很少有动画能像《蝙蝠侠：动画系列》那样达到如此高度。它凭借阴郁的基调、复杂的角色和标志性的画风，突破了当时儿童娱乐的边界。多亏了全明星的编剧和配音阵容，它成为许多人心中蝙蝠侠及其反派的权威版本。
剧中几乎每个角色都有完整而复杂的背景故事，很多直接取自经典蝙蝠侠漫画。这部剧最好的那些单集，往往聚焦某个角色——英雄或反派——的戏剧性，着力渲染其处境的悲剧性。以下是《蝙蝠侠：动画系列》最出色的单集排名。
第15名 《哈莉和毒藤女》（第一季第56集）
一次抢劫失败后，小丑（马克·哈米尔配音）决定甩掉哈莉·奎茵（阿琳·索金配音）。她决定单干一场抢劫来证明自己，结果碰巧撞上正在抢劫同一家博物馆的生态恐怖分子毒藤女（黛安·佩欣配音）。两人联手躲避警察，组成新的“犯罪女王”组合。
《哈莉和毒藤女》最大的亮点在于这两位同名罪犯之间形成的默契。她们互补的性格和能力带来了许多有趣的对话和富有创意的动作场面，看到哈莉如果脱离小丑能有多高效，也令人兴奋。这次组队太受欢迎，以至于后来在本剧和其他DC作品中反复出现，包括2019年的《哈莉·奎茵》。
第14名 《物以类聚》（第一季第47集）
最近一次被捕后，哥谭市熟知的企鹅人奥斯瓦尔德·科波特（保罗·威廉姆斯配音）决定不再犯罪，想要改过自新。起初似乎没人相信他，但他最终遇到了社交名媛维罗妮卡·弗雷兰（玛丽露·亨纳配音），后者开始与奥斯瓦尔德来往，本意是邀请他去上流社会派对当作笑话。然而，她与奥斯瓦尔德相处越久，就越真心欣赏他。
《物以类聚》是本剧众多以反派为中心的单集之一，让你对他们的“人性”产生共情。企鹅人改过自新的努力最终注定失败，但当你看到他多么拼命尝试，以及维罗妮卡态度的转变，你会真正投入他的故事，希望他能成功。这一集也点出了人们出狱后试图重返社会所面临的非常现实的问题，同时展示了为了自己自私的消遣而吊着别人会带来怎样的痛苦。
第13名 《皮革之翼》（第一季第1集）
当一个蝙蝠状的生物袭击一家制药公司时，警探哈维·布洛克（罗伯特·科斯坦佐配音）获得市长批准，带队追捕蝙蝠侠（凯文·康罗伊配音）。与此同时，黑暗骑士展开自己的调查，并接触到了柯克·朗斯特罗姆博士（马克·辛格配音）。原来朗斯特罗姆在自己身上测试了一种基于蝙蝠DNA的新配方，如今会变成一个可怕的混合体——“人蝠”（弗兰克·韦尔克配音）。
《皮革之翼》是开启整部剧的完美一集。它捕捉到了本剧阴郁的哥特美学，介绍了多个关键角色，也展示了剧本在节奏和人物塑造上的紧凑功力。人蝠也是第一个反派的绝佳选择，尤其是他的动画表现——无论是飞行还是那场恐怖的变身戏，都做得极其出色。
第12名 《黑暗中的梦》（第一季第28集）
蝙蝠侠阻止了一个人往水疗中心的水管里投毒，但自己暴露在稻草人（亨利·波利克二世配音）制造的化学气体中。这导致蝙蝠侠产生剧烈幻觉。虽然有毒气的解药，但服用后会让他失去行动能力两天。蝙蝠侠推迟服药，直到先解决稻草人。但随着幻觉越来越严重，蝙蝠侠最终被送进了阿卡姆疯人院。
《黑暗中的梦》是整部剧视觉上最惊艳的之一。动画由Studio Junio制作，他们把蝙蝠侠的幻觉表现得极其生动细致——包括看到布鲁斯的父母走向杀死他们的枪口，以及蝙蝠侠的敌人们互相变形、向他发起攻击的恐怖画面。除了视觉，这一集也很有张力，展示了黑暗骑士为了这座城市愿意把自己逼到什么程度。稻草人虽然出场时间有限，但用得恰到好处。
第11名 《泥脸之 feat：第二部分》（第一季第21集）
演员马特·哈根（朗·普尔曼配音）被腐败商人罗兰·达格特（埃德·阿斯纳配音）的手下过量注射了一种改变皮肤的药物。药物没有杀死他，反而把他变成了一个有知觉的泥浆体，可以随意改变外貌。哈根计划杀死达格特报仇，这让他和蝙蝠侠产生了冲突。
铺垫在第一部分已经完成，这一集直接深入哈根变成泥脸后的悲剧与恐怖。成瘾、虐待、身体形象、身份丧失——这些主题全部摆在明面上，普尔曼完美捕捉了哈根处境的愤怒与绝望。这一集真正的明星是TMS Entertainment的动画，在泥脸变形时达到了电影级的细节和流畅度。
第10名 《罗宾的清算：第一部分》（第一季第32集）
在制服几个打手后，蝙蝠侠和罗宾（洛伦·莱斯特配音）审问其中一人，对方透露自己在为比利·马林工作。蝙蝠侠随后让罗宾留在蝙蝠洞，自己独自追踪马林。罗宾随后查看蝙蝠洞的电脑，得知马林是托尼·祖科（托马斯·F·威尔逊配音）的化名，正是杀害他父母的人。
这一集为剧集赢得了黄金时段艾美奖最佳动画节目奖。闪回是整部剧最具戏剧性的时刻之一，包括迪克·格雷森父母的惊人死亡……