2000年9月16日，抚顺战犯管理所迎来了20多个日本客人，上一次来到中国已经是半个世纪前的事了，只不过，上次是侵略，这次是赎罪。在“向抗日殉难烈士谢罪碑”前，这些日本战犯泪流满面，他们长时间鞠躬谢罪，只求内心的安稳。照理来说，这些罪大恶极的日本战犯应该一个不留，但是，出于人道主义，我国却给了他们一个改过自新的机会。其中，有一个叫渡部信一的83岁老兵，作为侵华日军的一员，他曾在战争期间，从事了各种惨无人道的医学实验……
在《日本老兵忏悔录》这本书中，有渡部信一的战时回忆，他出生于日本名古屋，生活条件还算不错，父母是当时少有的知识分子，从未向他灌输过军国主义思想。后来，渡部信一当上了医生，他的梦想是替病人解除痛苦，帮他们活得更久一点，或者，走得更舒服一些。然而，战争爆发后，日本青年却逃不过应征入伍的命运，渡部信一被召进日军第25师团，成为了一名卫生兵，驻扎在山西老营堡。
和想象中的不一样，渡部信一的工作内容并不是救死扶伤，他是军中少有的医学高材生，给伤员治伤这种事还轮不到他来做。几个月后，渡部信一度过了新兵训练期，他这个时候才知道，原来，他将要与几名前辈合作，共同进行活体解剖试验。此时，渡部已经成为了可以独当一面的军医，他的职位远超同期，无论走到哪都有人向他行礼问候。1940年，渡部信一作为旁观者参与了一场手术，主刀医生没有手术经验，而躺在手术台上的，是一个患有阑尾炎的中国农民。
手术内容很简单，就是为了锻炼新人切断阑尾的能力，一般来说，类似于这种小手术应该十拿九稳，再不济也不会出现生命危险。然而，新人的心理素质显然不是很好，一刀下去，农民的右下腹被切开一个大口。鲜血不断涌出。过了好长时间，新人医生才找出病变的阑尾，他本想动手割下来。不巧，在一旁指导的军医刚好贫血症发作，他让新人赶紧缝合伤口，别浪费太多时间。可是，新人医生却怎么都缝不好了，在巨大的精神压力下，他早已筋疲力尽。
后来，这个农民死了，他哀嚎了好一阵，最后被几个日本兵拖进事先挖好的大坑，挨了一记枪子。渡部信一知道，所谓的“手术”只不过是军医用来消遣的游戏，没人在乎那个农民的死活，就算新人手术失败，也还有下一个实验品。此后几年，渡部信一过得浑浑噩噩，他不知道到底有多少“实验品”被埋在了地下，错的不是他们，而是这个世界。1944年的一天，渡部信一的精神再次遭到痛击，他依稀记得有个40多岁的中国汉子，被日本宪兵从牢房中运了出来……
当时，大汉已经被打得半死，他满身伤痕，面目全非，连一句完整的话都说不出来。被带出牢房的时候，大汉还以为得救了，他的眼神瞬间明亮了许多。遗憾的是，宪兵队长并不打算放过大汉，他身强力壮，是个很好的“实验品”，说罢，他便让几个士兵把他绑在太平间的石台上，同时还找来几个卫生兵进行解剖。渡部信一不知道解剖的意义是什么，大汉已经受了重伤，就不能把他放回去和家人团圆么？当然，这只是渡部的一厢情愿，最后，大汉因承受不住痛苦被一击毙命，日军又欠下一笔血债。
尽管渡部信一并没有被军国主义思想洗脑，可他的双手却沾满了罪恶，在中国这几年，他见到了太多惨绝人寰的场景。战争结束后，渡部信一患上了精神疾病，若不是中国医生的悉心照顾，恐怕他一辈子都无法从梦魇中苏醒。几十年来，渡部信一从未忘记过当年所犯罪行，他加入了“中归联”，一直在为两国和平不断做出努力。