公元1680年，已占据天山以北地区的准噶尔汗国南下，征服叶尔羌汗国，伊思玛业勒汗被俘。从此，叶尔羌汗国故地（大致相当于新疆南部地区）被纳入噶尔丹的统治范围。
众所周知，噶尔丹是康熙皇帝的重要对手。因此，在征服叶尔羌汗国后，噶尔丹并未直接统治此处，而是采取间接控制，类似中原的羁縻政策。为了维持稳定，噶尔丹扶持已经维吾尔化的叶尔羌王室后人，作为地方统治者，每年向准噶尔进贡。
17世纪初的叶尔羌汗国与准噶尔
不过，此时的南疆地区存在着多股势力，残存的叶尔羌王室是其中之一，还有黑山派与白山派（回教苏菲派下纳格什班底耶教派的分支）。其中，白山派的宗教领袖阿帕克和卓势力最盛，与王室后人争权夺利。
一、阿帕克和卓出逃归来
阿帕克和卓原只是个宗教领袖，可以号召一帮百姓搞搞事，还不足以插手政治，毕竟当时得势的是黑山派。但叶尔羌汗国后期内乱，使他逮着机会成功翻身。当时，叶尔羌可汗阿不都拉哈与儿子尤勒巴尔斯产生矛盾，尤勒巴尔斯遂求助于白山派，阿帕克和卓收尤勒巴尔斯为穆里德（意为门生）。
白山派与黑山派传承关系
公元1667年，阿帕克和卓终于把尤勒巴尔斯推上汗位，短暂地成为了叶尔羌的实际统治者。然而好景不长，1670年，黑山派东山再起，扶立叶尔羌末代汗伊斯玛业勒。
伊思玛业勒汗对白山派开展清洗，唯有阿帕克和卓逃出生天，向西逃入克什米尔。之后，他来到河西走廊，在此处通过佛教徒的帮助，联系上达赖喇嘛。奇怪的是，身为藏传佛教的宗教领袖，五世达赖喇嘛竟然热情地帮助了这位回教教派领袖，并要求准噶尔汗国的噶尔丹出兵，帮阿帕克和卓恢复地位。
噶尔丹信奉藏传佛教，也早就对天山南路的叶尔羌汗国垂涎三尺。更何况此次出兵，噶尔丹可以借用阿帕克和卓的影响力，于是欣然同意。至于达赖喇嘛，由于叶尔羌汗国强盛时几次三番入侵乌斯藏，故而也乐意搞乱叶尔羌汗国。
五世达赖
此时的叶尔羌汗国也早已分裂。至1653年，汗国东部（以吐鲁番为中心）被巴拜汗掌控，而巴拜汗虽然是出身叶尔羌汗族，但他属于亲准噶尔派。1678年，巴拜汗去世，次年，噶尔丹征服汗国东部地区，巴拜汗的儿子阿不都里什特成为他的附庸。
公元1680年，噶尔丹以汗国东部为跳板，联合阿帕克和卓和阿不都里什特，在白山派教众配合下，出兵攻灭叶尔羌汗国，伊思玛业勒汗被俘。出逃十载后，阿帕克和卓终于再次以胜利者的身份回到叶尔羌。
二、叶尔羌后人的统治
噶尔丹征服了叶尔羌汗国，但并没有精力统治此地，他扩张的重心始终在东面，以清王朝为终极对手。因此，噶尔丹需要在叶尔羌故地扶持代理人，犹如中原王朝的羁縻制度。然而，他选择了阿不都里什特，而不是阿帕克和卓。
叶尔羌汗国后期世系
至于原因，很好理解。噶尔丹深知阿帕克和卓的威力，他可以联合准噶尔人颠覆叶尔羌汗国，自然也可以和噶尔丹作对，几十年来的所作所为，更充分显示了阿帕克和卓的野心。
