袁崇焕曾经与皇太极和谈过，但此举并不是什么勾结满人、出卖大明，而是出于一种策略上的考虑，但却被人诬陷，被崇祯帝猜疑，最终被冤杀。
明熹宗天启六年（1626年），后金“战神”努尔哈赤亲率13万八旗劲旅，对外号称20万，大举进攻宁远城。面对倾巢来犯的努尔哈赤，只有一座孤城和1万守兵的右参政的袁崇焕，心中并无丝毫畏怯慌乱之意，而是坚定地指挥加固城防，率兵抵抗，于是，明史上著名的“宁远大战”爆发了。
2月，努尔哈赤的八旗精兵长驱直入，连克锦州、大凌河、小凌河、杏山、松山、塔山、连山诸军事堡垒，兵势浩大，旌旗蔽日，刀枪如林，19日便打到宁远城下，并将这座孤城团团包围了起来。
《明史·袁崇焕传》记载：努尔哈赤派人劝降， 以威胁的口吻道：“我以30万人来攻，必破此城矣”！袁崇焕答道：“义当死守，岂有降理！且称来兵30万，予亦岂少之哉” ？
魏忠贤派来代替孙承宗做辽东主帅的高第到山海关后便止步不前，只会吹牛拍马、别无所长且胆怯畏死的他在长城上以隔岸观火的悠闲心态北眺，坐等宁远城陷落和袁崇焕败亡的消息传来。
努尔哈赤见劝降无效， 立即分兵一部分绕过宁远城，以切断宁远和山海关之间的联系，以防关内明军增援。其实他多虑了，即便他不分兵阻截，高第也不会派一兵一卒来援的。
面对志在必得的努尔哈赤，袁崇焕并不畏惧，他确实是一员临敌而勇的智将。他派总兵满桂、参将祖大寿率部分头把守四门，把城外居民迁入城内，坚壁清野，组织精壮民夫轮流登城值守，并刺破手指写下血书、以激励将士精血守城，还把远在山西的妻子儿女接入城内，以示与城共存亡之意。
就在宁远城内守军枕戈待旦、军民总动员、严阵以待之时，努尔哈赤下令后金军队开始发动进攻了。
满清军队素称剽悍善战，打起仗来浑不畏死，十分凶悍。努尔哈赤先用铁甲兵攻城，这些敢死虎贲身裹两层铁盔，不惧矢石，他们冲至城下，竖起云梯，奋勇攀登。还有部分铁甲兵用铁皮车作掩护，拼命挖掘城墙，居然挖出了好多处缺口。
守城明军在袁崇焕的指挥下表现也十分英勇，他们早已在城头安装好11门从荷兰进口的红衣大炮，每发出一炮，都予敌巨大的杀伤，士兵们则居高临下，用滚木礌石、火铳、箭矢猛击爬城的后金军士，再用浸有硫磺、油脂的燃烧物攻击敌军的攻城器具 ，就这样，后金军前仆后继、一次次的猛烈进攻，又一次次的被明军击退。
袁崇焕本是书生带兵，文官出身的他沉着冷静，即使后金兵登上了城墙、砸塌了几处缺口，他也毫不惊慌，而是披挂上阵，和将士们一起并肩作战，并运石补墙。宁远之战，袁崇焕负伤几处。
激战中，明军的红衣大炮大发神威，竟一炮炸伤了敌酋努尔哈赤。后金军见久攻不克，伤亡巨大，只得挥兵后退，袁又组织敢死队，缒下城墙，追杀敌军，还捡回箭矢十几万枝。史载，明军共击毙清军牛录（左领，统率300士兵的军官）十几人。
21日夜，后金军趁黑攻城，又被明军击溃，只好在26日主动撤围而去。努尔哈赤身受重伤，只能躺在车里缓缓而回。他对诸贝勒说：“我自25岁起兵以来，战必胜，攻必克，历时43年，独不克宁远一座孤城”。他抑郁不安，悔愧交加，烦躁中背上又长了个毒疮，旧伤未愈，新疮又发，几个月后死于盛京（沈阳）以西40里的瑷鸡堡。
从此以后，后金军对谋勇兼具的袁崇焕又敬又畏。
宁远大捷的喜讯传至北京，朝野欢声雷动。高第拒绝增援宁远而被革职，袁崇焕升为四品右佥都御史。袁崇焕乘胜出兵，陆续收复了好几处被高第放弃了的失土。
努尔哈赤死后，他的儿子皇太极继位。皇太极雄才大略，能耐不在其父之下，他吸取教训，采取正确战略，暂时放弃宁远，转而率军北攻朝鲜。
彼时的明清双方，久战疲惫， 彼此都需要一段休整时间，以便整饬军队、休养士卒。明军需要修筑防御工事、训练士兵，清军则把进攻重心放到朝鲜、蒙古，以廓清后方、掠夺财富，巩固统治。就在这样的局势下，袁崇焕审时度势，提出与皇太极议和，双方罢兵息战，互不侵犯，皇太极也有此意，表示赞同，但袁的和谈建议遭到明熹宗和许多大臣们的反对，他们认为满清不过是大明一附庸，没有和大明谈判的资格。
