拿出7000万新台币“交保”后，台北检方不服，继续向上提告。岛内高等法院撤销了台北法院的二审裁定，打回重审。1月2日晚间，被台北检方搞烦的台北法院再次开庭审理“京华城案”。
第三次审判，柯文哲被判羁押，台北检方应该不会再提告了
（一）柯文哲三审被押
在法庭上柯文哲与台北检方展开了激烈交锋。台北检方认为：柯文哲并未因辞掉民众党主席而失去实质影响力，柯文哲交保不到一周，蔡壁如即否认侦查中的供词，显示禁止接触同案共犯或证人的命令效果有限。而且柯文哲与陈智菡的对话记录中，也发现曾提及定调共识决，显示柯文哲可以为案情定调，因此认为有羁押必要。台北检方还特别指出，柯文哲的党主席辞职是他个人选择、并非台北检方要求。
柯文哲则回应称：自己不会因为被关进土城看守所就没有影响力，就算被收押，外面的“小草”也不会一瞬间不见、没声音。他认为台北检方口中的“会用影响力串证”实在无法理解。柯文哲忍不住来了一句：“如果要关我就明讲。”
之前台北检方曾向台北法院提出，如果要让柯文哲“交保”的话，至少应该是1亿新台币。而按照岛内的司法惯例，既然台北地方法院要重审，即使“交保”的话，“保费”需要提高，柯文哲第一次“交保”3000万新台币，第二次则增加到了7000万新台币。由于台北检方不满意导致台北地方法院被迫再审，如果再“交保”的话，柯文哲恐怕要满足台北检方的要求，拿出1亿新台币的“交保费”。不过柯文哲在1月2日晚上的法庭上表示：如果还要再“加保”的话，自己得去卖房子。他本人也诉苦称：很不理解自己每天一出门、门口就有数十人在等，“哪里有机会逃亡？”
经过几个小时的审讯，台北法院并未采纳柯文哲等4人及其律师说法，1月2日晚间11点宣布4人全部被羁押禁见。台北法院也给出了一个关键理由：柯文哲曾担任台北市长和民众党主席，具有相当的政治人脉，比起一般人更有滞留海外不归的能力。柯文哲在被调查期间曾称“安排陈佩琪与子女一起前往海外躲避纷扰”的计划，再加上陈佩琪对外宣称从医许久，有能力购买上亿新台币房产，也有在海外生活的能力，因此这次决定扣押柯文哲。从这一判决看，算是满足了台北检方的要求。
不过这可把民众党气坏了，鉴于台湾检察系统易受政治影响，民众党直接抨击台北检方是赖清德的“鹰犬”，把羁押庭当秀场，并隔空喊话赖清德适可而止。
对于柯文哲遭羁押，民众党呼吁赖清德适可而止，代理主席黄国昌表示无法接受
（二）柯文哲之后的民众党
无论如何，这次柯文哲被羁押成了定局，至于说什么时候能被放出来完全是一个疑问，甚至堪称一个悬念。那么柯文哲之后的民众党何去何从？
事实上，从柯文哲首次被台北检方羁押入狱开始，外界对于“后柯文哲”时代的民众党就有很多的讨论。台湾《菱传媒》网站曾做了两个分析：其一，柯文哲正在走下神坛，民众党可能要进入“权力战国时代”。
在未来公开审理的法庭上，柯文哲的案情将犹如剥洋葱式被层层揭露，台北检方的证据能否让外界信服将直接牵涉到柯文哲是否会被迫走下神坛。但无论如何民众党历经柯文哲事件后，权力结构料将进入各方竞逐的“战国时代”。
当年柯文哲打着“超越蓝绿”旗帜搏得眼球，标榜公开透明，在传统的蓝绿政治光谱中杀出白色血路，喊出科学、理性、务实等口号狂吸选票，而今却被起诉贪污，反差过大让支持者无限感慨。
民众党原本几乎是专属柯文哲的“一人政党”，但柯文哲被羁押后“有责无权”，心一横辞去党主席，时间点刚好碰上民众党党代表、中央委员、中央评议委员会等权力结构改组之际，此举杀得党内措手不及，“兵荒马乱”之际，紧急应变小组定调“全力慰留”。