利用完阿帕克和卓和白山派，噶尔丹又转而保护黑山派，此后成为地区统治者的叶尔羌汗族成员，多与黑山派关系密切。阿不都里什特就是如此，他与黑山派合作，极力排除阿帕克和卓的影响，并图谋重新使叶尔羌独立。
阿不都里什特没能认清形势，贸然与准噶尔作对，这又给了阿帕克和卓一个机会。1682年，噶尔丹与阿帕克和卓废黜了阿不都里什特，他被关押了十数年，直至噶尔丹战败自杀，之后投奔清朝。
噶尔丹画像
不过，阿帕克和卓还是没能成功，噶尔丹又扶持阿不都里什特的二弟马哈麻特•额敏（又译穆罕默德依明）为汗。尽管没能完全颠覆叶尔羌汗族，但阿帕克和卓还是在阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌、和田等地建立起政教合一的统治。
马哈麻特•额敏喜提大汗之位，但实在算不得幸运。他从一开始就是和阿帕克和卓家族共治，而且不是阿帕克和卓的对手，长期处于下风。无奈之下，大汗不但拜阿帕克和卓为师，还将自己妹妹哈尼木•帕的沙（又名哈努姆帕夏）嫁给他。
即便如此，阿帕克和卓还是没有放弃对最高权力的追求，他与马哈麻特•额敏的矛盾最终也不可调和。公元1692年，阿帕克和卓凭借他的影响力，又一次发动教众暴乱。在和卓的进逼下，马哈麻特•额敏先是节节败退，最终放弃抵抗。
叶尔羌汗国王陵
阿帕克和卓终于赢得了最终的胜利。不过，由于他的宗教职务与大汗之位有冲突，和卓让他的儿子雅雅和卓（又译叶海亚和卓）成为大汗。
三、阿帕克和卓政权的盛衰
公元1692年，阿帕克和卓和儿子雅雅和卓终于统治了叶尔羌故地，阿帕克和卓迎来了他一生的高光时刻，但同时也面临着麻烦。
白山派首领世系
阿帕克和卓的同宗，黑山派领袖舒艾布和达涅尔兄弟，仍是他的心腹大患。这兄弟俩是和卓沙迪之孙，和卓帕的沙（玛木特·阿布都拉）之子。阿帕克和卓攻占叶尔羌时，和卓帕的沙出逃，最终客死异乡，留下了舒艾布和达涅尔两兄弟。
在此前阿不都里什特与马哈麻特·额敏的反白山派行动中，这两兄弟率领黑山派教众出了不少力。然而，阿帕克和卓这个狠人，在卷土重来后却突然宽容起来，不仅全数归还了黑山派的田宅财宝，还诚挚邀请逃到克什米尔的舒艾布与达涅尔回来，与他一同治理叶尔羌故地。
天降喜事，舒艾布和达涅尔没法辨明真假，踟蹰不敢前去。但连续从叶尔羌传来的好消息，表明财富和地位似乎就要失而复得了，两兄弟禁不住就上了路。
叶尔羌汗国王陵
但是，兄弟俩还是有些信不过阿帕克和卓。于是他们分头行动，舒艾布去叶尔羌，而达涅尔返回克什米尔。鸡蛋不能都放在同一个篮子里，舒艾布决定冒险先去叶尔羌，如若确实不错，再把达涅尔叫来；相反，如果舒艾布遭了不测，黑山派也不至于绝了。
果然防人之心不可无，舒艾布行至叶尔羌城附近的提孜那甫河畔（今属叶城县境）被阿帕克和卓所杀，达涅尔逃到了撒马尔罕，叶尔羌的黑山派势力也在阿帕克和卓的突然袭击下损失惨重。
