鱼病的诊断是病害防治的基础，及时发现病害、正确判断病情是对症下药的先决条件。特别是早期病害的发现与诊断，是控制病害蔓延、减少损失重要手段。鱼病肉眼诊断仅局限于对常见的、具有特征性症状的鱼病的诊断。
一、根据体表症状的诊断
1.一般情况下，体表充血、发炎、鳞片脱落则多为赤皮病。
2.若病鱼仅鳃盖或鳍条基部充血，皮肤充血不明显，撕开表皮发现肌肉呈充血状或块状淤血则为出血病。
3.尾柄及腹部两侧有火烙样的红斑或表皮腐烂呈印章状则为打印病。
4.体表生有棉絮状的白色物则为水霉病。
5.体表黏液较多并有小米粒大小、形似臭虫状的虫体为鲺病。
6.体表有白色亮点，离水两小时后亮点消失则为小瓜虫病。
7.体表有白色斑点，白点之间有出血或红色斑点则为卵甲藻病。
8.部分鳞片处发炎红肿，有红点并伴有针状虫体寄生则为锚头鳋病。
9.鱼苗、鱼种成群在池塘周边或池水表面狂游，且头部充血呈红点，死亡多且迅速，一般为车轮虫病。
10.病鱼在水中头部或嘴部明显发白，离水后又不明显的为白头白嘴病。
11.病鱼尾柄表皮发白则为白皮病。
12.体色减退：健康鱼具有各种不同的色泽。体色减退时由于黑色素减少导致的，鱼体外观变得苍白，如缺乏胆碱酯与脂肪酸、白皮病、感染爱德华氏菌等。
13.体色发黑：大多数病鱼体色变黑、发黑，有的全身发黑，变黑是黑色素变黑的结果。如营养缺乏、水质不良引起的应急性烂鳃，慢性中毒性出血性败血症等。有的病鱼身体前部尤其是头部发黑，如外伤、草鱼出血病、细菌性烂鳃(乌头瘟)等；有的身体后端发黑，如铅中毒、受伤、晕眩病等。
14.体色的特别变化：有些疾病会造成鱼体局部颜色特别鲜艳，如分歧杆菌病。许多疾病造成体表淤血，是全身或局部变红，如休克、寄生虫寄生、细菌病、病毒病等。鲑科鱼类在营养缺乏时，可在皮肤上形成灰蓝色斑块。
15.粘液增多或减少：鱼类表皮能分泌一层厚薄适度的粘液，其不断地脱落或补充能防止细菌的生长繁殖。但粘液分泌过多会造成鱼类的体质衰竭。不良水质以及原虫、单殖吸虫等寄生时，均刺激鱼体粘液分泌增多，在皮肤、鳃及鳍上形成一层淡蓝色或灰色或灰色膜状物，又是会因附着物不同而呈现不同的颜色。细菌感染时，如鲤白皮病，大量粘液在体表形成一层白色云雾状薄膜。有些疾病在后期表现为脱粘，如漂游口丝虫病，手感鱼体粗糙。长途运输后的鱼可能脱粘，其成活率明显下降。
16.体表充血：微生物性疾病一般均出现体表和肌肉充血现象。有的表现为体表广泛出血，如细菌性败血症、鲤春病毒病；有的表现为局部出血；有的变现为点状出血或淤点；有的为斑块状出血。
17.溃疡：许多微生物病原侵袭皮肤与粘膜后可造成组织的坏死，形成溃疡或糜烂病灶。多为细菌性感染。外伤、营养缺乏(维生素C缺乏)、原虫寄生、线虫寄生等均可造成溃疡。
18.红斑：传染性疾病往往体表形成各种不同的局部红斑炎灶，疾病初期一般表现为充血，发炎、肿胀，后期或继发性感染后，病灶处发生糜烂或形成溃疡。有些症状具有独特性，是临床诊断的主要参考依据，如红斑综合症、赤皮病、打印病、流行性溃疡综合症、败血症等。大型寄生虫寄生部位常形成炎性出血斑点。
19.白斑：寄生物可在体表形成各种各样的白色斑点。如某些寄生物可在体表形成白点状小包囊，如小瓜虫、隐核虫、瓣体虫、钩介幼虫等，白点增多可扩大成白斑，甚至连成一片像撒了一层盐粒。再如阳光暴晒、溃疡性真皮坏死等可在头顶出现苍白色斑点，有时皮肤破损。此外，某些大型寄生虫如本尼登虫、中华蚤等在皮肤和鳃上也呈白点状。
20.黑斑：某些寄生虫在体表形成可见的黑点，如茎双穴吸虫病，在皮肤、鳍条、鳃盖、下颚、眼角膜等处形成黑色小结节，故名黑点病。
