太平天国北伐军孤军深入，最后全军覆没。林凤祥、李开芳、吉文元等统兵主将全部身死。整个北伐决策，因此一直受后世所诟病。
其实要说杨秀清等太平天国决策层，没有意识到孤军深入的种种弊端，那是不正确的。根据李开芳被俘后的供词，北伐军出发前，杨秀清原本的计划是：“打发我们过黄河，到天津扎住，再告诉他，再发兵来。”
北伐军确实按照这个计划，打到天津城下，从1853年10月底开始，在独流、静海，“扎住”了足足3个月时间，就是按计划等候天京的第二路北伐军。
天京是否按计划派出了援军？有倒是有，只不过天京的战略决策，因为自身与敌人两方面的缘故，已经发生了很大的转变。
太平天国北伐，其目的肯定是为了直捣黄龙，推翻清朝统治，因此有相当大的政治意义。所以主持军政的东王杨秀清一力推行，派出了20000多人的兵力，由名将林凤祥、李开芳率领。
不要嫌这兵力少，太平天国当时地盘其实很小，占领天京之后，再分兵占领了镇江、扬州。没错，就只有这三个地方，多一点都没有了。镇、扬直接面对清兵威胁，需要各保留一万大军驻守，天京城外有清兵的江南大营，因此也留了数万人防卫，能挤出2万人北伐已经相当不容易了。更何况这2万人从将领到士兵，都是前期两广、两湖地区的精锐。统兵主将是三位丞相——丞相在当时，是仅次于王、侯之下的最高级干部。
北伐军出发之前，杨秀清还亲自到过扬州前线考察，目的之一就是盘算出兵路线。因为从扬州出发北上的道路已经被清江北大营完全堵住，北伐军选择了从浦口登陆，经安徽滁州北上。
北伐军出发后不久，仅仅十一天后，1853年5月19日，西征也正式展开，主将是丞相胡以晄、赖汉英，检点曾天养，兵力7000人。
从这个兵力对比也可以看出，西征一开始，并不太受重视。
但以当时形势，既要防守三座城，又要分兵北伐，兵力本来就单薄，为何急于派遣西征军，搞两线作战？
原因也不复杂，太平天国高层要面对一个比起推翻清朝统治更现实的问题，那就是上上下下几十万人的吃饭问题！
宁、镇、扬三地，均被清兵包围，没有广阔的根据地，不能在发展生产的基础上获得足够的补给。而天京人口，据估算当时约有20多万左右，其中很多是非战斗人员，要养活这些人，实在不容易。
太平天国建都天京后不久，就因为粮食供应困难开始“减其粮”“煮粥食之”，群众自然大失所望，你吹嘘那么久的地上天国，就是要大家一起吃粥度日？！因此，解决天京粮食供应，优先度很快就超过了北伐的政治需要。
要解决粮食供应问题，天京上游的安徽、江西、湖广产粮区，自然就是最佳选择。取得粮食后，顺长江而下，运输也很方便。
西征的目的还包括了调动天京城下的清兵回援、拓展太平天国领土、保护天京上游安全等等。如果要比较北伐与西征哪一个方向更为重要，一开始确实是北伐更受重视，但随着战事的深入，情况开始逆转，西征的重要性渐渐凌驾在北伐之上。
造成这种转变的原因主要有两点：
第一，太平天国高层，尤其是石达开与韦昌辉，对北伐决策一直有意见，更希望将自己的部队投入到西征战场。
第二，西征过程中，太平天国遇到了一个前所未见的强横对手，这个对手逼着太平天国不得不把所有精力都投放在西征战场上，不然连天京都有可能保不住，这个对手，就是曾国藩湘军。
决策层的分歧体现在何处？1853年7月底，因为攻南昌不下，太平天国很快就派出第一次西征援军，由石祥祯和韦志俊率2万人支援，这两人是太平天国国宗（领导人兄弟，石祥祯为石达开族人，韦志俊是韦昌辉亲弟）中的佼佼者。石达开、韦昌辉的部众没有投入北伐，而是投入了西征战场。
9月25日，围攻南昌三个月而不下，杨秀清委派翼王石达开直接主持西征军务。石达开又率6000人援军到达安庆，亲自指挥西征军务。
北伐军没有王一级的统帅在前方指挥，只能解释是翼王更愿望领兵西进。
西征此后一直在皖赣两湖的广大土地上拉锯，杨秀清不断从各个地方征发援军。西征军主力一度达到四万人以上的规模。
再来看看北伐军，北伐军北上后，面对重重困难，渡过黄河之前就已经请求东王支援。到达天津“扎住”之后，一直拖到1854年年初，杨秀清才如约派出了援军。
