Nature系列综述：赵方庆团队综述 AI 驱动的环状RNA发现

编辑丨王多鱼

排版丨水成文

环状RNA（circRNA）是一种具有闭合环状结构的 RNA 分子，与线性 RNA 形成鲜明对比。近期研究揭示了这些环状转录本在基因调控和疾病发病机制中的新兴作用.然而，它们的低表达水平以及与线性 RNA 高度相似的序列，给 circRNA 的检测和表征带来了巨大挑战。

长读长和单细胞 RNA 测序技术的最新进展，与基于深度学习的算法相结合，以前所未有的分辨率和规模彻底改变了对 circRNA 的研究。

2025 年 4 月 17 日，中国科学院动物研究所赵方庆团队在Nature Genetics期刊受邀撰写了题为：Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies的综述论文。

该综述系统总结了环状RNA（circRNA）序列重构、定量解析及功能挖掘中的最新进展和核心挑战，着重阐述了人工智能（AI）技术在 circRNA 研究中的关键作用，并进一步提出了 AI 驱动 circRNA 研究的理论框架和实践路径。

circRNA的鉴定、定量及差异表达分析

circRNA异构体结构的表征

circRNA的细胞异质性分析

circRNA的功能表征

大规模circRNA数据分析中的挑战与机遇

总的来说，这篇综述总结了 circRNA 的发现、表征和功能分析算法方面的最新突破，还探讨了整合大规模 circRNA 测序数据所面临的挑战，并探索了人工智能（AI）驱动算法在未来的发展潜力，以充分挖掘 circRNA 研究在生物医学应用中的全部潜力。

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41588-025-02157-7