严重违纪违法，被开除党籍、开除公职处分；收缴违纪违法所得；将其涉嫌犯罪问题移送检察机关依法审查起诉，所涉财物一并移送。作为中国体育历史上落马级别最高的官员，所有关于苟局在体育系统的“故事”与“事故”全部围绕着“奥运备战”和“中国足球”展开。
2016年10月底，苟仲文正式在总局走马上任。他任期里不光有东京奥运会，还有家门口的北京冬奥会这一重任在肩，这就决定了苟仲文上任后，肩负着带领中国体育“复兴”的重任。因此当他说出：“项目中心不拿金牌就没有存在必要，总局不拿金牌也没有存在的必要。拿金牌是总局的工作职责”时，就已经决定了，在他的任期里的工作重心，会极大程度的向奥运备战倾斜。
苟局长的第一个重大举措，是在东京奥运会周期和北京冬奥会周期里，大幅提高与奥运备战有关的支出，简单粗暴的说，就是砸钱。
2019年4月公布的《国家体育总局2019年部门预算》文件是这么写的：“国家体育总局2019年一般公共预算支出421097．72万元，比2018年执行数352662．72万元增加68435万元。2019年按不低于5％压缩培训支出、其他体育支出、宣传文化发展专项支出等非刚性、非重点项目支出，同时重点保障了与备战2020年东京奥运会和2022年北京冬奥会相关的体育竞赛、体育训练、体育场馆、体育交流与合作等支出。”
具体到体育训练方面，2019年预算数为145938．73万元，比2018年执行数增加22296．81万元，增长18．03％。主要是备战2020年东京奥运会和2022年北京冬奥会相关支出增加。
2020年6月公布的《国家体育总局2020年部门预算》文件提到了这么一段“在过紧日子的大背景下，与备战2020年东京奥运会和2022年北京冬奥会相关的费用得到了重点保障。在文化旅游体育与传媒(类)体育(款)体育训练(项)，2020年预算数约为21.34亿元，比2019年执行数增加了约5414万元，增长2.6%。《预算》说：“主要是备战2020年东京奥运会和2022年北京冬奥会相关支出增加。”
22年公布的《国家体育总局2021年度部门决算》文件来看，总支出45.12亿，光《奥运争光计划纲要保障》就达到了6.3亿。而奥运会前参加的各种国际比赛，还有8274万的支出。
大幅提高运动员津贴，让很多运动员可以安心备战。但是冬季项目从来就不是中国队的传统优势项目，在冬奥的109个小项目中，有1/3左右此前在国内就没有开展过，重新培养在时间上就不现实，于是，苟局长想出了“跨界跨项选材”和“归化”的主意。
为了实现上述两个目标，苟仲文提拔了一些官员落在执行岗位上，比如说前国家体育总局政法司副司长胡光宇、前国家体育总局奥运备战办原主任刘爱杰、前国家体育总局冬季运动管理中心主任倪会忠、前北体大校长、冰球协会主席曹卫东。也因为这几位“肩负重任”，他们在任期间，办公室门槛差点被商人踏破。
毫无疑问，“跨项选材”和“归化”这种特殊手段，短时间补强了中国奥运代表团的竞争力，但这种简单粗暴的手段，背后涉及了“培养费”、“安家费”等大量支出问题，以归化为例，中国体育此前并没有太多相关案例可供参考，操作归化本身花销又不够透明，这就很容易滋生腐败。
“跨界选材”也有类似的问题，苟仲文一手提拔的多位空降官员，在他之前就已经进去了。在已经结案的人员里，刘爱杰接受段暄的行贿，就涉及到跨界跨项选材。
至于官宣公告里的“权色交易”，让人怀疑江湖上那些“个别女运动员、女教练对苟仲文投怀送抱”的传闻的真实性。
当然，在苟仲文任期里一个冬奥一个夏奥，虽然钱砸了不少，至少成绩不错。而真正受苟仲文影响更深的，其实是中国足球。
苟仲文上任后，在体育系统改革的第一步就对准了两块阵地——足球和乒乓球！
当然，乒乓球家底雄厚，即便折腾来折腾去，到大赛还是能拿冠军。可基础本就薄弱的中国足球，被苟仲文折腾的可谓元气大伤。
比如，为了鼓励各队大力使用U23球员，苟仲文甚至在内部提出过U23球员进球算1.5个，只不过这一点过于违反足球规则，有可能会被FIFA重罚而被劝下来了。
但大多数他坚持推行的政策，比如U23政策、外援人数减少、引援调节费、国家集训队计划以及归化等等都还是成功“落地”。
面对很多违反足球规律的政策，蔡振华曾经拍着桌子反对，但苟仲文以迅雷不及掩耳的手段直接把蔡振华架空。
蔡振华淡出足协之后，杜兆才接替蔡振华成为足协一把手，以及总局分管足球副局长。
2018年，苟仲文一度想出了让国家队组队打联赛的馊主意，杜兆才对此强烈反对，最终因为各种原因，国家队打联赛被叫停。但苟仲文又想到了借壳打联赛的办法，最终也未能成行。
同样是在这一年，中国足坛开始了轰轰烈烈的归化工程。部分海外华裔回到中超效力，一些在中国呆了5年的老外开始成为中国人。
正当苟仲文准备用“归化”集团去冲击世界杯时，拿着尚方宝剑的陈戌源空降到足协，再次把他的算盘给打碎了。
两人的思路根本不一样，陈戌源前往足协还在过渡期里，就开始推翻了苟仲文时期的一些规定，比如说“U23政策从每场上3个改成保留一个在场上”，再比如说“引援调节费开始名存实亡”。陈戌源正式上任后，联赛的外援名额也开始增加。
整个苟仲文任期内，尽管国足世预赛上有关方面投入巨大，但各种资源并没有整合好，甚至内部思路完全没有延续性，前后任的想法甚至南辕北辙。最终，大年初一在陈戌源作为代表团团长领军出征，由苟仲文拍板的李霄鹏所执教国足输给越南，也正式拉开了这一波足球反腐乃至整个体坛反腐的序幕！