暂时解决了黑山派问题，阿帕克和卓的白山派势力达到顶点。他大兴土木，在喀什附近耗费巨额人力物力为其父穆罕默德·玉素甫修建陵墓，并用作其家族墓地，即阿帕克和卓麻扎。由于乾隆的香妃也出自此家族，故而此麻扎被讹传为香妃墓，如今成为著名景点。
阿帕克和卓麻扎
与叶尔羌汗国王陵（也称阿勒屯麻扎，位于叶尔羌城，今莎车县）相比，阿帕克和卓麻扎的奢华不知高出几个度。由于横征暴敛与残酷迫害，叶尔羌于1694年爆发大规模的黑山派暴动，阿帕克和卓死于暴乱。
阿帕克和卓死后，白山派陷入内乱。哈尼木·帕的沙（哈努姆帕夏，阿不都里什特与马哈麻特·额敏的妹妹）拥立自己的儿子，刚五岁的马赫迪为教主兼大汗。哈尼木·帕的沙杀死阿帕克和卓的长子，即她的继子雅雅和卓，并大肆清洗其追随者，在白山派中也激起公愤。
趁乱，吐鲁番和叶尔羌的伯克们与黑山派教众联合起来，拥立阿卜都·里什特和穆罕默德·额敏的弟弟，巴拜汗第三子马哈麻特·木明成为大汗，即阿克巴锡汗。哈尼木·帕迪莎同时被白山派与黑山派追杀，不久与其子被杀身亡。
阿克巴锡汗即位后，立即请回了黑山派和卓达涅尔。然而，喀什葛尔却拒绝达涅尔进城。从尤勒巴尔斯与他父亲阿不都拉哈对峙时开始，喀什葛尔就是白山派的大本营。大乱之中，雅雅和卓其中一个儿子玛罕木特藏在山洞里躲过了屠杀，此时被喀什噶尔的伯克们拥戴，成为了白山派的教主。
喀什噶尔老城
黑山派教主达涅尔与阿克巴锡汗，共同掌控着叶尔羌及以东地区，喀什则属于白山派势力范围。两边相互攻伐，喀什的伯克们与吉尔吉斯人组成联军，拥立了阿克巴锡汗的儿子，阿勒坦·阿合马特为汗。
阿克巴锡汗被喀什伯克们彻底拱火了，打算一举灭了他们，简单粗暴地解决白山派的历史问题。结果，由于过于冒进，阿克巴锡汗大败，还被喀什与吉尔吉斯联军俘虏，不久被杀。
吉尔吉斯人乘机东进，迅速攻占了群龙无首的叶尔羌城。吉尔吉斯首领阿尔祖·马黑麻宣布，苏勒坦·阿哈马特（即此前被喀什伯克的拥立的阿克巴锡汗的儿子）为新一任大汗，而他自己成为叶尔羌的阿奇木伯克（即该城最高长官），白山派引狼入室，让吉尔吉斯人占了大便宜。
从马哈麻特·额敏被杀、雅雅和卓称汗开始，叶尔羌故地一片混乱，然而准噶尔人并未干涉。此时的噶尔丹与康熙皇帝对峙，他的侄子策妄阿拉布坦乘机占据后方的准噶尔故地，使噶尔丹进退失据，于1697年服毒自杀。次年，策妄阿拉布坦正式成为大汗，准噶尔故地尽归其所有。
准噶尔汗国疆域
策妄阿拉布坦采取相对稳妥的统治策略，与同边的清朝、俄国保持和平，对内加强控制，集中精力休养生息。在叶尔羌伯克的求援下，策妄阿拉布坦逐出吉尔吉斯人，攻占叶尔羌故地，不再沿用叔父噶尔丹的羁縻政策，转而实行直接统治。
此事的确切时间已难考证，大概是在策妄阿拉布坦即位之初，即1698年前后。至此，察合台后王（即叶尔羌汗族）对南疆的统治结束。
参考资料
魏良弢《叶尔羌汗国史纲》
安瓦尔·巴依图尔《略论阿帕克和卓》
魏良弢《西域史上的一个幻影——“伊斯兰神圣国家”或“和卓时代”考实》
刘正寅《阿帕克和卓流亡路线的再探讨》