1894～1895年，在中日甲午战争中，历经丰岛海战、黄海海战、威海之战等，清朝北洋海军全军覆没，损失全部大小军舰30余艘，总理海军事务衙门奏请将衙门和海军内外学堂一并暂行裁撤，对失事舰艇艇长全部革职，北洋海军官兵一并遣散，北洋海军就此消失。
甲午战败后，清政府仍有重建北洋舰队的计划，又相继向德国、英国购买多艘大吨位铁甲舰。
1899年3月，慈禧太后召见遭革职处分的原北洋海军“靖远”“康济”舰管带叶祖珪、萨镇冰等人，授萨镇冰总兵衔，授北洋水师帮统领、广东水师提督等职，主持重建海军的工作。
黄海海战
1899年夏天，清政府在英国订购的“海天”“海圻”号巡洋舰到达大沽，同期到达的还有从德国购买的4艘魚雷艇，3艘从德国订购的穹甲巡洋舰，北洋海军拥有1.8万余吨的总吨位。
至此，北洋海军拥有巡洋舰、驱逐舰、鱼雷艇等10余艘，其中“海天”“海圻”号属于二级巡洋舰，为北洋海军史上仅次于“定远”“镇远”的大吨位军舰。
交付前的海天号防护巡洋舰，摄于1897年
1900年，为镇压义和团运动，英、俄、日、法、意、美、德、奥为首的8个主要国家组成八国联军，联合出兵中国，以“保卫使馆”的名义进行武装干预和镇压。5月底，各国军舰24艘集结大沽口外。
1900年6月16日，八国联军舰队开始进攻大沽口的清朝守军，大沽口战役爆发。
八国联军
由于北洋海军统领叶祖珪在事实上属于反对义和拳民的一派，在大沽口战役发生之前乘坐“海容”舰到天津商议机要，强令北洋海军的舰艇不准开炮，并命令另外4艘鱼雷艇前往山东归队，结果鱼雷艇均被列强联军夺去。
叶祖珪
大沽口战役后，为避开八国联军的锋芒，在山东巡抚袁世凯的敦促下，原本在山东登州一带巡航的“海天”“海筹”等北洋海军的舰队相继前往上海。
由于京津地区，清军正与八国联军交战，北洋舰队突然进入上海水域，引起上海租界的外国人集体大恐慌，以为北洋海军南下上海是为了进攻上海租界，缓解北方清军的军事压力。
上海租界的各国领事纷纷照会上海道，要求北洋舰队驶离上海。
八国联军攻入北京
1900年6月26日，上海道台余联沅代表两江总督刘坤一、湖广总督张之洞与列强驻沪领事议定《中外互保章程》和《保护上海城厢内外章程》，又称《东南保护约款》，规定各自保护范围，上海租界由各国共同保护，长江及苏杭内地由各省督抚保护，双方不相互开战，史称“东南互保”。
为了安抚上海租界的外国人，清朝上海道迅速向各国领事表明立场，北洋舰队南下上海的目的不是为了“御外”，而是为了“剿匪”，同时命令北洋舰队各军舰移驻江阴，加入“东南互保”的行列。
东南互保
与清政府的盲目排外举动不同，在这场中外战争中，北洋海军自外于北方战事，选择保持中立，保存了实力，也以某种程度的南北分裂为代价，使得清朝军队在战争时期丢失了统一对外的意志。