1348年，察合台汗国已陷入到一片混乱之中，杜格拉特部（又译朵格剌惕部）拥立王室后代秃黑鲁帖木儿为可汗，东察合台汗国由是建立。
在秃黑鲁帖木儿死后，汗国曾陷入短暂的混乱期，杜格拉特部的哈马儿丁叛乱自立。之后哈马儿丁的侄子忽歹达拥立秃黑鲁帖木儿的幼子黑的儿火者重建了汗国。
忽歹达作为功臣，成为东察合台汗国权势最大的异密（又译埃米尔，相当于诸侯）之一，在黑的儿火者死后陆续拥立了六代大汗，直到被歪思汗逐出汗国。
歪思汗驱逐了权臣，汗国却陷入到持续的分裂之中，最终导致叶尔羌汗国与吐鲁番汗国的分立。在这段时期，汗国主要有三次分裂，涉及三对兄弟。本文以这三对兄弟的三次分裂，在叙述中分析游牧与农耕对汗国的影响。
东察合台汗国分裂时期世系
一、羽努思与也先不花
歪思汗在位时期，瓦剌接连来犯，东察合台汗国的都城由别失八里（位于今吉木萨尔县境内）迁至亦力把里（今伊宁市），准噶尔盆地面临瓦剌的进攻，自此逐渐丧失了汗国重心的地位。公元1428年，歪思汗死于对瓦剌的战争。
歪思汗留下两个儿子，长子羽努思，幼子也先不花。在各部异密（埃米尔）的拥戴下，东察合台汗国开始分裂。以后的几次分裂，大多是王子们争权夺位的野心，和异密们求拥立之功的图谋共同推动的。
歪思汗麻扎（晚清重建）
在此先介绍一下东察合台汗国的大致情况。虽然汗国建立伊始，就在秃黑鲁帖木儿汗的强力政策下皈依伊斯兰教，治下百姓也大多是畏兀儿人（维吾尔族），但传至此时，它仍是蒙古族政权。在大汗之下，汗国由各个部落构成，各部落首领即是异密。（最初与其他蒙古族一样，称为诺颜，改宗后采用“异密”）
在准噶尔盆地逐渐被瓦剌蚕食后，汗国的主要领土分为三块：第一，汗国本部，即亦力把里附近，由伊犁河谷、准噶尔盆地以及中亚部分地区构成。第二，吐鲁番盆地，也归大汗控制。第三，塔里木盆地，杜格拉特部属地。
瓦剌入侵是东察合台汗国衰落的重要原因
准噶尔盆地失去重心地位后，汗国的重心分为伊犁河谷和吐鲁番盆地两处，杜格拉特部庞大的领地阻隔了亦力把里和吐鲁番，为汗国的分裂造成了地理条件。
下面说回汗国的第一次分裂。起初，也先不花得到多数异密的支持，占据了绝对优势，羽努思只能投奔中亚的帖木儿帝国。帖木儿帝国扶持羽努思汗，想让东察合台汗国陷入内乱之中。在帖木儿帝国的支持下，羽努思占据了吐鲁番地区，开始了汗国后期的第一次分裂。
公元1462年，也先不花逝世，其子笃思忒马黑麻即位，此人昏庸无道，待人刻薄，西部汗国衰落。笃思忒马黑麻死后传位怯别。1472年，羽努思汗西征，重新统一了汗国。
东察合台汗国疆域
二、马哈木与马黑麻
公元1478年，帖木儿帝国内乱，羽努思汗乘机西征。一部分异密对西征行动不满，挟持羽努思汗的幼子阿黑麻（又译艾哈迈德）回到吐鲁番，羽努思汗带着长子马哈木（又译穆罕默德）西征，定居于塔什干（今属乌兹别克斯坦），汗国第二次分裂。
如果说第一次分裂是偶然，那么第二次分裂则是汗国内部矛盾的体现。矛盾的双方，是以羽努思汗和马哈木为代表的定居派，与阿黑麻代表的游牧派。
分裂后的东察合台汗国
