1979年10月，华灯初上的北京依旧有些秋意，陈云躺在北医三院的病床上准备手术，他给胡耀邦递出一张纸条，寥寥数语却句句掷地：“务必把潘汉年问题弄清。”这不是一句随口的嘱托，而是压在他心头多年的石头。手术成功，但那张字条像一把钥匙，悄悄打开了尘封二十多年的门。
手术后不久，廖承志把一份数千字的材料递到中纪委。材料里摆出的疑点越来越多：情报线未暴露、组织未受损、关键证人均未落入敌手。与此同时，胡立教、刘晓、夏衍等也分别送来亲笔回忆。数十年未见天日的旧档案再次被摊在案头，一摞摞，一卷卷，像灰尘后的铁证，需要重新说话。
1980年11月3日，中央讨论《关于建国以来党的若干历史问题的决定（讨论稿）》。会场气氛紧张。廖承志突然提出：“潘汉年若属汉奸，为何延安从未追究？为何情报网完好无损？”一句话激起千层浪，却没人出面反驳。陈云微微颔首，他等的正是这一刻。会后，他让秘书连夜致电公安部：“全部案卷送中纪委。”声音不高，却不容置疑。
卷宗送到香山小楼已近凌晨。陈云挑灯夜读，翻到一份1955年4月的报告，署名“李克农”。纸张微黄，字迹依旧刚劲。报告列出五条反证：一，潘汉年前后所有行动均有中央授权；二，情报网上报有迹可查；三，敌特未捕获任何我方骨干；四，日伪高层情报接连到手；五，潘掌握的机要从未泄密。翻完最后一页，陈云合上档案，只说了一句：“拖不得了。”
1981年3月1日，他致信中央，请求重新调查。信件呈送后，邓小平、李先念先后在“同意”二字上圈画。四天后，公安部、最高检、最高法及中纪委组成联合小组。小组成员回忆，那几周每日凌晨两点才散会，旧海报上的“保密重于生命”六个字让所有人战战兢兢。
与此同时，调查组开始四处寻人。袁殊（曾达斋）此时已年逾七旬，仍住在北京一处老旧筒子楼里。面对白发苍苍的调查员，他只淡淡说了六个字：“我等这一天久矣。”他提供的电台密码本抄件、暗号手册复印件，一下补足了档案空白。调查员惊叹：繁复到极致的情报链条竟经得住三十年的检视。
还有一个关键人物——83岁的夏衍。老人用颤抖的手在回忆录上圈出一行：“四一年，周恩来电令，充分利用一切反动阵营矛盾。”陈云看到这句话时沉默良久。试想一下，如果中央没有这层指示，一个地方情报负责人岂敢与李士群暗中接触？
有意思的是，部分当年的审判卷宗里甚至找不到李克农报告的签收记录。调查组在公安部档案库翻了三天，才在角落里发现那份批注：“阅后存档”。几个字说明一切：文件当年被看过，却被束之高阁。
案件推进得并不顺畅。一些老同志担心牵动过多旧事，表态暧昧。陈云决定“边审边结”，先就争议最大的“汪精卫会面”细节求证。后来查明，那场会面发生于1943年7月21日，地点是上海麦根路一栋公馆。潘汉年到场不到二十分钟，只确认“清乡”动向便匆匆离开，并未涉及情报交易。此事与中央1942年电令“保持渠道，收集敌情”完全吻合。真相一点点浮出水面。
1982年春，联合小组形成终审报告，核心结论只有两条：一，潘汉年绝非内奸；二，原判决程序严重失当。陈云拿到定稿，批示：“即报中央常委讨论。”4月，中央政治局扩大会议通过复查意见。接下来的几个月，法定程序、组织程序一并推进。8月23日，党的十二大召开前夕，《关于为潘汉年同志平反昭雪，恢复名誉的通知》电传各地。自此，黑白翻转。
至此，一桩横跨三十七年的旧案盖棺定论。那一年，陈云七十七岁。文件签发后，他没再多言，只把曾经随身珍藏的李克农报告原件重新入柜。知情者说，那晚他在办公室待到了深夜，灯光亮着，很久、很久才熄。