日本国的领土由北海道、本州、四国、九州等四个大岛和许多小岛组成。根据日本海上保安厅水路部2000年公布的调查结果，日本共有海岸线在100米以上的岛屿6852个，如果加上海岸线在100米以下的岛礁，日本大概真可以号称“万岛之国”了。
领海面积310000平方公里。与俄罗斯存在“北方四岛”（俄方名为“南千岛群岛”）领土争端，与韩国存在竹岛（韩方名为“独岛”）领土争端。山地和丘陵占总面积的71％。全国有160多座火山，其中50多座是活火山，为世界上有名的地震区。富士山是全国的最高峰，海拔3776米。温泉遍布全国各地。境内河流流程短，最长的信浓川长约367公里。最大的湖泊是琵琶湖，面积672.8平方公里。
由于地处海洋的包围之中，属温带海洋性季风气候，终年温和湿润，冬无严寒，夏无酷暑。夏秋两季多台风，6月份多梅雨。1月平均气温北部－6℃，南部16℃；7月北部17℃，南部28℃。年降水量700—3500毫米，最高达4000毫米以上。
日本是个水资源比较丰富的国家。四面环海的地理位置、亚热带温带的气候，使它的降水量很大，因而河流和湖泊的数量众多。多山而且山势陡峭的地势则使其河流湖泊具有了独具特色的景观。
日本的河流
日本河流分布图
日本独立入海的一级河流总共109条(一级河流水系)、14000条一级河川（由国土交通省管理）。据官方统计，日本共有流域面积在1000平方公里以上的河流64条，其中流域面积在1500平方公里以上的一级河流有44条，流域面积2000平方公里以上31条。日本最长的河流是信浓川，全长约367公里。其次是利根川，全长为322公里，（流域面积为日本全国第一）。全国共有干流流程100公里以上的河流40余条，其中干流流程200公里以上的河流仅有10条。
日本全部109条一级河流长度排名
日本独立入海的一级河流总共109条(一级河流水系)、14000条一级河川（由国土交通省管理）。据官方统计，日本共有流域面积在1000平方公里以上的河流64条，其中流域面积在1500平方公里以上的一级河流有44条，流域面积2000平方公里以上31条。利根川，流域面积为日本全国第一，达到1.684万平方公里，全长为322公里，占该国面积4.5%，日本第一条河信浓川，流域面积则为该国第三。以下为日本流域面积十大河流：
利根川，流域面积为1.684万平方公里。
石狩川，流域面积为北海道第一长河，1.433万平方公里。
信浓川，流域面积为该国第一长河，1.19万平方公里。
北上川，流域面积为1.015万平方公里。
木曽川，流域面积为0.91万平方公里。
十胜川，流域面积为0.901万平方公里。
淀川，流域面积为0.824万平方公里。
阿贺野川，流域面积为0.771万平方公里。
最上川，流域面积为0.704万平方公里。
天塩川，流域面积为0.559万平方公里。
日本全部109条一级河流流域面积排名
日本的湖泊
日本的湖泊数量不是很多，全国共有大小湖泊600余个，大部分布在日本列岛的关东、东北和北海道地区。面积最大的湖泊是位于滋贺县的琵琶湖，其面积达670.3平方公里。而最深的湖泊是秋田县的田泽湖，最大水深423.4米。海拔最高的湖泊是栃木县的中禅寺湖，湖面海拔1,269米。
琵琶湖
水面面积在100平方公里以上的湖泊有四个，即：琵琶湖（670平方公里）、霞浦（约168平方公里）、撒娄玛（猿涧）湖（约152平方公里）、猪苗代湖（约103平方公里）。
因日本火山活动频繁，日本的湖泊中火山口湖和断层湖较多，如屈斜路湖、支笏湖、洞爷湖、猪苗代湖、十和田湖等。沿海地区则有一些湖泊是海迹湖，如八郎潟、霞浦、滨名湖、中海等。
日本的湖泊以面积顺序：
1. 琵琶湖(滋贺県)：日本最大湖泊，670.3平方公里
2. 霞ヶ浦(茨城県)
3. サロマ湖(北海道)
4. 猪苗代湖(福岛県)
5. 中海(鸟取県,岛根県)
6. 屈斜路湖(北海道):拥有全国最大的湖中岛
7. 宍道湖(岛根県)
8. 支笏湖(北海道):储水量第二
9. 洞爷湖(北海道)
10. 浜名湖(静冈県)
11. 小川原湖(青森県)
12. 十和田湖(青森県,秋田県)
13. 能取湖(北海道)
14. 风莲湖(北海道)
15. 北浦(茨城県)
16. 网走湖(北海道)
17. 厚岸湖(北海道)
18. 八郎潟(秋田県):填湖之前面积位居第二
19. 田沢湖(秋田県)：日本最深湖泊，最大水深423.4米
20. 摩周湖(北海道)
21. 十三湖(青森県)
22. クッチャロ湖(北海道)
23. 诹访湖(长野県)
24. 阿寒湖(北海道)
25. 中禅寺湖(栃木県)：日本海拔最高湖泊，海拔1269m
26. 印幡沼(千叶県)
27. 池田湖(鹿児岛県)
28. 桧原湖(福岛県)
29. 涸沼(茨城県)
30. 涛沸湖(北海道)