吴石在国民党军里头算得上是个响当当的人物。他1894年出生在福建闽侯县螺洲乡一个普通书香人家，早年就赶上辛亥革命那股热潮，投身军旅。1911年他参加革命活动，之后进了武昌第二预备军官学校，学业出色毕业。1914年又考上保定陆军军官学校第六期炮兵科，还是以头名成绩出来，人称“吴状元”。1920年公派去日本陆军大学留学，跟何应钦、叶剑英他们是同期，专攻炮兵和军事战术，回国后就成了国民党军中的日本军事专家，精通日语和情报分析。这段经历让他在军界站稳脚跟，不是那种只会冲锋的猛将，而是擅长战略谋划的类型。
抗日战争打响前，吴石已经在国民党军队里积累了不少资历。1934年到1937年，他兼职陆军大学教官，给不少高级将领上过课，比如陈诚、白崇禧这些人，都听过他的战略课。这帮人在国民党里头讲究师承关系，吴石就这么建起一张宽广的人脉网。虽然外界有时把他划到新桂系，但实际上他不沾任何派系边儿，跟顾祝同、何应钦关系都处得不错。这种中立姿态，正好对得上蒋介石的胃口，他需要这种没派系拖累的干将。1937年卢沟桥事变后，吴石调到军事委员会军令部二厅一处，当处长，专门搞对日作战情报。
在抗日战场上，吴石干的事儿挺关键。1939年诺门坎事件，日本和苏联干仗，吴石分析的日军情报通过苏联顾问团转过去，帮苏军打了胜仗。武汉会战那会儿，他差不多每周都得去见蒋介石，汇报日军动向，帮着定防御计划。他还写了好几本军事书，比如《兵学辞典粹编》，短时间里印了三版，蒋介石、冯玉祥他们都给题词，军界当成宝贝参考书。吴石把西方军事理论和中国古兵法掺和一块儿，成了国民党里少见的理论家。1945年抗战赢了，他升国防部史料局局长，这职位看着清闲，其实管军史档案和情报汇总，接触部队调动、战役计划这些核心东西。
1949年国民党败退台湾，吴石7月跟着过去，很快就当上国防部参谋次长，中将军衔。在参谋本部，这位置相当于军中二把手，负责作战方案和情报协调。之前刘斐干过这活儿，1947年孟良崮战役，他把张灵甫的整编74师辎重位置情报漏出去；1948年淮海战役，又出了一些有问题的计划，间接帮了解放军。吴石接手后，继续收集台湾防务情报，包括部队布防、海峡情况，转交给相关渠道。这时候蒋介石加强特务控制，保密局局长毛人凤的权力膨胀起来。毛人凤这家伙，通过抓高官来捞好处，升迁快。
1950年1月29日，台湾地下党头头蔡孝乾被抓，他的记事本里有“吴次长”字样，保密局就把目标对准吴石。毛人凤先上报蒋介石，蒋没明确表态，又去找国防部长周至柔。周至柔跟吴石是老交情，但白色恐怖时期，他不敢冒险，就让毛人凤先找证据。毛人凤派谷正文去办，谷正文带人搜吴石台北家，没搜出啥，但看到吴石老婆王碧奎慌张。第二天，谷正文约王碧奎聊，假装是吴石老部下，说已有证人证明吴石涉案，要是吴石扛着准死，劝王碧奎自己担，说女人交友不当不会重罚。王碧奎上当，说出吴石见过朱枫。朱枫持吴石签的通行证，在舟山被抓，这事儿就坐实了吴石的情报传递。
1950年2月27日，毛人凤当面跟蒋介石汇报，蒋介石说“殊为寒心”，下令抓人。3月1日晚，毛人凤亲自带队逮吴石。关进明德监狱后，吴石挨了打，一只眼睛瞎了。毛人凤审他好几次，许诺招供就复职还送日本治病，吴石啥都不说。保密局接着抓陈宝仓、聂曦这些人，凑成证据链。3月20日，毛人凤递上侦查意见书，列吴石用职务便利传情报，对国民党威胁大。
审判时，蒋鼎文、韩德勤、刘咏尧三人负责，他们认吴石有问题，但没造成大损失，建议重判别死。韩德勤说吴石罪该罚，才可惜。陈诚记得吴石在战场救过他，周至柔也帮腔。蒋介石火了，说三人护短，要撤职，后来周至柔求情，改记大过。1950年6月10日，军事法庭只用10分钟判吴石、陈宝仓、聂曦、朱枫死刑，当天执行。
吴石案办完，毛人凤在蒋介石那儿风光了。保密局改成国防部情报局，统一对外情报，结束跟中统的斗。毛人凤成第一个在职拿中将军衔的局长。谷正文升少将，叶翔之当情报局局长。蔡孝乾也得赏。1955年3月1日，情报局再调整，毛人凤权力缩水。同年，他跟谷正文搞克什米尔公主号爆炸，想炸周恩来，结果周恩来换飞机没事儿，炸死别人。毛人凤彻底失势，军统让位给蒋经国。1956年国民党七届七中全会，毛人凤住院查出肝癌，12月11日去世。他手上血债多，被人骂成白色恐怖罪魁，在台湾也臭名远扬。
蒋介石疑心重，加强特务网，本想稳住局面，结果搞得人人自危。吴石这种高层，本来是蒋介石信得过的，结果因为蔡孝乾一本记事本就栽了。毛人凤抓这案子，纯粹是为自己捞资本，手段狠辣，不讲情面。谷正文他们办案，套话、搜家、刑讯一套一套，吴石老婆没经验，一聊就漏底。朱枫通行证成铁证，舟山被抓更坐实。审判过程快得像走过场，法庭10分钟定生死，蒋介石一怒改判，显出独裁作风。吴石潜伏深，情报价值大，但环境恶劣，叛徒一出全崩。毛人凤这类特务，靠害人上位，手段下作，最终也没好下场。吴石案成台湾早期镇压典型，档案后来解密，显示审判违失多，枪决疑点大。