台北检察官重磅起诉柯文哲后，各界都有一堆问题等着柯文哲厘清，柯文哲的形象不易回到巅峰时期的荣光，话语权也难跟过去相提并论，民众党过往一人政党垄断权力的模式将发生质变。
从过去政治人物涉贪被起诉的下场来看，多数人经过公开法庭审理、被选民彻底检视一遍后，以往苦心形塑的完美形象几乎都会崩解，只能用无所遁形、体无完肤形容，要想回到以往如日中天的豪气干云难度相当高。最具代表性的案例就是陈水扁，当初陈水扁也是把自己吹上天，结果一番贪腐爆料，陈水扁迅速民意尽失。最初民进党依旧与陈水扁紧绑，但2008年选举遭遇历史性大败。2008年5月20日陈水扁下台一小时后，对陈水扁的调查开启，同年8月陈水扁承认做了“法律所不许可的事”，把选举结余款汇到海外，公开道歉并宣布退出民进党。但为时已晚，民进党依旧遭受了8年的负面影响。
辞去党主席后，民众党将直接进入“后柯文哲时代”
柯文哲铁了心辞党主席，民众党内权力料将重新洗牌，柯家、黄珊珊、蔡壁如等三大派系控制多数党代表席次，黄国昌虽然没有席次优势，但掌握了声量且具空战优势，可直接诉诸基层，竞逐党员直选的党主席，三方各擅胜场，未来要真的抢占核心，恐有一番硬仗要打。民众党由柯文哲一手培育，包含资金、党员、声量等政治元素，几乎都是依附柯文哲而生。据悉，“挺柯派”的部分人士已在讨论世袭的可能性，即由柯文哲的胞妹柯美兰出来竞选党主席，一旦成真，可望获得黄珊珊的支持，对上可能的对手蔡壁如、黄国昌，势均力敌，白营将进入“战国时代”。
第二种分析：民众党的危机也是转机。民众党成立5年多来，也靠着柯文哲一人光环持续扩大。然而随着柯文哲案件缠身，民众党“一人政党”时代也正式宣告结束。
白营内部人士表示：民众党由柯文哲一手成立，支持者几乎是认同柯文哲理念而来，一旦柯文哲辞去党主席职务，接下来的民众党能否持续获得“小草”的力挺，将是民众党能否维持政治声量的关键。如今柯文哲官司缠身，辞去党主席对柯文哲与民众党而言，都是不得不的选择，民众党正式进入“后柯文哲时代”，柯文哲的声量与影响力势必随着时间弱化。
“是危机，也是转机”，这是民众党的转型之痛。告别柯文哲“一人政党”时代后，接下来民众党的发展将进入到一个新阶段。
而当台北法院二审，柯文哲庭上宣布自己将会辞去民众党主席时，民众党的代理主席人选开始出炉。在法庭上，柯文哲就曾表示自己要辞去党主席，派谁代理需要黄国昌帮忙。这被外界解读为黄国昌将直接代理党主席。
民众党中央会议，柯文哲辞去主席，黄国昌直接代理党主席
（三）黄国昌代理民众党主席
其实严格意义上讲，柯文哲本人并不想辞去民众党主席，岛内媒体发现：如果柯文哲真的想辞去党主席，在第一次“交保”3000万新台币，再到台北法院二审，中间重获自由的2天完全有太多机会处理此事，但柯文哲并没有动作，直到第二次上庭当台北检方质疑柯文哲仍有影响力，形势比人强，柯文哲这才正式提出此事，希望以辞去党主席破除检方一再强调他在党内还有实质影响力的论点。柯文哲再次“交保”后，台北检方再次提告，铆足了劲要把柯文哲羁押起来，在此背景下，柯文哲迅速在元旦这一天开会，推举黄国昌代理民众党主席。
事实上，黄国昌执掌“后柯文哲时代”的民众党早有征兆。在民众党内部，代替柯文哲执掌民众党的潜在人物包括黄国昌、黄珊珊、蔡壁如等人。不过黄珊珊因为“政治献金”争议被停权民众党中央委员。蔡壁如从去年就远赴台中，随着外部更多势力进入民众党，她在党内的支持率和影响力严重下滑，柯文哲的妹妹柯美兰政治经验非常少，去年1月连民代都未能选上。算来算去也只有黄国昌。而且黄国昌本人还有一个优势，他曾经是“时代力量”的主席，有着政党运作的经验。
