在我们的印象中，得道高僧对自己的要求都是非常严格的，轻易不会破戒，但是，却有这样一位高僧，不仅说谎破戒，却还是被人们称为活佛转世，这究竟是为什么呢？
故事发生在1937年的南京，那时，侵华日军的铁蹄已踏入南京城，他们杀人放火，无恶不作，使南京城数万难民无处藏身，只得逃往栖霞寺。
栖霞的高僧寂然法师看到遭受到无妄之灾的难民，毅然打开了寺庙的大门。本以为寺庙是佛门清净之地，不会遭受到战火的波及，可万万没想到的是，鬼子竟丧心病狂到连寺庙都不会放过。
他们冲进寺庙中对着难民展开了暴行，看见女人就拉到屋里去发泄兽欲。一个小孩的母亲被两个鬼子拖走，他在后面哭喊着追着自己的妈妈，可是被对禽兽不如的鬼子开枪打死，女人的丈夫看到后，目呲欲裂，疯狂的冲向鬼子，却被几个人死死的按住，不让他去送死。
鬼子在寺庙中尚且如此，在南京城更是无所顾忌地烧杀抢掠，城里现在已变得断垣残瓦，尸横遍野。就在鬼子肆意施展暴行的时候，他们怎么也没想到，这一切都被一个美国的摄影师拍下来了。
这个摄影师叫马丁，他和女翻译苏萍到南京旅游，不曾想却正碰见鬼子的恶行。他冒着生命危险记录下了这一切，想要带出去让全世界都知道日军在中国所犯下的这滔天大罪。
然而，正在他进行拍摄的时候，却被鬼子发现了，几把长枪立刻就对准了他。所幸的是，他是个美国人，鬼子当时就杀了他。他们向马丁索要胶卷，马丁誓死不从。
然后，鬼子把他带到了栖霞寺，用死亡来威胁他拍摄，日军喂中国孩子吃糖的伪善画面，鬼子这令人作呕的行为让马丁十分厌恶，他在假装拍摄的时候趁机撒腿就跑。鬼子大左害怕自己的暴行被揭露，下令不顾一切也要抓住马丁。
马丁慌不择路地疯狂逃跑，奈何鬼子人多势众，眼看就要被追住了。就在这紧要关头，苏萍把他带进了一间药铺躲藏，在里面还藏有两个栖霞寺的和尚。
与此同时，在栖霞寺内，寂然法师不顾自己重伤未愈的身体，艰难地爬起来为受伤的难民医治。但是，随着难民越来越多，寺内的草药已是杯水车薪，看着被鬼子折磨得伤痕累累的难民，寂然法师知道，如果他们得不到及时的治疗，这里也将成为一个人间炼狱。当今唯一的办法就是能够及时得到足够的药品。
虽然到南京城里可以找到药品，可是那里又被鬼子控制着，寂然法师又脱不开身。这时，本昌和尚自告奋勇，要去城里买药，小和尚志高也要求一同前去。寂然看着年纪还小的志高，本不想让他去冒险，可是现在寺中又找不到合适的人来，只好答应，并嘱咐他们千万要注意安全。
他们到了南京城，发现这里已是满目疮痍，城中许多药店都被炸毁了，就连老板也被炸死在店中。幸好，药材还有剩余，本昌只得破戒，带着小和尚自行拿药。
在药店中，他们恰好遇见了躲避在这里的马丁和苏萍，等鬼子离开后，马丁带着苏萍来到了国际安全区，但是鬼子却无视国际公约，竟公然在安全区抓人，马丁只好把胶卷交给了苏萍，并帮助她跳墙逃走，自己则被鬼子乱枪射杀。
在这个时候，誓死抵抗了鬼子五个昼夜的国军将领，廖文湘也逃到了栖霞寺，寂然安排他躲进了藏经阁。