袁崇焕与后金商谈议和之事时，皇太极利用这段空隙击败了朝鲜，袁崇焕也趁这段极其宝贵的和平时期加紧整修了锦州、大小凌河等战略重地的防御工事，并派出援朝军队，只因清军攻势犀利，朝鲜很快就战败投降，明军也迅速退出了朝鲜，没有和清军发生正面冲突。
皇太极征服朝鲜回师辽东后，见袁崇焕修葺城池，训练兵马，声势愈发浩大，哪里是一副求和的样子？明明是在拖延时间，于是皇太极决定发兵攻明，“以战促和”。
1627年，皇太极率军大举进攻，辽西的许多明军堡垒均告陷落，唯独锦州守将赵率教率明军与皇太极血战一月，并重挫清军。皇太极见锦州久攻不克，就撤围转攻宁远。袁崇焕扼守宁远，成竹在胸，两军碰撞，犹如电光火石，激战两天，双方损失都很惨重，在明军的拼死抵御下，宁远城依旧坚如磐石。
皇太极无奈，再次掉头去攻击锦州，但锦州城池坚固，赵率教骁勇善战，部下又效死力，清军死伤枕籍，血流漂杵，仍无法攻克。此时正值6月炎天，不耐酷暑的清兵中暑的中暑、得瘟疫的得瘟疫，士气低落，久战无功的皇太极不得不怏怏率军退回沈阳。
宁锦大捷，袁崇焕威名远扬，成了清军的克星。然而，立下殊功的他并未因之而受重赏，只是官升一级而已。这是为何？只因袁崇焕被认为是东林党人，遭魏忠贤阉党的嫉恨，因此立奇功而不赏。魏忠贤唆使手下诬告袁崇焕私自与皇太极议和，欲行不轨，后来又拒不发兵增援锦州。袁崇焕百口莫辩，只好辞去官职，回老家广东东莞去了。
幸好这年8月，那位爱做木匠活、痴迷捉迷藏的明熹宗病死了，由他的弟弟朱由检继位，是为明思宗崇祯帝。崇祯上位时年仅17岁，却十分精明能干，他不动声色地铲除了祸乱大明的魏忠贤阉党，重新起用了受阉党排挤的袁崇焕。崇祯赐给袁一柄尚方宝剑，有先斩后奏的权力，以示对他的信任和支持，让他去总督辽东的防务。
1629年11月，皇太极率十余万兵马，绕过袁崇焕驻防的宁西，又绕过长城隘口，从西路长途奔袭，直接杀到了北京城下。
袁崇焕闻讯后以两昼夜300余里的速度回援京师，到北京城外时已是人困马乏，但在崇祯的催促下不得不立即与清军接战，两军相持了很久，袁身披铠甲，身先士卒，肋下中了几箭，仍死战不退。清军力战不支，被迫退到南海子旁休整。
崇祯见清军并未远去，便急催袁崇焕追击，甚至歼灭之。袁崇焕认为时机不成熟，加上明军连日激战，死伤极多，急需休整，必须采取坚守不战的策略。崇祯却怀疑袁崇焕，认为他拥兵自重，甚至有篡权谋逆的企图，至少也是要强迫采纳他一贯主张的与满清议和的主张。他还联想到之前袁不经请示，擅杀岛帅毛文龙，实属自毁长城，皇太极这才敢肆无忌惮地大举伐明。如此一想，崇祯那颗刚愎自用而又孤高傲慢的心顿感受到了很大的伤害。
此时，清军在城外大肆烧杀抢掠，京郊百姓大受其害，崇祯身边的太监和亲信大臣大都在郊外置有田庄，如今惨遭清军蹂躏，损失惨重，这些人痛心之余，把一腔怨愤都往袁崇焕身上倾泻，说清军是袁崇焕勾引进关的，他的目的是要挟皇上与清人议和。一时间，各种流言蜚语不胫而走，满京师人都唾骂袁是“汉奸” ，弄得人心惶惶，真假莫辨。竟有不明真相之人站在北京城墙上往城下袁崇焕的士兵头上扔石块，一边怒骂“汉奸兵”，有士兵被砸死砸伤。皇太极闻报大喜，马上使出一招反间计，离间崇祯和袁崇焕的君臣关系。崇祯本为刚愎之君，他下令将袁逮捕下狱，审理了半年之久，最后将忠心耿耿的他凌迟于菜市口。
袁崇焕临刑前，北京城人情汹汹，愚昧的民众莫不欲食其肉噙其皮。袁崇焕惨死，是万古奇冤。今日的一缕冤魂，昨日的万里长城。崇祯擅杀袁崇焕，实乃自毁长城。 若袁九泉有知，英魂不泯，是怨崇祯、怨皇太极、怨温体仁还是怨那群浑浑噩噩、好赖不分的无知民众？此问恐怕永远无解，因为它本就是一段无头的冤案。