在陈秉渊的笔下，原本局限于玉树一隅的商僧纠纷，摇身一变成为“藏兵大规模集结，悍然入侵青海玉树”的国防危机。
为进一步引燃战火，马步芳派遣秘书王家楣携玉树地方头人前往昌都，与西藏噶厦政府派驻当地的藏军司令尕郡达哇交涉。要求昌都藏军接受青海玉树驻军的指挥，遭到拒绝，战争一触即发。
彼时的西宁，马步芳正与胡宗南的代表彭进之周旋。中央军的步步紧逼，让他更加坚定了利用边境冲突转移焦点的决心。他密电马彪，准许其“相机行事，不必过分克制”，实则默许甚至怂恿前线部队主动挑起军事对抗。在马步芳的盘算里，只要青藏边境的枪炮声响起，南京国民政府与兰州方面的注意力，便会从青海内部的权力格局转移到边疆战事上，他便能借此获得喘息与布局的时间。
1932年6月27日，青藏武装冲突全面爆发。藏军以保护尕旦寺为借口，出动数千兵力直扑玉树核心区域结古镇，不仅完成了对结古镇的包围，还牢牢控制了通天河渡口等战略要道。驻守结古镇的马彪部兵力薄弱，只能依托城防工事固守待援，结古镇一时间岌岌可危。
玉树被围的消息传回西宁，马步芳立刻展开了一场精心策划的政治表演。他接连向南京国民政府发出求援电报，字里行间满是局势危急的描述，反复强调青海地方兵力有限，难以独自支撑战局。他派遣专员邹含章等人星夜赶赴南京，向军政部详细“汇报”战况，其核心目的，是借边疆危机向中央索要军械、粮饷与财政支持。
蒋介石收到青藏开战的消息后，第一反应便是派遣嫡系中央军，尤其是驻扎甘肃的胡宗南部以“平叛增援”的名义进入青海。这正是马步芳最忌惮的局面，一旦中央军踏入青海，马家军的独立地位将荡然无存。
对此，马步芳早有应对之策。他表面上对中央军的介入表示“热烈欢迎”，声称唯有中央精锐部队方能平定叛乱，实则心中有数：青藏高原海拔高、气候恶劣，外来军队若没有本地势力配合，后勤补给将面临巨大困难，最终只能陷入进退两难的境地。
为彻底封堵中央军入青之路，马步芳还动员了青海省党部的力量。李天民、燕化棠等人联名致电蒋介石，直言“藏兵虽众，然本省兵力足可应对，若及时进剿，易如反掌”，从侧面论证无需中央军远征的必要性。
当蒋介石电召马步芳的智囊黎丹赴京咨询时，黎丹更是极力陈说由青海本地军队作战的优势，成本低、效率高、熟悉地形。最终，蒋介石采纳了建议，电令马步芳全权负责“固守玉树，进击藏兵”，同时拨付了一批步枪、子弹和通讯设备。马步芳此举可谓一箭双雕，既获得了急需的军火补给，增强了自身实力，又成功将中央军阻隔在青海之外。
得到中央的授权与物资支持后，马步芳的军事行动立刻由守转攻。他通过叔父马麟，任命青海南部边区警备司令部旅长马驯为“玉树宣慰使”，率领援军驰援玉树。援军历经数周的高原艰苦行军，于8月抵达结古镇，与马彪部会合。
军事上的接连失利，迫使西藏地方政府转向寻求政治解决。十三世达赖喇嘛通过驻京代表向国民政府紧急请愿，呼吁调停战事。此时的马步芳，早已达成了既定的战略目标：击退藏军的军事威胁，向中央证明了马家军的“不可或缺”，获得了实际的物资援助，更成功抵制了中央势力的渗透。于是，他顺水推舟，同意与西藏地方政府和谈。
1933年4月10日，青海代表马驯与西藏代表在青藏交界的巴大塘签署《青藏和约》，和约内容基本恢复了战前的边境格局。但经此一役，马步芳对玉树及周边地区的控制力大幅增强，其个人威望与家族势力在青海内部达到了前所未有的高度，这场战争也成为他登顶青海权力巅峰的关键一步。
战后，为了固化这场战事的“功绩”，马步芳主持编纂了《玉树近事记》一书。这本书的编纂过程颇具深意，最初拟定的书名是直白的《玉树战事记》，最终却被黎丹修改为更为含蓄的《玉树近事记》，目的就是淡化军事对抗色彩，避免过度刺激中央政府。