电视剧《沉默的荣耀》新的剧情中可以说是真的非常的大快人心，原因很简单，因为海东青计划泄密，整个国防部都被调查，吴石这个国防部次长因为几枚指纹，被认为是泄密者，虽然事实如此，但是很显然这些指纹出现在海东青计划的资料上显然不合理，因为吴石从头到尾都是按照自己的分析才得知这个情报的。
令人想不到的是这一切都是谷正文干的，他一直怀疑吴石是卧底，所以不择手段的诬陷吴石，让他的指纹出现在这个绝密计划的资料上，同时他之前还带着余骁男去吴石的家里面，准备搜查，因为黎晴而让阿美帮着王碧奎把他们赶出来，又让余骁男大半夜去窃取证据，结果因为小钱，所以余骁男的计划失败了，吴石暂时平安无事。
好在吴石设局让聂曦出去，加上利用王碧奎传出去的“菜单”让陈宝仓、朱枫、聂曦等人成功的得到了调查余骁男的信息，最终利用余骁男贩卖军事情报，被人赃并获，最终吴石无罪释放，而余骁男和谷正文都被抓了起来，审讯的过程，余骁男还什么都不承认，但聂曦出主意，让他得知谷正文放弃他，于是余骁男真的承认了自己替换文件，诬陷吴石的事情是谷正文授意的。
这件事到了这里，依旧没有人能够查出海东青计划到底是被谁泄密的，但是段退之一心想要打脸保密局，直接向周至柔进言，这件事就让谷正文和余骁男背锅，打压保密局，周至柔表面上不同意，但内心其实还是很乐意的，毕竟海东青计划失败，情报外泄，他是有责任的，这一次让保密局来背锅，蒋介石也不好再责备他。
很快最高军事法庭就判处了谷正文和余骁男死刑，吴石和聂曦都喝茶庆祝了，但是令人想不到的是谷正文这件事还有转机。转机并非在黎晴身上，虽然黎晴发现了聂曦藏在车里面的微型胶卷，看到了里面的情报，聂曦跑去找黎晴，吴石本来是可以杀了黎晴的，但是他并没有，反而是自爆身份，让黎晴知道自己的身份，还给了她林风的信，告诉她林风是被国民党的人给杀害的。
黎晴一开始半信半疑，直到后面谷正文活下来，她自愿成为吴石的眼线，监视谷正文。而谷正文为什么能够活下来呢？主要是因为翁同旺立下“大功”，之前谷正文让他渗透台工委，没想到蔡孝乾此人急功近利，居然让陈泽民和翁同旺一起执行任务，彼时对翁同旺的审查还没有结束，这位就这么着急，最后的结果可想而知，翁同旺带着保密局的人抓了陈泽民，也因此毛人凤有了保下谷正文的机会。
吴石被迫答应放过谷正文，谷正文抓了陈泽民之后用他的妻儿威胁陈泽民，陈泽民最终供出了蔡孝乾的住址，蔡孝乾被抓了，只是蔡孝乾被抓，第一次其实成功逃走了，应该是吴石安排了人放走他，可是没想到蔡孝乾此人好色贪吃，居然为了一口牛排主动暴露了，被抓之后又很快被谷正文的美色以及美食攻势之下背叛了组织。
也正是因为谷正文活了下来，所以蔡孝乾被抓，并且蔡孝乾被他抓住软肋，很快就供出了四百多个地下党的成员，最终牵连出了一千八百多号人被抓，一千一百多人牺牲，而其中朱枫就被他供出来了，不仅仅是朱枫，他的笔记本上还写着吴次长三个字，至于他怎么知道吴石的身份，大概率是因为聂曦曾救下林义良，被他知道了，所以才猜出吴次长。
朱枫暴露了，但是吴石却提前得知了这个消息，原因很简单，因为吴石在谷正文的身边也有眼线，她就是黎晴。吴石安排朱枫离开台湾省，制作了特殊的通行证，却没想到吴石的这个安排却间接害了自己，朱枫逃到了舟山，却还是被抓了回来。
按理说吴石身份到了这时候还是不会暴露，只要朱枫咬死不说，事实上朱枫也的确不可能说出吴石是自己的上线，但吴石之所以暴露，被定罪，原因有两方面，其一是因为小钱被谷正文的人给控制了，谷正文利用翁同旺渗透吴石的身边的小钱，让小钱在关键时刻把吴石的那些证据放在家里面。
只是这些还不够，真正狠辣的其实是周至柔，保密局查到吴石有问题，再一次针对吴石，结果这一次却是周至柔为了保全自己，带着一群人去吴石的家里面搜查，他明知道这样的情况之下，极可能保密局的人会做手脚，但他还是干了，最终吴石暴露，加上陈宝仓手绘的海防图，最终吴石、聂曦、陈宝仓将军都被抓了。
东海情报小组最终覆灭，而真正导致吴石的东海情报小组全员牺牲，主要是因为这四个人物，一个是谷正文，一个是蔡孝乾，一个是小钱，还有一个是周至柔。至于翁同旺之流保密局很多，陈泽民就算背叛了，也不知道朱枫和吴石，真正导致东海情报小组覆灭的始终还是这四个人，最终的结局真的令人泪目。