21.丝状物：水霉感染可在皮肤、鳃及鳍上形成肉眼可见的灰白色丝状或絮状物，取出水面是一般依然清晰可见，病灶处一般继发溃疡。白头白嘴病的口周皮肤糜烂病灶，在水中可观察到絮状物，但取出水面后观察，则往往不明显。锚头蚤头部插入鱼体肌肉、鳞下，虫体大部露在鱼体外部，犹如在鱼体上插入小针，故称为“针虫病”。当锚头蚤逐渐老化时，虫体上布满藻类和固着原生动物。
22.囊状物或结节：皮肤、鳃和鳍上可出现多多种囊状物或结节，常见的有：孢子虫，颜色具有多样性;复殖吸虫的尾蚴；淋巴结囊肿，多呈白色、淡灰色、淡黄色，克遍及体表、鳃、鳍及内脏各处；为于峡部的甲状腺肿瘤、爱德华氏菌、弧菌感染等。
23.体表脓肿：一般由细菌引起，感染后可造成肌肉组织液化，形成体表脓肿。
24.疥疮：一般有由细菌引起，切开疥后可见肌肉液化。
25.皮肤脱落：一般由细菌性感染引起皮肤脱落。
26.鳞片变化：细菌性疾病常引起竖鳞、脱鳞现象，如竖鳞病、白皮病和赤皮病等。寄生虫寄生可造成寄生处鳞片脱落，如嗜子宫线虫寄生处鳞片呈现红紫色花纹，掀起鳞片即可见虫体。
27.侧线变化：侧线的急性病理变化包括严重的水肿、组织海绵性及坏死和脱落等。在淡水鱼和海水观赏鱼中有一种“头洞病”，为头部表面和侧线遭到腐蚀所致，发病原因不明。
28.躯体变化：躯体肿大是常见的临床症状，如腹腔积水、胃积水、鳔积水及肿瘤等。细菌感染引起的躯体肿大与肿瘤不同，可根据腹部形状、对称性和触感来分辨，前者腹部通常钝圆、躯体对称、触摸柔软；后者通常仅局部大、躯体不对称、触摸通常较硬。腹腔中内脏器官的肉芽囊肿及孢子虫、绦虫大量寄生均可出现躯体肿大。躯体畸形也是常见的临床症状，遗传因素、营养失调、有机磷杀虫药、重金属、寄生虫病、细菌性疾病、病毒性疾病等均可导致不同程度的躯体畸形。
二、根据鳃部症状的诊断
正常的鳃丝整齐、紧密、呈鲜红色。
29.鳃丝腐烂发白、尖端软骨外露，并有污泥和黏液，则为烂鳃病。
30.鳃盖充血或出血：多种传染性性疾病有鳃盖充血或出血现象，如草鱼出血病、鲤春病毒病等，多由细菌引起，细菌性烂鳃病病鱼鳃盖骨的内表皮往往充血，严重时中间部分的表皮腐蚀呈一个圆形不规则的透明小区域，俗称“开天窗”。
31.鳃丝因贫血而发白，很可能是鳃霉病或球虫病。
32.鳃丝末端挂着像蝇蛆一样的白色小虫则为中华鳋病。
33.鳃部浮肿，鳃盖张开不能闭合，鳃丝失去鲜红色呈暗淡色则为指环虫病。
34.鳃丝呈紫红色，黏液较少，则可能为池塘中缺氧引起泛池所致。
35.鳃丝呈紫红色，并伴有大量黏液则应考虑是否为中毒性疾病，如过量使用有机氯消毒剂时这种现象较常见。
36.鳃损伤：
(一)颜色变化：
(1)鳃粘液增多：呈粉红色或苍白色，鳃上有白点、白斑或出血点，多见于鳃部原虫、单殖吸虫、甲壳动物寄生和缺氧、化学物质损伤以及病毒、细菌感染；因营养缺乏、外伤、传染病发生贫血的鱼，鳃呈苍白色。
(2)鳃颜色正常伴有出血点，见于细菌、病毒感染和单殖吸虫寄生。
(3)鳃呈鲜红色，在搬运过程中可能出血，见于弧菌病、病毒性感染和缺氧。
(4)鳃表面呈黄色，见于原虫病和卵甲藻、薄甲藻以及铁质沉积。
(5)鳃呈棕褐色，见于鳃霉病和水中亚硝酸盐过高引起的烂鳃。
(二)鳃丝增生：
(1)寄生虫如变形虫寄生、细菌性疾病可造成鳃丝增生、融合。
(2)鳃丝白浊肿胀：孢子虫、微孢子虫、中华蚤、钩介幼虫等寄生虫和一些细菌性感染，会造成鳃丝白浊肿胀。
(三)鳃丝不同程度的缺损：
鳃丝缺失的本质是鳃丝坏死。见于病毒性、细菌性、真菌性鳃病，甲壳类和原虫类伤害，以及强酸、强碱性水质。
(四)各种囊状物或结节：
多种寄生生物科在鳃上形成白色、淡黄色或粉红色等囊状物，如孢子虫包囊、淋巴囊肿、爱德华氏菌、诺卡菌感染等，以及悬挂的甲壳类。鳃部感染水霉可见棉絮状菌丝。
37.患鱼波豆虫病、鳃隐鞭虫病、斜管虫病、指环虫病等寄生虫性鱼病，则鳃丝上有较多粘液，甚至鳃丝肿胀，鳃盖张开。
38.鳃隐鞭虫病，鳃丝鲜红，多粘液，但鳃丝不腐烂。
39.亚硝酸中毒，鳃丝颜色多变为紫红色等。