此前笔者介绍了从赛义德汗到马黑麻汗（又译穆罕默德）时期汗国的兴盛，到马黑麻汗在位时期，汗国实力发展到顶点，汗国治下一片繁荣。公元1609年，马黑麻汗去世，传位于其长子阿黑麻（又译艾合买提）。此次传位违背了蒙古传统，引发了一场规模空前的内乱，汗国由此转衰。
一、汗位继承制度的破坏
按照蒙古人的传统观念，汗国不是君主个人的私产，而是属于整个家族。因此，蒙古统治者采取族内择长的继承制，具体地说，就是兄终弟及，若同辈兄弟全部去世，从子侄辈中再择年长者依次继位。
叶尔羌汗国的政治传统可追溯至大蒙古国时期
这种继承法常见于各游牧民族。在聚族而居的游牧生活，与具有军事民主特征的部落体制中，择长继承可以最大限度地维系庞大的部族成员，增强家族凝聚力，也可避免幼儿即位的混乱局面。
但这种制度的缺陷也很明显。可汗也有人之常情，会对自己儿子有所偏爱。而可汗的儿子在父亲死后，自然也希望继位的是自己。因此，游牧民族政权极易产生内乱，叶尔羌汗国中期就是由此衰落。
叶尔羌汗国世系
公元1609年马黑麻汗死时，同辈尚有十二弟阿都剌因（又译阿不都热依木）在世，子侄中最年长的也有阿不都哈林（又译阿不都克里木）的儿子，和田总督沙海答儿马黑麻。但最终即位的，是马黑麻汗的儿子阿黑麻（又译艾合买提）。
马黑麻汗出于私心，不惜破坏历史悠久的传统，把汗位传给儿子。他生前就为自己的儿孙铺好了道路，让阿黑麻担任喀什葛尔和英吉沙的总督，阿黑麻之子，他的长孙帖木儿速檀年方九岁，也被委以阿克苏和乌什总督之职。另外，他积极扶持和卓沙迪，协助他传教收徒，获得了宗教界的外援。
为了除去子孙即位的障碍，马黑麻汗又把十二弟阿都剌因从色勒库尔（今塔什库尔干）迁到遥远的吐鲁番去任总督，取代了此前的吐鲁番总督虎答遍迭速檀。
虎答遍迭速檀是马黑麻汗的侄子，曾于1580年左右随其父忽来失叛乱，被阿不都哈林汗平定后重新臣服。因此，派阿都剌因去吐鲁番，既把这个弟弟排除出中央，又取代了虎答遍迭这个潜在反叛分子，可谓一举两得。
1570年叶尔羌汗国兼并吐鲁番
即便如此，阿黑麻汗的即位仍招致了一片反对之声，在黑山派和卓沙迪和几个异密（又译埃米尔，类似诸侯）的支持下才暂时稳住了局势。阿黑麻汗为了寻求支持，只能任由和卓沙迪和异密们（尤其是米尔咱沙家族）发展个人势力，汗权日趋衰微。
二、异密势力壮大
阿黑麻汗即位当年，公元1609年，吐鲁番总督阿都剌因反叛，勾结瓦剌，攻打察力失（今焉耆境内），又进占库车城。阿黑麻汗派长子帖木儿速檀前去平叛，未果。次年继续出征，也遭失败。自此，阿都剌因在东部称汗，与叶尔羌城的可汗分庭抗礼。
与此同时，异密家族的壮大成为威胁汗权的巨大隐患。在两次镇压阿都剌因反叛的过程中，楚剌思家族异军突起，不久开始约束帖木儿速檀，排挤米尔咱沙家族。帖木儿速檀与米尔咱沙家族合谋对付楚剌思家族，让楚剌思家族异密们挨个进帐议事，再让埋伏的刀斧手挨个杀死。
叶尔羌汗国中期疆域
楚剌思家族的漏网之鱼，拉提夫与马黑麻兄弟逃到叶尔羌，阿黑麻汗保护了他们。1614年，帖木儿速檀酒后追逐宫女坠马而死，被阿黑麻汗收留的楚剌思家两兄弟趁机扶立阿黑麻的表弟沙拉夫丁为可汗，不久，叛乱被平定，为首者被放逐。
不久后，阿黑麻汗再次东征，又被阿都剌因打败。铩羽而归，阿黑麻汗在和卓沙迪的支持下，依靠民意，将年仅11岁的儿子拉提甫任命为喀什葛尔总督，如他父亲所为，他也为儿子铺好了道路。
但一波接一波的叛乱接踵而至，汗国先后爆发由汗族亦思干答速檀和阿布哈速檀发动的叛乱。这些叛乱是米尔咱沙家族暗中挑拨的，在叛乱过后，汗族力量进一步被削弱，只有阿黑麻汗的子孙比较兴旺。
