众所周知，福州是福建省的省会、我国东南沿海重要的中心城市，同时也是明确的Ⅰ型大城市、东南沿海对外开放门户，其地理位置重要、战略作用突出。甚至在1956年4月至1985年6月这段时间，解放军曾有一个大军区专门就是以“福州”来命名的，那就是大名鼎鼎的福州军区，其防区范围包括福建省、江西省，领导管理相应的陆军集团军、海防守备部队以及其他军事力量。
福州军区成立运行后，和其他大军区一样，也设立了自己的军区总医院，即“福州军区总医院”。福州军区总医院是在解放军原九三医院基础上于1959年重新调整组建的，而解放军九三医院则是始建于1949年8月，此后逐步发展壮大。但在1985年的“百万大裁军”中，根据军委部署，福州军区被撤销、其下辖力量转入南京军区，其中就包括福州军区总医院。不过，由于当时的南京军区已经拥有南京军区总医院，所以为了加以区分，南京军区总医院改称为“南京军区南京总医院”、福州军区总医院改称“南京军区福州总医院”。
南京军区福州总医院更名后，肩负新使命走上了优质高效发展的快车道，并经过大力建设，成长为集预防、医疗、保健、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等部队医院。当时，医院由院本部、莆田95临床部、宁德442临床部、福州476临床部和第二住院部组成，其中院本部位于福州市西侧（占地面积38万平方米，展开床位2100张、年门诊量近170万人次、年住院量6.2万余人次），毗邻西湖、左海公园，环境优美、交通便捷、地理位置优越，曾多次被授予“全军为部队服务先进医院”、“全军先进医院”等荣誉称号。
但在此前的军改中，由于包括南京军区在内的七大军区统一撤销、再加上部队联勤保障体制改革，原南京军区福州总医院转隶联勤保障部队序列。2018年11月，南京军区福州总医院正式更名为联勤保障部队第九OO医院，归属联勤保障部队建制，隶属无锡联勤保障中心管理，集预防、医疗、保健、教学、科研等多种功能于一体，系三级甲等综合性医院，开设有48个临床科室和10个职能科室。
当前，联勤保障部队第九〇〇医院下辖有两个院区、两个派驻门诊部，其中两个院区具体是指院本部（即主院区）和仓山院区。主院区位于福建省福州市鼓楼区西二环北路156号，占地面积38万平方米、建筑面积10多万平方米，展开床位2600张；仓山院区（原南京军区福州总医院第476医院），始建于1970年，座落于福州市仓山区洪山大桥桥头，占地面积12.5万平方米、建筑面积11.42万平方米，提供床位500张。
此外，联勤保障部队第九〇〇医院还是福建省市医保定点医院，是厦门大学附属东方医院、第二军医大学/南方医科大学/福建医科大学临床医学院、第四军医大学/安徽医科大学/南昌大学医学院的教学医院。医院优势技术明显、学科特色突出，现有高级职称专家近400人，拥有3个国家临床重点专科军队建设项目（即器官移植、妇科、检验）以及其他各类临床重点专科33个（如消化内科、普通外科、呼吸内科、儿科先后获批全军临床重点专科，12个学科获批联勤保障部队联勤医学重点专科和优质学科等）。
继往开来、勇往直前，秉持“姓军为兵、服务群众”的理念，联勤保障部队第九〇〇医院在完成军队医疗卫勤保障任务的前提下，也面向社会公开提供医疗救治服务，并且不断拓宽服务项目、深化服务内涵，获得了外界的广泛赞誉和高度认可。