农业是生态产业，是自然生态系统和社会经济系统的耦合形态，有效形成稳定型自然生态平衡机制与扩张型社会经济增长机制的耦合对接是应该遵循的基本性原则。因此，生态始终是应该考虑的根本性问题，话句话说，生态是农业的灵魂。
然而，长期过度的化学农业让农业失去了“生态”灵魂，导致了农业不健康、农产品不健康，最终导致人类自身不健康。失去灵魂的农业，如同失去灵魂的人，是不可能可持续发展的。
化学农业让农业失去“生态”灵魂的主要原因是大量使用化学投入品，破坏了农产品产地生态环境，造成了农业系统内水、土、气、生四个方面立体交叉污染。首先，水体方面，不仅地表水被污染，更可怕的是地下水也被污染；其次，土壤方面，不仅耕作层被污染，而且犁底层也有长期污染的积累；三是气体方面，不仅化肥农药产生了有毒气体，更普遍的是化学农业形成了大量温室气体排放；四是生物方面，不仅地上的动植物体被污染，农田地下的微生物和蚯蚓等小动物群落也受到严重侵害。
中医农业采纳中医对待生命体的原理和方法进行农业健康种养，可以让土壤健康肥沃、让动植物健康生长、让农产品健康营养。生态的核心是生命系统（生命共同体），中医农业可以让农业生态中的生命系统恢复活性，让被化学农业丢失的“生态”灵魂创新找回来。
中医农业用中药材等天然功能性原料生产“两药、两料”（农药、兽药、肥料和饲料）保障动植物生长活力，或用中药材活体（在田间或养殖场空隙处种植中药材）优化动植物生长环境，以减少化学农药、化学肥料、化学饲料添加剂以及各种人工合成抗生素、激素的使用，可以促进动植物健康生长、实现病虫害绿色防控。
中医农业功能肥可以作为常规有机肥的助剂，让其能够较快地发挥肥效，再根据各地土壤营养状况配合使用天然矿物营养肥，加上中草药功能肥自身的营养，就可以完全替代化学肥料。中医农业功能肥可以让土壤恢复活性，促使作物根系健康生长。中医农业功能肥还能提升植株的次生代谢，从而能够促进植株抗逆性和抗病虫害的能力，减少农药的使用，能显著减少农业生产成本，真正达到节本增效，提质增产。