叶尔羌汗国王陵大门
米尔咱沙家族地位已仅次于阿黑麻汗与和卓沙迪，这使阿黑麻汗不安，他试图提拔地位较低的官员以平衡各方势力，激起米尔咱沙家族的不满。公元1618年，阿黑麻汗在狩猎时死于兵变。
阿黑麻汗当政九年，始终被反叛势力困扰，这固然有米尔咱沙家族的阴谋，但根本问题是他缺乏即位的合法性。
阿黑麻死后，米尔咱沙家族拥立阿黑麻汗的堂弟忽来失速檀，但和卓沙迪坚持拥立阿黑麻汗之子拉提甫。和卓沙迪运用其宗教影响力，使异密大多支持拉提甫，约在1619年，忽来失速檀被杀，米尔咱沙家族势力被消灭。
三、教派势力控制汗国
拉提甫的汗位稳定后，他的拥立者们重新分配政治权力，并且在和卓沙迪的授意下，异密们逐出了纳吉卜火者及其家人，和卓沙迪从此成为汗国宗教界的绝对权威。
近年复原的叶尔羌汗国王宫
纳吉卜火者与和卓沙迪同属纳克什班底教派，区别在于，前者属于叶尔羌汗国建立之初即传入的派系，而和卓沙迪与其父伊斯哈克和卓，通过支持马黑麻与阿黑麻两代大汗成功干预政治，掌握汗国大权。
伊斯哈克和卓与儿汗和卓沙迪建立的宗派，史称黑山派。伊斯哈克和卓长兄玛木特额敏及其后代所在教派，称为白山派。黑山派与白山派是纳克什班底教派分裂的产物，到1619年，黑山派已掌控叶尔羌汗国，而白山派的统治将在数十年后建立。
拉提甫汗即位当年，吐鲁番的叔祖阿都剌因认为机会到来，又一次西征。和卓沙迪站在拉提甫汗一边，阿都剌因只得知难而退。他改变了策略，不与汗国主力决战，而是慢慢地蚕食周边各城。
叶尔羌汗国王陵
此后，和卓沙迪与异密争夺权力，他使用暗杀手段，除掉了马黑麻玉素甫伯克与舒图尔哈里发，而和卓的信徒把他们的暴毙视作奇迹。
1630年，拉提甫汗去世，异密们拥立拉提甫的侄子，帖木儿速檀的儿子阿黑麻即位。阿黑麻汗曾任阿克苏总督，即位后带来了阿克苏的原班人马，让他们占据高位。
这引起了叶尔羌异密们的不满，他们将阿黑麻带来的亲信马尔丹伯克与萨塔尔伯克放逐，随后阿黑麻汗的兄弟马合木趁机反叛，1632年，阿黑麻汗出城迎战，溃败后逃到阿克苏，马合木占据叶尔羌称汗。
叶尔羌汗国王宫
公元1634年，东部的阿都剌因汗去世，长子阿布都拉哈即位，不久后出兵占领阿克苏。阿黑麻汗没了立足之地，恳求马合木汗收留。马合木汗本欲驱逐他，在他的母亲与和卓沙迪的劝说下接见了这位兄弟，并将其安顿在叶尔羌城北的花园中。
和卓沙迪之所以劝马合木汗留下兄弟，不是出于善心，而是利用阿黑麻威胁大汗，或是作为下一任傀儡。1635年，马合木汗被和卓沙迪暗杀，原因不详。和卓沙迪拥立阿黑麻汗复位，得到了巨额赏赐。
不久，阿黑麻与和卓沙迪关系恶化，极可能是阿黑麻汗对大权旁落极度不满。1638年，东部可汗阿不都拉哈来攻，叶尔羌军队本具有优势，但和卓沙迪倾向于阿不都拉哈，于是异密们也抛弃了阿黑麻汗，后者逃到河中地区，投奔贾尼王朝，不久后死于进攻安集延的战争。
阿曼尼莎汗纪念陵，叶尔羌汗国王陵内
由此可见，和卓沙迪不但能暗杀贵族，更能决定战争胜负，左右可汗废立。
结语
叶尔羌汗国继承制度存在隐患，异密势力与宗教势力趁虚而入，和卓沙迪与马黑麻汗相互利用，马黑麻汗达到了汗位传子的目的，和卓沙迪则依托汗权支持迅速发展个人势力。最终，汗位之争导致内乱后，异密势力与宗教势力先后掌控汗国。
在和卓沙迪的操纵下，东部吐鲁番的大汗阿不都拉哈重新统一叶尔羌汗国，上演了新疆版曲沃代晋，创造了汗国的中兴。此后，汗权得到重振，却也面临着更大的危险。