黄国昌原本承诺不涉入民众党党务，柯文哲去年8月底被台北检方带走约谈时，黄国昌立刻跳出来称“全党上下都相信柯文哲的清白”，并与林富男、李伟华组成“紧急应变小组”，替柯文哲代行党主席职务，甚至帮羁押禁见的柯文哲延长请假至2025年2月28日，就这样一夕之间黄国昌成为党中央的领导核心，对白营的影响力瞬间爆发。
在1月1日民众党中央委员会召开前，民众党内部人士曾透露：柯文哲请假期间，党务由应变小组三位召集人分别是黄国昌、林富男及中评会主委李伟华代行职务。由于李伟华并非民众党中央委员，没有代理党主席资格，因此目前可能代理人选应该是林富男与黄国昌“二择一”，其中又以黄国昌的机率最高。
白营内部人士分析指出，虽然柯文哲指定“黄国昌”处理代理党主席事宜，遭民众党否认是指定代理主席，黄国昌本人也未正面回应，但指定“黄国昌”处理，基本上就是态度的展现，目前党内有共识以“稳定”局势为第一要务。而黄国昌自担任党团“总召”以来，以他对政治的判断及台立法机构议事的娴熟度而言，应是最适合的代理人选。
最初岛内媒体披露代理主席，黄国昌与林富男是二择一
在元旦当天的民众党中央委员扩大会议上，柯文哲直接推荐黄国昌代理民众党主席。在场的15名民众党中央委员，有14人同意、只有黄国昌没举手。至于说柯文哲为何提名黄国昌代理，除了前文所提到的黄国昌有党主席经验，相比其他人更有能力外，恐怕还有柯文哲第一次3000万新台币“交保”有关。
按照柯文哲的说法，他回到家后才知道，这3000万新台币是黄国昌凑的，黄国昌的妻子高翔拿着一大皮箱到台北法院“交保”，并作为柯文哲的“具保人”。第二次“交保”时，黄国昌等8位白营民代再次“凑钱”。这恐怕也是柯文哲最终让黄国昌代理民众党主席的原因之一。
民众党内人士也表示，代理主席仅是过渡性质，依党章规定必须在6个月内完成主席补选，包括黄珊珊、蔡壁如都是可能的人选。不过，黄珊珊因政治献金案遭停权3年，虽党内传出有串联让黄珊珊“复权”的声浪，但由于黄珊珊是因“政治事件”遭停权，基本上没有复权的问题。至于说接下来的党主席补选是否会群雄并起，酿成党内风暴？白营内部人士认为应该不至于，与国民党和民进党不同的是，民众党成立时间尚短，并无明显派系或党员大户，党员自主性高，会考量到党的路线及整体发展，找出适合的人选。
不过白营人士也表示：在黄珊珊未能复权，而民众党又以“稳定”为考量的情况下，接下来的党主席补选，仍是黄国昌的呼声最高，预计黄国昌不仅会代理党主席，接下来也会通过补选的方式成为正式党主席。
那么黄国昌执掌民众党后会带领白营走向何处？从黄国昌带着民众党团在台立法机构同国民党合作的情况看，预计今后“蓝白合”会更加密切。而且黄国昌虽然出身绿营，但由于过去经常打民进党的弊案，同柯建铭等很多民进党民代结下了不少政治恩怨。现在民众党内部一致认为是赖清德在背后搞政治操控要把柯文哲整倒，剿杀民众党，然后夺回年轻选票。现在绿白可谓不共戴天，比蓝绿之间的仇恨更大。今后在台立法机构的议题攻防中，民进党与民众党之间角力恐怕要更激烈。
黄国昌将带领民众党走向何处？预计朝野攻防将异常激烈
不过对黄国昌而言，当下最大的难题就是如何维持民众党的选民基础，过去民众党的支持者与柯文哲的支持者高度重合，甚至可以这么说，选民们支持民众党就是冲着柯文哲去的。现在柯文哲深陷司法官司，民众党掌门人换人，黄国昌能否拉住“小草”是一个不小的政治考验。