寂然独自一人在大殿中向佛祖忏悔，祖国大地正在遭受到外敌的蹂躏，而自己却力量微薄，想护住难民都做不到。就在这个时候，苏萍带着胶卷逃到了栖霞寺，寂然深知胶卷的事关重大，他把苏萍藏到寺庙里，准备把胶卷带出去，向全世界揭露鬼子的暴行。
可令寂然没想到的是，就在第二天，鬼子大左也得到了胶卷在栖霞寺的消息。他下令大举搜查寺庙，所幸他们一无所获。谁知，大左恼羞成怒，竟把寂然抓了起来，威逼他说出胶卷和国军将领的下落。
寂然法师不为所动，佛心坚如磐石，他第一次开口犯戒，向大左说道：“我庙里只有难民，没有什么参谋长。”
这是他一生中说的唯一一次谎言，却是为了寺中那几万难民和鬼子在南京所犯罪行的铁证。然而鬼子并不相信，他把寂然的衣服扒下来，在这寒冬腊月，把一桶桶的冷水浇在寂然身上。
寂然法师冻得全身麻木却依旧牙关紧咬，不吭一声。鬼子被气得无计可施，扬言要三天后血洗栖霞寺。
晚上，一个鬼子拽住一个小女孩，搂搂抱抱，一个老僧连忙把小女孩护住，可是却惨遭杀害。这般禽兽行径，顿时惹得那个让鬼子杀害了自己老婆和孩子的中年汉子爆发了，他把鬼子狠狠摔倒在地，疯狂地扭打着，发泄着心中的怒火。在一旁的小和尚拿起刺刀，一刀刺下，鬼子这下彻底咽了气。
汉子虽然报了家仇，可是国恨仍在，此时的他，已经万念俱灰，他不顾众僧阻拦，毅然冲到寺庙门口，疯狂地大喊着：“我杀鬼子啦，我杀鬼子啦……”然后，用一己之身挡住了鬼子的枪口。
寂然法师看到这一切，愤然提笔疾书，他把鬼子所犯的种种罪行，都融进了一纸书信之中，字字诛心有力。
在日本大使馆，寂然法师希望日本能遵守国际公约，停止在中国继续滥杀无辜。然而日本大使却谎称看不懂，并威胁居然不要再写信。居然不顾他的威胁，直接让信登了报。
日本大使勃然大怒，派兵前去把栖霞寺团团围住。寂然知道此次栖霞寺难逃一劫，于是趁鬼子还没动手，便想把国军参谋长廖文湘送出去。他让曾经在日本修过佛法，和鬼子队长有同窗之仪的本昌，去和鬼子协商。
他以要给寺中牺牲的老法师举报一场法事为由，偷偷地将廖文湘藏到出殡的队伍中，逃出了城外。
当天晚上，本昌带着身上藏有胶卷的苏萍逃往寺外，谁知却遭到了鬼子的伏击，苏萍不幸被鬼子打死，本昌拿着苏萍身上的胶卷，冒着枪林弹雨险而又险地逃了出去。
本昌虽然逃了出去，可是寺庙还在，鬼子队长已经将迫击炮装弹，高举着屠刀，正要下令。就在这千钧一发之际，寂然法师一人挡在了寺庙门前，他要用一己之躯护住栖霞寺，护住寺内那数万难民。
看到这一幕的鬼子队长也被深深地震撼到了，在他的耳中、心里，出现了不停地诵经声，他的屠刀最终还是没有落下来。
本昌带着胶卷成功地逃到了上海，把鬼子的罪行公诸于众。可是，这时的寂然，却因鬼子的折磨和过度的劳累一病不起，于1939年10月12日圆寂。
电影是根据抗日战争时期，南京栖霞寺的真实事件改编，是一位叫做传真的法师经过三年不间断的化缘出资拍摄而成。因为被成本所限，请不起明星大腕，这部电影并不为大众熟知，但是，那段屈辱的历史，并不该被我们遗忘。