国民党军统是维护蒋介石独裁统治的一把锋利匕首，蒋介石用这把匕首破坏共产党组织，排除异己。这些所谓的异己有：国民党内部反对他的政治派别、地方军阀、民主人士和民主党派、反蒋人事等。当然共产党也是“异己”之一。
蒋介石想要铲除“异己”，戴笠手下的军统就成了蒋介石御用的暗杀组织。蒋介石相信靠着暗杀等手段可以解决大部分问题，蒋介石眼中的“异己”大部分都上过军统的暗杀名单：王亚樵、杨杏佛、吉鸿昌、张学良，叶挺、杨虎城、韩复榘、刘湘等等。
今天我们就从曾经暗杀过蒋介石最终死于军统之手的王亚樵说起。
王亚樵早年参加过反对北洋军阀的军事活动，蒋介石本欲重用王亚樵。但王亚樵因公开反对蒋介石屠杀共产党人，于是招到蒋介石的追捕。王亚樵从此开始反对蒋介石，并开始试图刺杀蒋介石。
1931年2月，王亚樵派刺客去南京刺杀蒋介石，因故未遂，又在庐山派遣射手试图射杀蒋介石又未中。7月王亚樵率领杀手在上海刺杀宋子文，杀死宋子文秘书。
1932年4月29日，王亚樵与朝鲜反日志士一起炸死在上海虹口公园参加所谓“淞沪战役祝捷报大会”的一众日本军官。
这几起事件引起了蒋介石极大的恐慌。蒋介石将追捕王亚樵的任务交给了特务处处长戴笠并悬赏100万元，当时蒋介石通缉毛主席和朱德元帅才给5万元。为了追捕王亚樵，蒋介石真是破费了。
1931年至1933年，戴笠动用上海所有能动用的追捕力量，追捕王亚樵无果。
王亚樵于1933年8月通过易容乘船潜离上海。
1935年11月王亚樵利用国民党中央四届六中全会开幕式合影的时机谋杀蒋介石，可惜蒋介石未出席仪式，刺客转而刺杀汪精卫，汪精卫被伤未死。
1936年3月戴笠组织特务亲赴香港捕杀王亚樵与王亚樵组织发生枪战，并未抓到王亚樵。
1936年秋戴笠亲赴广西抓捕王亚樵，此时的王亚樵决定投奔共产党，王亚樵与中共取得联系，但因身边亲近之人的出卖，最终在1936年10月20日被军统杀手杀死于广西梧州。经过枪战，王亚樵与他的4名警卫同时遇难。
“暗杀大王”王亚樵最终死于暗杀，戴笠曾是王亚樵的手下，但为了效忠蒋介石，忠于执行暗杀令，从此深得蒋介石信任，蒋介石之后把很多排除异己的任务交给他。
戴笠的军统另一个震世之作是刺杀杨杏佛
杨杏佛早年参加辛亥革命，曾任孙中山秘书，死前曾担任国民党中央委员，上海市党部委员等是国民党的老党员了，他不满蒋介石的倒行逆施与宋庆龄、蔡元培、鲁迅等人成立了中国民权保障同盟。他曾多次揭露蒋介石专制，到处发表演讲，激怒了蒋介石，蒋介石因此对其起了杀心。
蒋介石命令戴笠杀一敬百。戴笠起初定的暗杀名单里有：宋庆龄、蔡元培、杨杏佛、胡适、鲁迅等人，但碍于宋庆龄地位特殊，蔡元培比较低调，胡适、鲁迅地位稍低。所以选定杨杏佛为暗杀对象。
由于这次暗杀是一次政治性的暗杀蒋介石叮嘱戴笠不能暴露，戴笠手下的军统布置精密，所有参与暗杀的杀手都紧紧遵守着“不成功便成仁”，被捕即自杀，绝对不能泄密的规定。
1933年6月18日特务利用杨杏佛每天乘坐汽车去另一个地方骑马锻炼的机会，将杨杏佛暗杀于法租界内中央研究院大门口，杨杏佛本人连中三枪当场死亡。
