新中国成立后，邱会作曾担任总后勤部部长等职务，是我军任职时间最长的总后勤部部长，同时，他也是林彪的“四大金刚”之一，深得林彪信任。1971年9月13日，林彪登上了256号三叉戟飞机，这架飞机从山海关机场起飞，不久后就坠毁在蒙古的温都尔汗附近。
九一三事件发生后不久，邱会作就被隔离审查，被关在北京顺义县卫戍区第3师师部，一开始，邱会作每天的伙食费只有八毛钱，吃得不好，黄永胜写信反映了这个问题，毛主席批示他们有资格吃好的，于是包括邱会作在内的“四大金刚”的伙食有了明显改善，甚至能吃上水果与饺子等。
1981年，在审查“两案”时，邱会作被判处有期徒刑16年，值得一提的是，自从公审之后，秦城监狱对“四大金刚”的伙食就不再执行以前的标准了，他们的伙食也下降了一个档次。不过，不久之后，邱会作就被保外就医，并被安置在陕西西安。
邱会作是1981年9月被安置到西安的，他毕竟是革命时期的功臣，所以组织对他的生活还是有所考虑的，每月给出狱后的邱会作发放100元生活费。不过，对邱会作来说，100元生活费虽然够用，但却过得捉襟见肘，他们不仅要自己支付房租，还要支付保姆费、伙食费以及订报费等。
不止邱会作的生活遇到了困难，“四大金刚”之一的黄永胜也一样，黄永胜被安置在青岛，每月也是100元生活费，过得紧紧巴巴。1983年，黄永胜的大儿子黄春光以父亲的名义向上级写了一封信，反映生活费不够用的问题，此后“四大金刚”的生活费都涨到了每月200元。
一开始，200元生活费能维持邱会作夫妇的生活，不过，到了上世纪八十年代末期，随着物价上涨，对邱会作夫妇来说，200元生活费已经很紧张了，光每月的房租、伙食费以及保姆房就一百多元，再加上看病，有时候甚至入不敷出。为了维持生活，邱会作不再订报，这样每月可以节约一笔钱，但邱会作有看报的习惯，他只能每天借邻居的报纸。邱会作秉持的原则是快借快还，这样虽然不太方便，但好歹还是能看上报纸的。
另外，生活中还有几个问题困扰着邱会作，一开始，他住的房子没有暖气，西安的冬天还是很冷的，邱会作受不了这一点，曾多次提出要求，希望加装暖气，最好还能在家中洗澡，就近看病。
为了增加收入，邱会作的妻子胡敏重操旧业，在西安开了一家诊所。胡敏是一名老军医，有数十年的行医经验，据说医术高超，上门求医者络绎不绝。不过，后来胡敏年纪大了，便不再开诊所。
时间很快就来到1992年，这一年，邱会作的待遇得到巨大改善。首先他与妻子被安置在了西安南郊的一处干休所，生活费也涨到了每月1500元。其次，邱会作夫妻还住进了一处170平米的大房子，房子不仅有暖气，而且还能洗澡，邱会作非常满意。另外，组织还专门给邱会作配了汽车与司机，方便邱会作看病。
总的来说，到了上世纪九十年代，邱会作的生活还是非常不错的，2001年，邱会作病重后被接到北京治病，一年后，也就是2002年，邱会作病亡，终年88岁。