孙承宗离开辽东后，天启赐高第蟒衣玉带，令其以兵部尚书经略蓟辽。高第，字登之，万历十七年进士。此人官声很好，在任临颍县令、大同巡抚期间时因爱护军民广受好评。此次升迁却不是他本人意愿，甚至可以说高第很不情愿。因为孙承宗留给他的是个烂摊子。
这次孙承宗袭击耀州的行为打破了辽东战场上相持局面，辽东人人都认为后金很快就要报复。而柳河失败明军大量逃亡的事实，让辽东的军心民心涣散、士气低落，后金一旦大军逼近怕是又会不战而溃，形势堪忧。高第一时也不知该如何是好。
兵科给事中李鲁生建言，收缩兵力，撤离没有城防、城防薄弱的右屯、锦州等地，把军队集中在坚城宁远，深沟固垒、坚壁清野。高第接受了李鲁生的建议，于天启五年九月向关外发出谕令，要求前线各级将领从右屯、锦州等地撤离至宁远，囤积于各地的物资不能撤走的就地焚毁，以防备后金进攻。
高第准备先依托新建成的宁远城抵抗住后金的反扑，然后再根据形势决定后续怎么办。这个坚壁清野龟缩坚城的办法，对于当时的明军也是个办法，只要守住了宁远，起码可以让后金抢不到物资。然而一个很犟的“牛人”却把这个想法给搅黄了。
袁崇焕字元素，万历四十七年进士。为人性格暴躁，胆子很大（这是袁崇焕标志性的特征）。袁崇焕中进士时，萨尔浒的败讯也正好传到京师。袁崇焕闻讯后也是很悲愤，随后到处找常驻军旅的军士询问战斗的细节、请教边墙地区的军事情况，然后就以边才自许，立志要到辽东为帝国建功立业。
然后朝廷却将袁崇焕派到福建任邵武知县。天启二年，三年任满的袁崇焕回京述职。而这年正月，广宁陷落。袁崇焕每与友人谈及此事都痛哭流涕，同时发表了不少用兵见解。都察院御史侯恂觉得袁崇焕是个人才，就上书朝廷推荐袁崇焕。袁崇焕由此升为兵部职方司主事。升官后的袁崇焕也不打报告就一个人偷偷去了山海关并出关视察了半个多月，才回京。回京后就放出豪言：“予我军马钱谷，我一人足守此！”。
袁崇焕的豪言在朝廷一片悲观的氛围格外的显眼，很快朝廷就破格提升他为兵备佥事，派他至山海关协助经略王在晋。但是很快袁崇焕和王在京关键就闹僵了。王在晋觉得袁崇焕爱吹牛、沉不住气、易冲动，王在晋也很不喜欢袁崇焕老是把“我不惜命”挂在嘴边，曾训斥他：“性命与封疆孰重？！”
真正让两人矛盾激化的是，袁崇焕好像一点也不觉得王在晋是自己的领导，做事情我行我素。王在晋派他到前屯卫招抚流民，到了之后他却要求给他七千兵马驻守该地。前屯当时还是个小据点根本就容纳不了七千兵马，一旦后金来攻这七千人不是一哄而散就是要白白送命。王在晋自然是不同意，然而袁崇焕就杠了，执意要在前屯驻军，而且还要求把原定在八里铺修的新城改建到宁远，见王在晋不搭理，他就越级上报……孙承宗来了后，袁崇焕得偿所愿地建起了一座高大雄伟的宁远城，以兵备副使、右参政，驻守宁远。
九月末高第的命令传到宁远，袁崇焕断然拒绝，坚决不同意将各敌军民、钱粮向宁远及后方转移。他强调国家领土不可弃，锦州、右屯等地必须坚守，不能撤退示弱于蒙古、后金。并且信心满满的保证：“今只择能守之人分守大凌河、右屯，更令一员猛将守锦州，三城屹立，死守不移，且守且前，恢复必可”。在袁崇焕的坚持下，锦州、右屯等地一切照旧。
天启六年正月初五，高第收到情报，后金军将于十五日前后渡过辽河，目的是来右屯抢粮食。兵部尚书王永光要求高第马上勒令袁崇焕将宁远、前屯以东的城堡归并宁远。命令再次传到宁远，袁崇焕才意识到后金真的要来了，这个时候也不喊坚守了，下令锦州、右屯一带军民悉数撤退。
