独立不仅仅是国家形式上的独立，还有经济结构方面的制约，在中亚地区的国家，这个经济结构就是“苏联结构”。直到今天，或许还包括未来，这个“苏联结构”依然深深地影响着中亚地区的长期稳定和安全。
苏联时期经济体制的显著特点就是强烈的计划色彩。在中亚地区，吉尔吉斯是一个农业国，农业是经济支柱，占到GDP总量的36%。乌兹别克是世界第六大棉花生产国，第二大棉花出口国。按照过去的数据，乌兹别克的农业人口占该国28%的劳动力，农业贡献了GDP的24%。塔吉克是中亚地区最为贫穷的国家，塔吉克国内生产总值不高，2006年的国内生产总值仅达到了1990年的80%。产业同样是以农业和畜牧业为主。所以，中亚地区的几个主要国家，由于“苏联结构”的影响，经济和生产力都是布局在高耗水的农业领域，这种情况现在并未有根本性的改变。
不过，自苏联时代至今，缺水一直是一个重要的挑战。中亚五国深居亚欧大陆腹地，海洋水汽很难抵达，导致中亚年降水量普遍在300毫米以下，咸海附近和土库曼的荒漠年降水量甚至仅为75-100毫米，只有山区和费尔干纳盆地南坡降水量稍高一些，达到1000-2000毫米。降水量少的同时，蒸发量还异常高，比如阿姆河三角洲水面的年蒸发量可达1798毫米，是当地降水量的21倍。
中亚五国不仅缺水，水资源分布还极为不平衡。中亚东南部是高大的天山山脉和帕米尔高原，上面的冰川和积雪是最重要的水资源来源。春夏季节冰雪消融，锡尔河和阿姆河从中发源，自东南向西北流经图兰平原，穿过沙漠戈壁，最终注入咸海。发源于天山山脉的锡尔河，全长2212千米，流经吉尔吉斯、塔吉克、乌兹别克和哈萨克，流域面积21.9万平方千米，年均径流量336亿立方米。而阿姆河则发源于兴都库什山脉，全长2540千米，流经塔吉克、阿富汗、土库曼和乌兹别克，流域面积46.5万平方千米，年均泾流量430亿立方米。
由于发源和流经国家长度的差异，两大河流不论是流量还是水能方面都呈现出不均衡的特征。就流量来看，43.4%产生于塔吉克，25.1%产自吉尔吉斯，2.1%产自哈萨克，9.6%产自乌兹别克，1.2%来自土库曼。吉、塔两个上游国家贡献了68.5%的流量。而就水能资源来看，塔吉克占70%，吉尔吉斯占21%，合计91%。可见吉、塔两国不管是流量还是水能资源，都占有绝对优势。
苏联解体之后，中亚五国为争夺水资源曾多次发生冲突。从1990年开始，吉尔吉斯和乌兹别克在奥什地区为了争夺土地与水发生冲突，导致300人伤亡。1992年，由于乌、吉跨界河流纠纷，乌派出空降部队，兵临吉边界，以武力向吉施压。2000年冬季，吉尔吉斯为了应对乌兹别克停止对其天然气供应，不得不加大托克托古尔的放水量，以供应国内的电力需求。结果导致乌兹别克大面积的棉田成了沼泽。2008年和2009年夏季托克托古尔大坝的管理失误导致了乌兹别克和哈萨克的水源短缺，也导致了吉尔吉斯的长期缺电。随之而来的吉尔吉斯动荡最终在2011年导致时任总统巴基耶夫下台，凸显了水资源问题的高度政治性。
近年来，中亚五国关于水资源的纠纷甚少耳闻，中亚五国之间也多次表示要加强对水资源的协调管理和使用，并且在联合国等多边平台上加强协商。水危机的态势似乎出现了缓解的势头。不过，安邦智库（ANBOUND）研究人员认为，基于历史和现实因素的综合作用，中亚五国的水危机距离真正的缓和为时尚早，而在当下和未来的3-5年之内，水危机将会持续困扰中亚五国的局势稳定。
首先，中亚五国水危机的基本态势没有任何真正的改变。
就中亚五国的基本水资源形势而言，缺水少水和水资源分布不平衡的状态没有任何真正意义上的改变，这就注定了水资源的稀缺性和对水资源的争夺态势不会有真正意义上的缓和；
