《轩辕剑叁：云和山的彼端》讲述了主人公赛特为追寻真理，从威尼斯启程，历经地中海、阿拉伯等地，最终抵达大唐帝国。在此过程中，他与众多形形色色的人物相遇，演绎了各种各样的故事。该游戏承袭了优美的传统国画风格，横跨欧亚大陆，贯穿法兰克、阿拉伯、中国三个文明，将历史舞台与中西神话完美融合。
以丝绸之路为背景，展现出宏大的世界观、历史观和宗教观。主角赛特从欧洲一路 “战斗” 至大唐，还在幻境中统治了大食，颇具霸道总裁风范。游戏中有众多女性角色，赛特也赢得了她们的青睐。不过，游戏剧情在进入大唐后有种戛然而止之感，令人略感遗憾。总体而言，《轩辕剑叁：云和山的彼端》凭借丰富的剧情、精美的画面、动听的音乐、多样的角色以及巧妙的谜题设计，成为一款深受玩家喜爱的经典角色扮演游戏。
从因果定律来看，赛特的经历充分展现了因与果的紧密联系。例如，赛特前往东方寻觅战争不败之法，这一因最终促成了他在东方的诸多经历以及对王道精神的领悟这一果。卡玛因前世与赛特的纠葛而变成 “被封印的恶魔”，这种前世因后世果的设定，为游戏增添了神秘色彩与深度。
剧情中各角色的命运被淋漓尽致地展现出来，比如慧彦高僧与黄雷的故事。慧彦高僧凭借一己之力阻止两国兵戎相见。在怛罗斯之战中，他所诠释的王道精神，不仅给主角赛特带来了深刻的思考，也让玩家感受到了战争与和平、王道与霸道之间的艰难抉择。他的牺牲成为了游戏中的一个重要转折点，促使赛特对战争不败之法有了全新的认识。
不同地域的建筑与服饰风格迥然不同，背景音乐契合当地风格，对白则依据文化背景构思。例如威尼斯、大马士革、长安这三地各具特色。在水都威尼斯，欧式风格的建筑林立，行人的服饰尽显西方特色，背景音乐轻快悠扬，对白中凸显出西方的文化底蕴。而在大马士革，阿拉伯风格的建筑与服饰让人深深感受到浓郁的中东风情，音乐带有神秘的异域色彩。最后来到长安，古老的东方建筑、传统的中式服饰以及富有中国韵味的音乐，完美展现出大唐盛世的辉煌。这三个地域的独特风格，使玩家仿若穿越时空，尽情领略不同文化的迷人魅力。
《轩辕剑叁：云和山的彼端》在发行初期，因中国内容相对较少且结尾稍显仓促，曾被一些玩家视作烂尾之作。但随着时间的流逝，这款游戏逐渐被玩家重新审视。其恢宏大气的世界观、厚重的历史感，让它在多年后再次被捧上神坛。
此外，游戏结局较为圆满，主角团队皆有不错的归宿。尽管没有过多悲剧情节，但这样的结局给人以温暖和希望之感。与一些以悲剧收尾的游戏相比，《轩辕剑叁：云和山的彼端》的结局更易被玩家接受，也更能让人感受到游戏所传达的积极向上的价值观。
《轩辕剑叁：云和山的彼端》重制版基于原作进行了全面优化与改进，然而也存在一些弊端。剧情上，原作发行于 1999 年，至今已有较长时间跨度，致使剧情稍显陈旧。对于追求新颖剧情的玩家而言，可能缺乏吸引力。画面方面，尽管重制版采用 Unity 引擎重制，但依旧是彻底的 2D 作品，仅进行了高清化处理，并非全面重制。字体偏小，人物形象亦不够精美，这些因素皆可能影响玩家的游戏体验。但实话来说，多年后还能重制，可见这款游戏在老玩家群体中的影响力。在很多玩家心中，这款作品应该是《轩辕剑系列》中最好的作品，没有之一。