他一生有三段婚姻，第一段1948年和杜冶芬结婚，1953年结束，没有子女。第二段1956年5月1日和朱玫结婚，朱玫是新闻记者出身，比他小11岁，能干会英语，两人一起办报，她卖掉首饰凑启动资金，当《明报》最早的女记者，四处采访，晚上抱孩子写稿，还坐轮渡从九龙送饭到港岛。
朱玫和金庸一起过了二十年，育有四个子女，长子查传侠、次子查传倜、长女查传诗、小女查传讷。1976年两人离婚，朱玫提出条件，一是给补偿金，二是新伴侣林乐怡必须绝育，不能再生孩子。金庸同意后，同年和林乐怡结婚，林乐怡比他小29岁，此后一直照顾他的生活，直到2018年10月30日金庸在香港养和医院去世，享年94岁。
1976年他19岁，在美国哥伦比亚大学读大学一年级，和远在旧金山的女友电话里吵了几句，同时听到父母离婚的消息，双重压力下，他选择上吊结束生命。金庸当时在明报办公室写社评，接到美国学校电话后，继续把稿子写完，一面写一面流泪，那篇社评按时见报。
次子查传倜长相最像金庸，圆脸身材结实，小时候不爱读书，缺乏耐心。金庸送他去英国学习会计，回来安排在明河出版社管账务。他对数字没兴趣，后来转向美食，跟蔡澜学写食评，自取笔名八袋弟子，意思是尝尽柴米油盐酱醋茶酒八样，在深圳一家高级酒楼做美食指导，研究川菜粤菜等菜系，日子过得专注。
2006年4月3日，他44岁，在铜锣湾皇室堡HMV唱片店，拿起一张价值115港元的中乐试听碟，撕掉防盗标签放进背包，被保安当场抓住，扭送警局，东区裁判法院审理，他承认盗窃罪，被判罚款500港元。这件事登上报纸，引起议论，金庸当时人在英国，为儿子的事担心，但查传倜觉得只是小事。之后他继续在美食圈活动，没有再出类似问题，生活保持低调。
长女查传诗小时候模样清秀，金庸有时叫她小聋女。5岁那年，全家移居新加坡期间，她发高烧，当地一家小诊所医生没详细检查，就给她注射庆大霉素，烧退后她再也听不到声音，家人拍手叫名字都没有反应。从此她学习手语，适应无声世界。
婚后她辞去部分工作，专心家庭，生了三个孩子，赵国安后来到内地一家电视台财经频道当总监，她也转到内地财经电台担任总监职位，生活步入平稳轨道。她用手语和同事交流，工作家庭两不误，把早年的不便转化成自立的力量。
小女儿查传讷1963年出生，是金庸最疼爱的孩子，从小喜欢画画，12岁拜水墨画家丁衍庸为师，老师两年后去世，她继续自学，先练中国画，后来学油画。香港树仁学院毕业后，她举办过个人画展，金庸亲自到场支持。她的画作有灵气，还参与公益活动，比如为灾区筹款。
她比姐姐早一年结婚，丈夫是医生吴维昌，两人育有两个女儿和一个儿子，家庭和睦。她一直住在香港，离父亲近，晚年常陪伴金庸，是四个子女里最让父亲宽心的一个。金庸给她的外号是木灵子，她后来也用这个名字创作，画过父亲的肖像，笔触亲切。
离婚后朱玫独自住在香港，拒绝金庸几次提出的经济帮助，也不愿和孩子们多联系。她性格倔强，23年共同打拼换来这样的结果，心结一直没解开。1998年11月8日，她63岁，因肺炎住进湾仔律敦治医院，住院期间病房冷清，没有亲属探望，医院员工帮忙处理后事，通过登报才确认身份。
她离世时身边没有熟悉的人，金庸得知后心里一直放不下，晚年多次提到对她有亏欠。林乐怡按约定做了绝育，没有生孩子，专心照顾金庸起居，两人一起走过二十多年，直到金庸2018年离世。
金庸写武侠小说时，笔下人物恩怨情仇分明，侠客总有圆满结局，现实里却充满普通人的无奈。长子走得最早，留下中年丧子的痛；次子一时冲动留下法庭记录；长女带着残疾自立，婚姻也按自己想法走；只有小女儿在艺术和家庭上都平稳。
子女从小在父母关系变化中长大，各有各的路，没有一个继承写小说的事业，却都在各自领域找到位置。金庸晚年信佛，读经书寻求答案，或许也是因为这些家事让他思考人生取舍。朱玫的晚年孤单，林乐怡的无子陪伴，金庸自己对前妻的愧疚，这些事一件件串起来，成了他94年人生里无法回避的部分。