台立法机构内政委员会2日审查海基会预算，多名中国国民党籍“立委”质疑海基会预算大增，然而两岸沟通却无进展。对此，海基会董事长吴丰山表示，希望“立委”们不要乱审预算，砍掉了叫他怎么做事，“砍个20块钱没有关系，你一下子要砍1亿、5千万，那我明天就辞职”。
根据《中天新闻网》报道，台立法机构内政委员会2日审查海基会预算，吴丰山指出，海基会有两个工作，一是处理交流产生的事务，二是与大陆对话，两个任务都是受政府委托，由政府编列预算。海基会自成立以来，交流这部份从来没有中断，虽然数字有起伏，但海基会不是摆路边摊，“今天1万个案件，我请10个人来做，变成1.5万件，我请15个人来做，降到5千件，我把另外5个人辞退，海基会不是这样一个单位”。
吴丰山续指，交流产生的事务这一部份，就几乎用掉了海基会所有经费，“过去几年对话中断是事实，我坦白跟各位报告，对话不用花太多钱，所以海基会的钱，是用在处理交流事务”。
吴丰山进一步表示，“陆委会”今年捐助的钱增加了，是因为过去几年，到了每年最后几个月，海基会董事长要去募款，因为经费不够，“请各位想一想，海基会接受委托去做工，工钱还要自己去找，天下没有这个道理，我这个董事长绝对不干这种事”。
吴丰山强调，海基会的预算不是“忽然增加那么多”，而是过去几年钱不够用，现在让它够用，这样而已。
针对吴丰山的发言，无党籍“立委”高金素梅质询，“去年预算是编2.7亿元（新台币），现在是3.3亿元，是不是如您所讲，您来了之后，要求政府要多编预算，不然以前都是募款，您觉得募款很辛苦，所以您答应”行政院长“，要增加行政预算，您才来做董事长？”
吴丰山回应，“我坦白报告，我不愿意做这个事（担任海基会董座），是政府一定要我做，我说可以，但是不能叫我'做工自己去找工钱'，这不可以”。
吴丰山认为，两岸的事情，不同党派各有解读，他都尊重。只是他既然答应担任海基会董事长，就会卖命做，成果大家等着看。
吴丰山说道，“立委”要审预算，自己会100%尊重，但是希望“立委”们不要乱审，“你把它砍掉，叫我怎么做事，砍个20块钱没有关系，一下子要砍1亿、5千万，那我明天就辞职，我坦白跟各位报告”。
去年10月18日，台“陆委会”表示，面对两岸交流互动的诸多挑战，推荐前政务委员吴丰山担任海基会新任董事长。吴先生长年服务贡献于新闻界，曾任政务委员、“监察院”监察委员等要职，视野宏阔，学养俱优。
11月4日，海基会下午举行董监事联席会议，进行董事长补选，前监察委员吴丰山获在场董事一致同意出任海基会董座。
吴担任过《自立晚报》社长、《公共电视》董事长、2006年担任“政院”政务委员、2008年则由前领导人马英九提名担任监察委员。吴担任政委、监委，都是无党籍。