吐鲁番地区位于东部，靠近蒙古高原，是游牧派的势力范围，西部汗国受绿洲的自然环境与中亚文化的影响，城镇发达，是定居派理想的都城所在。
蒙古本是游牧民族，但东察合台汗国统治了大片农耕区域，使统治者内部出现分化。羽努思汗倾向定居，但仍遵照蒙古传统将都城设在游牧区的吐鲁番。公元1478年的西征行动，使两派分道扬镳。
羽努思汗西征后，与月即别人（乌兹别克人）结盟，从帖木儿帝国手中夺得了河中的大片土地。1487年，羽努思汗逝世，马哈木汗在塔什干即位。不久，月即别人大败帖木儿帝国，占领其都城撒马尔罕。
撒马尔罕，帖木儿帝国都城
实力大增的月即别人转而围攻马哈木汗，西部汗国的统治本就不稳，塔什干很快处于月即别人的包围中。马哈木汗向东面的弟弟阿黑麻汗求援，时间约在公元1501年。
吐鲁番的阿黑麻汗闻讯，将长子满速儿（又译曼苏尔）留下，自己和次子赛义德去西部汗国支援。不久，马哈木、阿黑麻兄弟与赛义德都成了月即别人的俘虏，汗国第二次分裂至此结束。
虽然分裂状态结束了，但东察合台汗国在此阶段内接连丧失领土，准噶尔盆地基本被瓦剌占据，河中地区的疆土也沦于月即别人之手。
月即别人昔班尼汗
三、满速儿与赛义德
不久后，三人被月即别人释放，阿黑麻汗未及东归就逝世于阿克苏，长子满速儿汗即位。
马哈木汗和侄子赛义德的关系恶化，赛义德拉拢吉利吉思人夺取汗位，马哈木投奔月即别人，被月即别的昔班尼汗处死。赛义德占据西部汗国后不久，满速儿汗派兵击败了他，赛义德出逃河中，伊犁河谷被吉利吉思人趁机占据。
现在，满速儿汗挤走了弟弟，成为东察合台的唯一统治者，但汗国仍然无法统一。几次大乱之后，汗国实力损耗几尽，天山以北的地区已基本丧失，杜格拉特部也成了独立王国。
杜格拉特部异密阿巴拜克尔占据了塔里木盆地的一大半，几次打退满速儿汗的进攻。他自称苏丹，通过横征暴敛和暴力考古，积累起巨额财富，在喀什葛尔、叶尔羌（今莎车县）等地修筑坚固城堡。
包括于阗在内的许多古城遗迹遭到阿巴拜克尔的破坏
赛义德在被哥哥满速儿汗玩命追杀后，投奔他的表哥，帖木儿帝国的巴布尔。在巴布尔的支持下，赛义德在公元1514年击败阿巴拜克尔，夺取杜格拉特部的世袭领地。由于定都于叶尔羌，后世称之为叶尔羌汗国。
1516年，赛义德与满速儿会面，赛义德承认满速儿汗的宗主地位，兄弟俩正式和解。后世为与叶尔羌汗国相区别，将吐鲁番的察合台政权称作吐鲁番汗国，以满速儿汗或以羽努思汗为开端。
叶尔羌汗国与吐鲁番汗国
赛义德汗与满速儿汗其实都倾向于游牧，但赛义德的叶尔羌汗国，是在西部汗国的基础上建成的。因此，赛义德与满速儿的分裂，仍是之前分裂的延续，西部的叶尔羌汗国，最终逐步由游牧转向了定居，实现了蒙古与畏兀尔的民族融合。
结语
东察合台汗国后期瓦剌的强大，使准噶尔盆地作为游牧区无法发挥维系汗国的作用。定居与游牧两种生活方式对于统治者的分化，遂在此情况下演变为统治集团的内讧。此外，在蒙古政治传统中，各部贵族权力过大，君主由忽里台大会推举，与嫡长子继承制相比稳定性不足。
上述都是东察合台汗国分裂的原因，在叶尔羌汗国建立后，其中大部分又成为左右汗国兴衰的重要因素。