2002年，刘源被任命为解放军总后勤部副政委。上任不久后，刘源便碰上了大裁军，他的任务是裁减总后勤部所属的4所院校。
这4所院校是解放军第一军医大学、军需大学、第四军医大学吉林军医学院和第三军医大学成都医学院。
那时候，这些院校的许多人不愿离开部队。对此，刘源的心里也不好受。然而，此时的总后勤部资金有限，很难支撑部队的开支。
这是因为，国家为了发展，只好把有限的财力用在经济建设投资上，国防开支便不得不进行压缩。因此，总后勤部的资金就少了许多。
在这种情况下，为优化军费配置，为军队购置更多尖端装备，加快军队向信息化的转型发展，把这4所院校整体移交给当地政府，就是一个很好的选择。
2003年，经过一段时间的努力后，刘源终于做通了这些院校人员的思想工作，同意划归到地方上。
直到此时，解放军总后勤部才最终决定，将所属的解放军第一军医大学整体移交给广东省。
8月4日，在解放军第一军医大学移交广东省管理的交接仪式上，刘源将第一军医大学比作“女儿”。
在移交时，刘源握着广东省省长黄华华的手，怀着激动和担忧的复杂情绪，对他说：“我‘女儿’嫁到你家了，你要好好对她！”
看得出来，刘源对第一军医大学是有感情的，也是当做自己的女儿一样看待的。
听了刘源的话，黄华华怀着复杂的心情，点了点头。那一刻，黄华华也仿佛成为第一军医大学的“公公”。
2004年8月24日，解放军第一军医大学开始转隶移交广东地方办学，整体退出了军队序列，并更名为“南方医科大学”。
当天，中共中央政治局委员、广东省委书记张德江，中央军委委员、总后勤部部长廖锡龙上将、总后勤部政委张文台上将、广东省省长黄华华等军地双方的领导，出席了解放军第一军医大学移交暨南方医科大学的揭牌仪式。
期间，总后勤部副部长王谦宣读了中央军委关于撤销第一军医大学番号的命令，并与广东省委常委、常务副省长钟阳胜共同签署了《第一军医大学移交广东省交接纪录》。
至此，解放军第一军医大学完成了转身。此后，广东给南方医科大学投入了不小的资金和政策支持。
2006年2月，广东省委、省人民政府作出了《关于建设中医药强省的决定》。在《决定》中，明确提出：
支持南方医科大学发挥中西医结合学科群优势，建设一所投资主体多元、医教研一体、国内一流水平的南方中西医结合医院。
在广东地方的资金和政策支持下，南方医科大学发展得越来越好，履行了广东省委对刘源的承诺。
后来，南方医科大学不仅新建了占地244.5亩的中西医结合医院（三级甲等），还得到了整体划规过来的广州邮电医院，更是入选了第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。