历经近四个月羁押，台北地检署以收贿等四大罪起诉民众党主席柯文哲，具体求刑二十八年半；随后，北院裁定他以三千万元的巨额交保。检方起诉书中，详述了柯文哲和党内诸多令人不齿的政商勾串及募资手法，但同时也充满臆测和推论，乃至与案情无关的“政治故事”。检方未能一刀毕命地揪出柯文哲的收贿金流，侦办过程又对特定绿媒不断泄密，也让北检的公信大受损伤。
柯文哲的四大案，包括了奉送京华城容积率收贿，及处理民众党政治献金涉及图利、公益侵占和背信等罪。在京华城案的收贿图利部分，柯文哲究竟收了沈庆京多少贿款，检方语焉不详。北检仅以柯文哲行动硬碟记载的“小沈-1500”，和七笔合计二一○万元的政治献金带过，证据力显然太过薄弱。
在“小沈-1500”部分，检方试图以同一硬碟中其他并列资料也都有收钱的事实，证明这笔纪录确是“柯文哲收了沈庆京一千五百万元”。然而，同案被告议员应晓薇收贿超过五千万元，身为市长的柯文哲收贿却仅一千七百多万元，显不合理。以其他并列资料佐证，充其量只算是“推论”，检方其实未查获“金流”。然后，检方便将所有案情无法厘清部分，全推给潜逃境外的柯文哲秘书“橘子”许芷瑜。
柯文哲处理政治献金之混乱，从起诉书的描述看，堪称是“一摊烂账”。其中，既有政治献金未入民众党账户者，又有开公司和基金会供金流进出者，更把“政党募款演唱会”和“个人营利演唱会”混为一谈。甚至，还有人直接在台北市长办公室、柯文哲寓所地下停车场交付政治献金，都荒谬绝伦。无论最后判决如何，这一桩桩政商黑箱交易的丑态，柯文哲“白袍染黑”再也无法洗白。
对于相关指控，柯文哲和民众党一概否认，并反控北检政治迫害、双重标准，这未免避重就轻。但检视司法侦办过程，确实有诸多可议之处。例如，在“侦查不公开”原则下，却屡屡有各种讯息及细节外泄给绿媒，用来炒作带风向。经舆论一再批评，北检仍照泄不误，若非已不在乎司法公信，就是奉承政治高层授意，是恶质的政治操作。
再看检方起诉书内容，并非纯粹就柯文哲犯罪举证，而像是“柯文哲从政黑资料揭密”。例如，特别将柯文哲行动硬碟中自称“朕”、“朕是雍正皇帝，但绝不会让你成为年羹尧”等资料公开；试问，这与案件本身何干？又如，描述柯文哲对公务员“丢笔怒斥永不录用”情状，是否在跟进最近的“反霸凌风潮”？包括揭露柯文哲延揽财团二、三代进入市长室实习，及“大选”失利后推动“傅冬菊计划”，要使政商界支持民众党。这些内幕，固有助“丑化”柯文哲形象，但难道是为了遮掩检方追查金流不力的窘境，否则有何必要在起诉中渲染政坛八卦？
“清廉”和“透明”是柯文哲从政标举的大旗，但京华城案和政治献金案让柯文哲的“清廉”蒙尘，起诉书所详述政治丑态，则让柯文哲自诩的“透明”变成黑色笑话。如此贪婪无状之行径，一般民众闻之反胃，柯文哲如何继续在政坛立足？
柯文哲的政治生命或已黯淡，但北检侦办此案的诸多踰越行径，其实也是将自己薄弱的公信力与之陪葬。柯文哲遭起诉后，民进党第一时间呼唤“小草回头”，更证明绿营、绿媒和北检的“合作无间”。柯文哲被讥“一年走完阿扁十年路”，而民进党权力一把抓的丑态，又何尝不是“八年走完国民党四十年的路”？