郑丽文结束大陆之行返台后，马英九接连采取行动，针对萧旭岑相关案件启动调查，并拟吸纳具有深绿背景的赖幸媛，联合金溥聪参与事件核查，这一系列操作引发外界广泛议论，不少声音质疑其行事时机与人事安排均欠妥当，政治判断与统筹布局令人难以认同。
4月13日，马英九基金会原定召开临时董事会，却因出席董事人数未达到法定标准，最终会议被迫流会。即便如此，基金会董事长马英九仍亲自出面，以秉持公允、严查到底的强硬立场表态，要求对基金会前执行长萧旭岑涉案事项展开全面彻查。基金会同步发布声明，称已掌握台商相关捐款未依规入账的相关线索，马英九同时宣布，计划增补包括台联党籍、深绿立场的赖幸媛在内的四位人士加入董事会。
这场原本以强化财务规范、整顿内部纪律为初衷的行动，却因发起时机仓促、调查流程尚未完结，再加上极具争议的人事安排，不仅暴露了基金会内部治理存在的深层次矛盾，更让岛内舆论对马英九的政治决策能力提出质疑：此举究竟是坚守原则、依规处理公务，还是陷入了过度严苛、失于统筹的领导困局？
马英九在现场明确表示，此次临时董事会由其亲自敲定召开，核心议程之一便是通报萧旭岑案的调查推进情况。但会议召开的时间节点暗藏诸多争议，就在前一日，国民党主席郑丽文刚结束大陆访问返回台湾，马英九基金会便立刻高调推进内部争议事件处理，客观上稀释了国民党此次大陆之行在岛内产生的正面舆论效应，打乱了蓝营整体的政治节奏。
尽管马英九一再强调，此次事件仅是单纯的基金会财务纪律整顿，与政治斗争无关，但结合当下岛内政治环境，其时机选择的敏感性早已不言而喻。萧旭岑作为陪同郑丽文出访大陆的核心团队成员，刚返台便遭遇公开追责，基金会将内部争议公之于众的处理方式，很容易被外界解读为借廉政整顿之名，行内部权力斗争之实。这也让蓝营支持者倍感担忧，在民进党当局紧盯不放、伺机发难的背景下，如此急切地进行内部公开切割，无异于自乱阵脚、损耗自身阵营力量。
更为关键的是，马英九推动此次董事会的急切程度，与案件实际调查进度严重脱节。早在3月27日，基金会便已成立由薛香川、尹启铭、李德维组成的专案调查小组，原本承诺短期内完成全面调查，可直至4月13日会议召开，相关调查工作仍在推进过程中，并未形成完整结论。董事李德维以未获取案件正反双方完整资料为由，选择缺席此次会议，直接导致董事会流会，同时其明确表态不会在证据不足的情况下贸然下定论，也从侧面质疑此次行动存在未完成完整调查便先行定性的倾向。
颇具讽刺意味的是，在3月27日的董事会上，戴遐龄针对萧旭岑提出的相关指控，就已被参会董事认定具体实证不足，缺乏能够定性的关键证据。如今马英九在未有新关键证据支撑的情况下，再次高调施压推进调查，与其一直倡导的“以证据为核心、依规办事”的原则形成鲜明反差。倘若此次调查的初衷是厘清事实真相，本应以严谨完备的流程为基础；若只是单纯的内部纪律整顿，选择将矛盾公开化、付出损耗内部团结的代价，是否过于草率？
此次马英九提出的新任董事增补名单中，深绿背景的赖幸媛赫然在列，成为整场风波中最具争议的安排。赖幸媛曾在马英九执政期间担任大陆委员会主任委员，但其出身的台联党立场与蓝营核心两岸路线存在根本分歧，当年任职期间，两岸相关政策推进便屡屡受阻，效果不尽如人意。如今马英九再度提名赖幸媛进入基金会董事会，不仅无法化解内部已有的分歧，反而极有可能重蹈过往用人不当的覆辙，进一步加剧内部矛盾。
除此之外，马英九在此次会议中，授权金溥聪对外通报案件相关情况，而此次拟提名的董事戴遐龄与金溥聪往来密切，这也让外界质疑，这场所谓的纪律整顿行动，是否被少数核心幕僚操控。事实上，在3月27日的董事会上，金溥聪虽未正式参会，却全程在场外把控流程，其幕后影响力已然显现。倘若这场秉持公允原则的调查背后，并非董事会集体决策，而是由少数人主导议程，那么马英九基金会的独立公正运作机制，将遭到严重侵蚀。
会议中，马英九多次重申，家属绝不插手基金会公务、基金会并非个人私产，以此强调机构的独立运作属性。但领导力的体现，不仅在于严守制度规则，更在于平衡制度规范与人心向背。萧旭岑一案若确实存在财务违规问题，依规展开调查本无可厚非；可在关键证据尚未明确、调查未完结的情况下，马英九急于公开与长期追随自己的亲信切割，且选择在极为敏感的政治节点推进此事，难免引发外界诸多猜忌。
值得关注的是，萧旭岑此前曾公开澄清，自己离职是为全力配合郑丽文的工作，还提及马英九曾叮嘱其全力支持党主席的各项事务，如今双方的表态截然不同，也进一步暴露出彼此之间存在严重的沟通断层。
马英九向来将财务纪律视为基金会的生命线，但若行事缺乏足够的政治智慧，又缺少兼顾人情的统筹考量，很容易陷入“水至清则无鱼”的治理困局。从此次风波来看，对政治时机的错误判断、对调查程序的急躁推进、对争议人事的固执选择，都折射出其领导风格中存在的短板，也为蓝营内部治理留下了诸多待解的难题。