衷。而儒学对不同行当的人抱持着平等对待的态度，比如孔子徒弟里就有各式各样的人，孟尝君的身边也有鸡鸣狗盗，而至于春秋战国时代那些有名的刺客侠士们，很多也不过是屠狗之辈，刘邦“儒冠溲溺”就成了土包子或是后世酸儒的自欺欺人。
秦汉时代的人们对儒学者们还没有那么苛刻，要求他们从一而终，儒学者们大多还有战国遗风，就是良禽择木而栖。刘邦的儒学启蒙老师叔孙通最早就是秦二世的博士官，这位博士官在秦王朝里不算出名，但对形势的判断非常精准，是个相当聪明的儒学者。陈胜吴广起义后叔孙通就偷偷摸摸地离开了秦二世，几番奔波投奔义军，成为攻灭秦王朝的重要谋臣。而叔孙通显然在秦王朝时代就颇具影响，膝下还有众多弟子，这即是秦王朝并没有彻底的禁绝儒学。叔孙通后来对刘邦说“征鲁诸生，与臣弟子共起朝仪”，显然就是证据。
正是叔孙通对刘邦劝谏行儒学之繁礼，办皇帝之庙堂，享天下之朝拜，才让刘邦深刻感受到作为天下之主的尊贵，体会到当年周人共主的权力，对儒学者们才有了根深蒂固的观念转变。刘邦在大汉帝国建立十二年之时，专门跑到鲁国故地“以太牢祭祀孔子”，可谓是开了历代帝王祭祀孔子的先河。刘邦后来封孔子的九世孙孔腾为“奉祀君”，专门负责祭祀之事，正是受到儒学者当年所推崇的周礼之数影响，真正的把儒学提高到了更高的层级，这个事情也是最早让孔子的地位成为圣贤先师的根源，儒学终于变成了礼的意义上的存在。
刘邦当年举兵围鲁时,“鲁中诸儒尚讲诵习礼乐，弦歌之音不绝”，这件事情可能让刘邦感触颇深。当刘邦以皇帝之身祭祀孔子，整个汉朝的读书人们就认识到，儒学时来运转，不再是当年流落列国的孔子的时代了，读书人从此而后即把孔子奉为偶像般的存在，多以到孔庙里观阅礼器为荣，跟今天的追星族颇有相似。“吾遭乱世，当秦绝学，自喜谓读书无益。洎践祚以来，时方省书，乃使人知之者作之。追思昔所行，多不是。”刘邦晚年的这些话，最终让儒学成为国学，皇室成员和贵族子弟借以启蒙和成长的教材，自此就以儒学居多了。