由于杨杏佛死于法租界内，蒋介石对此非常高兴，当时的租借有所谓的“治外法权”国民政府的一切执法人员不可以租界里捕人，杀人。所以很多反蒋人士大多数都躲于租界。如果在租界外杀人，很容易让人们怀疑到蒋介石头上，在法租界宋庆玲寓所附近暗杀杨杏佛能更好的威胁宋庆玲，也不容易让人怀疑到蒋介石的头上，蒋介石也顺手测试了一下自己特务杀手的能力。
暗杀杨杏佛事件中一名特务被捕后，自杀未遂，在狱中不慎说出自己在军统内的化名，戴笠害怕他一旦坦白会对蒋介石不好，故通过暗线，将其毒死。
戴笠安排布置的这次暗杀行动。让蒋介石特别高兴。但宋庆玲等人并不畏惧，仍然义无反顾的揭露蒋介石的独裁行径。蒋介石大怒，准备以高压手段迫使宋庆龄就范。
军统开始策划如何重伤宋庆玲而不使她死亡。以免蒋介石无法和宋子文与宋美龄交代。
后来戴笠和沈醉交办，研究用汽车撞击宋庆龄的汽车，使其重伤而不能出席各种活动。蒋介石也认为这个计划很好，但是就担忧万一撞击的力度控制不好将宋庆龄撞死或者伤势过重无法和宋氏家族交代，所以这个计划才迟迟没有执行。
戴笠一直命令沈醉做好准备，以便哪一天蒋介石想清楚了，军统能及时出动，这个计划一直拖到了抗战爆发，最终不了了之。这也是蒋介石和他手下的军统组织唯一忌惮的暗杀。
蒋介石在完成对杨杏佛的暗杀后，甚是满意，在此刻他暗下决心准备继续铲除异己。
报业巨子史良才与抗日英雄吉鸿昌出现在了军统的暗杀名单之上。
史量才在自己掌握的《申报》和《新闻报》上不断抨击蒋介石的“攘外必先安内”的政策。他还从事抗日救国的运动，与中共地下党联系。让蒋介石十分的头疼。
史量才和蒋介石有过一次谈话，蒋介石劝史量才不要和国民政府作对并威胁说：“我有几十万的部队，惹怒他们不好办的。”但是史量才却说；“我也有10几万的读者，惹怒他们也是不好办的。”两人不欢而散。由此蒋介石对史量才有了暗杀的想法。在下令暗杀史良才的同时下令暗杀抗日英雄吉鸿昌。
吉鸿昌抗日名将中共党员，自参加冯玉祥抗日同盟军失败后，潜至天津租界，在中国地下党的掩护下，准备东山再起。蒋介石对吉鸿昌武装抗日活动异常愤恨。决心除掉他。
1934年11月9号下午在天津法租界国民饭店，正在召开秘密会议的吉鸿昌被暗杀，由于吉鸿昌事先换了座位，导致军统暗杀失败，吉鸿昌受到轻伤，被送至医院。
蒋介石见暗杀不成转为公开引渡。11月24号不屈服的吉鸿昌被蒋介石下令枪杀。
11月13号下午史量才的汽车被军统拦在了沪松公路海宁县境内，史量才弃车逃跑，被军统杀手赵理君、李阿大打死在公路旁水塘内。开车司机（这个人提供给军统的路线）也被杀人灭口。同死的还有史量才儿子的同学，被误以为是保镖，史量才之子狂奔得以逃生。
史量才被暗杀震惊全国，蒋介石一边出高价追查凶手，一边给军统杀手5000元奖金。
蒋介石除了把暗杀任务交给军统也把重要人物的关押交给军统，例如叶挺同志的关押、张学良的关押、中共重要干部廖承志的关押也都是由军统负责。军统不为人知的秘密绝对不止暗杀与关押这两项，国民党军统犯下的罪行也绝对不止上述的这一切，更多的真相都要等到将来保存在台湾省的军统局、保密局档案公开，才能公之于众。