由于社会经济的发展，中亚五国的水危机正在持续恶化。中亚五国人口自然增长率高且结构年轻，其对自然资源的需求和消耗能力始终很强劲。人口的迅速增长意味着人均资源占有量进一步走低，短缺情况日益凸显。同时，近年来，中亚五国大力引进外国投资（尤其是中国）来发展制造业，比亚迪的工厂建设也在规划中。建设数据中心的呼声也日益高涨。工业生产和数据运算都需要消耗大量水资源，这令水资源本就不丰裕的中亚五国雪上加霜。
并且，多年来，中亚水污染日益严重。数据显示，仅2018年，流入阿姆河的污水已占到其流量的35%，在下游的乌兹别克的比例甚至更高。生态恶化意味着，原本就匮乏的水资源，能为人利用的则更少。
其次，对于水资源的协调和水危机的应对，中亚五国之间始终缺乏一种强有力的综合机制。苏联时期，通过修建一系列水利设施和协调电能资源分配等方式，苏联在中亚五国之间进行了一系列的资源调配和分工，确立了上下游之间的水资源分配机制。解体之后，原有协调机制不复存在，作为内政问题的水资源调配变成了国际问题。
为了填补苏联解体而形成的秩序真空，1991年10月，中亚五国签署了《关于在共同管理与保护跨境水资源合作领域的协议》，该协议决定成立“水资源跨国协调委员会（ICWC）”，其主要职责是制定锡尔河与阿姆河流域的水资源分配、水体运行和水质监测、水利设施的设计与修复等。但ICWC无法干涉各国内部的水政策，最终沦为仅为中亚各国提供水资源讯息的机构。
而且，该机构也因人员多来自乌兹别克而不受中亚其它四国信赖。中亚五国多次在国际场合呼吁重视中亚地区水危机的举动也表明了其内部协调机制的软弱无力，而这也意味着其水危机的应对和解决缺乏有效的地区主导机制，难以防止其发酵和恶化。在今年4月底召开的“中亚水资源综合协调会议”上，与会的五国专家在各抒己见之后最终仍莫衷一是，有效协调机制依然难产。
再次，国际势力长期在阻碍中亚五国应对水资源危机的努力。近年来，中亚五国的国际NGO组织日益活跃，而这些国际组织大多有西方背景。针对与水资源相关的环境议题，跨国NGO往往会从环保-文物保护等角度出发大做文章。吉尔吉斯当局计划将恰特卡尔河滩地从别什-阿拉尔国家自然保护区划分出来，以便在那里建造一系列水力发电厂，“无国界河流联盟”就此事件向联合国教科文组织世界遗产委员会和国际自然保护联盟发出呼吁，要求吉方停止该计划。环保人士还对吉政府允许在保护区内开采黄金和修建道路基础设施的计划表示担忧。针对去年年底哈萨克政府的水库新建计划，相关NGO也从多个角度论证其不可行性，并组织相关民众请愿以进行干扰。
中亚五国近几年正在积极引入西方资本，国际NGO的影响力有逐渐增强的态势，这些NGO的阻挠工作会妨碍五国应对水危机的努力，使得危机进一步恶化。
去年11月，哈萨克欧亚发展银行发布报告称，中亚五国将在2028-29年面临极为严重的水危机。今年2月，有分析指出，由于灌溉需求增加而设施落后以及水流量下降等原因，中亚五国的水资源消耗急剧增长，超过了主河流的承担能力，水危机迫在眉睫。乌兹别克和塔吉克甚至在今年2月中旬全面升级了河面监控设备以密切关注流量变化。在此情形下，缺乏有效协调机制和国际NGO的搅局做法都会使得既有的水危机进一步加深，进而造成地区冲突甚至动荡，其潜在破坏效应不容低估。
综合来看，苏联的计划经济让中亚地区布局于农业生产，但这个“苏联结构”却受到“缺水”的严重影响。虽然在国家形式上独立了，但经济却继续牢牢的绑定在水资源的问题上，“苏联结构”并没有松绑，几个国家全部维系在阿姆河与锡尔河的流域之上，所以在结构上依然是一体的。迄今只要中亚地区的国家走不出这个“苏联结构”，国家形式的独立，就仅仅是在国家治理的权力方面，而经济在结构上的一体化，对水资源的共同依赖，将会让中亚的这一地区成为矛盾和冲突的火药桶。
对水资源的争夺将会成为未来战争的重要原因。而在水资源匮乏和分布极为不均匀的中亚五国，诸多不利因素的合力将会使得这一问题极为突出并持续困扰地区局势之稳定。