在交通运输部的力量架构中，有一个正厅级的行政单位叫“交通运输部海事局”（对外也称作“中华人民共和国海事局”），而该局也正是我国直属海事系统的最高领导机构。所谓直属海事系统其实指的就是由交通运输部海事局垂直管理的海事机构，主要分布在我国沿海地区和长江干线流域，职责重大、使命光荣。
交通运输部海事局（中华人民共和国海事局）的主要任务是履行水上交通安全监督管理、管理通航秩序/通航环境、船舶及相关水上设施检验和登记、防治船舶污染、拟订政策法规和技术规范标准、航海保障、组织实施国际海事条约等行政管理和执法职责，以及承办交通运输部交办的其他事项。
值得一提的是，虽然交通运输部海事局（中华人民共和国海事局）只是个正厅级单位，但却下辖着许多的厅级直属单位，其中正厅级单位占绝大多数。根据公开资料显示，交通运输部海事局目前领导管理着正厅级的“上海海事局、天津海事局、辽宁海事局、河北海事局、山东海事局、浙江海事局、福建海事局、广东海事局、广西海事局、海南海事局、长江海事局、江苏海事局、黑龙江海事局、深圳海事局”，以及副厅级的连云港海事局，还有北海航海保障中心、东海航海保障中心和南海航海保障中心。
其中，深圳海事局是我国唯一一个在副省级城市设立的正厅级直属海事机构；而连云港海事局则是交通运输部设置在连云港的直属海事机构，其前身为1987年2月18日由交通部组建的原交通部连云港海上安全监督局，现为副厅局级单位。
至于交通运输部北海航海保障中心成立于2012年10月，现为交通运输部直属事业单位，纳入部海事局管理范围，从2013年1月1日开始正式运行。自2018年7月1日起，北海航海保障中心管理关系已由委托天津海事局管理调整为由部海事局直接管理，中心机关内设9个正处级机构。
交通运输部南海航海保障中心成立于2012年10月，现为交通运输部直属事业单位，纳入部海事局管理范围，主要承担辖区范围内的海事航标建设养护、港口航道测量绘图、水上安全通信等技术支持和服务保障职责。交通运输部东海航海保障中心同样是交通运输部直属事业单位，由交通运输部海事局直接管理，主要承担辖区范围内海事航标建设养护、港口航道测量绘图、水上安全通信等技术支持和服务保障职责。
而由于直属海事系统实施“正厅管正厅”的特殊架构，并且正厅级的交通运输部海事局同时领导管理着十多个正厅级海事局，所以根据管理需要，现任交通运输部海事局局长一职是由交通运输部党组成员、副部长兼任的，此外这名副部长还兼任着中国海上搜救中心主任一职，这就是所谓的“高配”。
在内设机构方面，交通运输部海事局设有办公室、政策法规处、政策法规处、财务会计处、人事教育处（公务员管理处）、通航管理处、船舶监督处（中国便利海上运输委员会办公室）、危管防污处、船舶检验管理处、船舶技术规范处、船舶技术规范处、安全管理处、航海保障管理处、执法督察处（地方海事管理处）、科技信息处、国际合作处、审计处、党组工作部（组织处）、宣传处、纪检办公室和机关党委办公室（工会办公室）。