抗日战争爆发，国共实行统一战线后，为了更好地实行全民族抗战，国民党曾邀请共产党人到国民政府和军事部门任职。但当时中国共产党曾在1938年9月作出过规定，明确要求中共党员一般不参加国民政府的工作。
但出现了一个新的情况，考虑到周恩来在国共的威望和影响，考虑到他在黄埔军校时期便与国民党一些军政要员打过交道和建立的良好关系，考虑到国共两党合作的诚意，蒋介石邀请中共副主席周恩来到国民党内任职。为此，他还特地要陈诚亲自去拜会周恩来，请周恩来给陈诚作副手，任军事委员会政治部副部长。
与此同时，国民政府行政院院长孔祥熙也表示，希望周恩来到行政院任职，并且孔祥熙还专门派行政院副院长张群出面相邀。
起初，周恩来对于两方的邀请都进行了婉拒。并且表示：对蒋介石的好意心领了，但具体任职当前还是免了。有关抗战之事，该我们办的，没有职务也一样办。
但是，面对周恩来的推托，蒋介石一再坚持，催请周恩来到国民党内任职。
当时，我们党为了与国民党进行联合抗战有关事宜的协调与磋商，专门在武汉成立了中共代表团。针对国民党的一再催请，以周恩来为首的中共代表团，专门召开会议，对周恩来是否到国民党内任职一事进行深入研究，认为着眼国共统一战线的需要，着眼联合抗战的需要，着眼有效协调配合的需要，同时也体现共产党人的诚意，认为可以应允蒋介石到国民党内任职。
至于到底答应陈诚邀请，还是答应孔祥熙的邀请，代表团认为：行政院毕竟属于行政范畴，特别是孔祥熙属于对日主和派，所以对孔祥熙的邀请予以谢绝。而陈诚的军事委员会政治部，毕竟同坚持抗战和挽救国家危局有直接关系，如果到政治部任职，可以从内部直接推动国民党抗战，加之黄埔军校时期，周恩来即曾任过政治部主任，所以，无论从哪方面来讲，周恩来担任政治部副部长是完全可以接受的，是利完全大于弊的。
意见统一后，中共代表团立即给中共中央书记处发去电报，报告了这些情况，并且陈述了自己的意见，希望中央对这个问题重新考虑。电报中指出：“如果屡推不干，蒋、陈会说我党无意相助，使反对合作者的意见得到加强。参加进去可以扩大我们党的影响，推动军队政治工作的改造。”电报还强调：“要有条件地参加进去。”
中央和毛泽东主席回电同意。3月6日，周恩来正式出任国民政府军事委员会政治部副部长。这也是我党人士抗战期间在国民党内出任的最高职务。
在任职政治部副部长期间，周恩来对加强国共合作抗日，对国共不时出现的摩擦，对抗战中出现的重大事件，特别是在应对国民党的几次反共高潮和几次摩擦当中，发挥了极为重要的作用。周恩来在抗战时期担任政治部副部长的一段经历，也是他整个抗战经历中的一个重要时期。