1853年年底，孤城扬州陷入清兵包围，杨秀清不得不从西征前线抽调回主力进行援扬战斗，成功救出扬州守军，一起前往安庆集结。1854年1月14日，胡以晄攻破庐州城，安徽巡抚江忠源投水死。原本攻庐州的部队也回到安庆。此时的安庆可以说集结了太平军的主力雄师，杨秀清把安庆大军分为两路，分别就是北伐援军与新一批次的西征军。
这两路又如何分配？
原来的扬州守将曾立昌、陈仕保，再加上许宗扬，率领退下来的守扬士卒，再抽调天京、安庆的部分将士，总共7500人，组成北伐援军，于1854年2月4日从安庆出发北上。
从这个构成，可以看出北伐援军是东拼西凑出来的。里边很多是攻克江宁后才参军的新兄弟，这些新兄弟的战斗力和凝聚力，比起北伐军的广西老兄弟，相差不是一点半点。
新一批次的西征军，则由石祥祯、石凤魁、石镇仑、韦志俊、韦以德、曾天养等人为主将，兵力达到4万人！正因为人多势众，西征军很快在2月12日取得堵城大捷，清湖广总督吴文镕兵败自杀。西征军乘胜进入湖南，重占洞庭湖湖口重镇岳州。
比较一下两路军，就可以看出石达开、韦昌辉两系的人是西征骨干，就算是北伐援军，这两家的人也没有兴趣参加。原本倾向北伐的杨秀清，因为要迁就翼王、北王，不得不把主力全放在西征战场，北伐援军只能派出一些二三流部队，连最基本的任务——与北伐军会合的都完成不了。
北伐援军初期战斗力还是不错的，一路攻城拔寨。但渡黄河之前，许宗扬听说庐州危急，连忙调头增援，再寻找种种借口没有随大队北上。曾、陈二人只得继续率部进入山东，沿途收编各种反清武装，兵力也膨胀到4、5万人。
人多未必是好事，新收的人成份非常复杂，有捻众、有溃散的团练乡勇、也有各地的饥民、甚至有土匪。这些人更多的就是想着如何趁乱为自己捞好处，战斗意志十分薄弱。军队顺境的时候还好，一旦陷入逆境，首先想到的就是逃命。
1854年3月底，北伐援军到达山东临清。原本在独流、静海的北伐军，此时也开始南下突围到达阜城，两地相距只有200余华里，4天可达，但北伐援军却执意要攻打临清。
杨秀清给北伐援军的命令是避实击虚、速战速决，尽快北上与北伐军合会。援军却在临清耽搁了十几天时间。究其原因，临清是大运河上的商业重镇，城内积累了大量的军用物资与民间财富，不排除有人为抢掠城中财富，故意误导太平军攻城。
4月12日，援军攻克临清，获得城内军用物资无数。这本来是一个辉煌的胜利，随后全军却发生了180度大逆转。新加入之人将临清城劫掠一空，每个人都腰缠金银，不愿意再打仗。4月15日，援军按计划继续北上阜城，与清军甫一接战，对面火枪呐喊一响，这边成千上百人趁机四散，暗约潜逃，军中出现了大溃散。
曾立昌率亲信太平军四处追击溃众，那些亡命徒不惜倒戈相向，自己人打了起来。到最后，曾立昌完全失去了对部队的控制，溃退无法制止，全军不得不向南撤退，途中又遭到各处团练乡勇截击，曾立昌、陈仕保先后战死。
第一路北伐援军失败，杨秀清再在1854年5月组织第二路援军，由新晋封为燕王的秦日纲率领，但这路援军更差，“兵到舒城杨家店就败回”，秦日纲根本就不想北上，在遇到清兵堵截后，随便打了一下就撤回，向杨秀清禀报“北路官兵甚多，兵单难往”“不愿北行”。
既然大家都不想北上，太平天国的主攻方面也彻底转向西，尤其太平军在湖南遇到了曾国藩湘军。
湘军组建不久，就在靖港惨败，曾国藩第一次要投水自杀。但稳住阵脚以后，湘军水陆两路投入反攻。1854年7月至8月，太平军遭到连番失利，岳州失守，城陵矶战役战败，名将曾天养阵亡，西征军一退千里。到11月底田家镇、半壁山战役惨败，国宗石镇仑、韦以德阵亡，西征军伤亡将士近万人，水师损失殆尽，湘军从湖南入湖北，再杀到江西九江，望看就要乘胜东下杀向天京！
此时西征战场已经成为关系太平天国生死存亡的关键，杨秀清也无力再顾及北伐军，更无力抽调援军。幸得1855年初翼王石达开临危受命，亲临前线指挥九江-湖口战役，一举反败为胜，湘军溃败，曾国藩第二次打算投水赴死，战线才总算稳定下来。
太平天国前后投入西征战场的除了翼王、北王、燕王秦日纲以及豫王胡以晄，还有16位丞相、12位职同丞相的国宗、20多位地位仅次于丞相的检点。后期名将陈玉成与李秀成都是在西征中崭露头角，成为日后栋梁之材。
只可惜当时还在连镇与高唐州、冯官屯苦战的北伐军，因为无兵可援，就如同被遗忘了一样，一直坚守到1855年3月-5月，直到全军覆灭。