然而，时不我待，来不及了。由于事出仓促，等到锦州、右屯等地军民仓皇准备后撤时，后金已经大军压境，于是出现了“委弃米粟十余万，而死亡载途，哭声震野，民怨而军益不振”的悲惨景象。三十万石粮食就这样被努尔哈赤轻轻松松地收入囊中。
刑科都给事中陆文不无沉痛地上疏说：“右屯储米三十万石，本为军队续命之资，却白白地送给了敌人。”对于这样的重大失误，袁崇焕却有另一番巧妙无比的说辞。他向高第汇报说：“敌军倾巢入犯，将宁远视如案上鱼肉，他们到了锦州、右屯一带，不知我已先行撤入，以为我是溃逃，故而肆无忌惮地直抵宁远城下，已中我诱兵之计矣。”诱敌需要用三十万石粮食么？
很快努尔哈赤就率领五万左右兵马劫掠到宁远城下。努尔哈赤号称率大军二十万要求袁崇焕献城投降。大敌当前，袁崇焕召集满桂、左辅、朱梅、祖大寿、何可纲等，刺血为书，堵死城门，决心血战到底。宁远保卫战就此打响。
后金围攻三日后，努尔哈赤觉得宁远城防太过坚固，强攻只是耗费军力和粮草得不偿失就下命撤围。袁崇焕大为兴奋，派出使者嘲讽努尔哈赤：“将久横天下，今日败于小子，岂非数耶？”努尔哈赤没有理会袁崇焕，因为他还有事要做。屠刀就此落下，只不过不是落在宁远城。
觉华岛（现在叫菊花岛）位于宁远城东面，在孙承宗和袁崇焕眼里都有极其重要的地位。他们构建的关宁防线中，觉华岛与宁远形成犄角之势，互相拱卫。因其位于海中，又可利用后金无海军的弱点，将其建设为位于前线的大型物资囤积地和海路进攻的前进基地。
被孙承宗斥为“庸人”的王在晋却早已指出了觉华岛的隐患。辽东冬季渤海湾会封冻，冰封之下后金军无需船舶就可以轻易登岛，而觉华岛上却没有坚固的城防，怎么可能守得住？守不住又如何策应、拱卫宁远？要求至少在隆冬时节将觉华岛上的军民、物资转移进宁远。
袁崇焕却并不觉得结冰是个什么多大事情，他认为就算结冰，把冰凿破不就行了？（“讫近岛海岸，冰俱凿开，达贼不能过海”）袁崇焕非但没有撤回觉华岛上的人员、物资，反而将宁远城外龙宫寺的大部分粮食转运到觉华岛，同时严禁岛上数万军民撤离。
觉华岛面积有近十四平方公里，海岸线有几十里长，在那个没有现代化工具，滴水成冰的寒冬，这么大面积的凿冰，效果可想而知。人去凿冰的结果是凿了，转眼又冻上，再凿，再冻……岛上军民白耗体力不说，大量人员被冻死、冻伤。当努尔哈赤率领后金军登岛后，岛上军民的命运可想而知。觉华岛三万军民全部惨遭屠戮，船舶物资不能带走的全部焚毁（这次后金劫掠的物资远超他们出发时的预估，搬运用的车辆、人员不足，没法全部拉走）。宁远的袁崇焕有没有救援呢？没有。你要是硬说袁崇焕不知道后金撤围后去攻打觉华，那就是在笑话袁崇焕自许的边才了。
宁远保卫战就这么结束了。明帝国的战损是：右屯储粮三十万石被抢光；宁远以东全部屯、堡被焚毁；河东堡、笔架山、龙宫寺、觉华岛的囤积的粮草全部损失；觉华岛上三万余军民被屠尽；觉华岛战船、运输船共计两千余艘全部被焚毁。帝国的战果是：守住了宁远城，奴夷首级二百六十九颗，活夷一名，降夷十七名。无论你怎么计算，对明帝国而言这都是一次彻底的惨败。说守住宁远是战略上的胜利，这就是自我满足了。努尔哈赤此次进攻（包括后续很多次）目的就不是土地（光是河东的地他都发愁怎么管理使用），而是劫掠物资。这次抢完之后他就率军撤回辽阳了，堡垒城池一个也没有要。袁崇焕自己都不好意思拿这个向朝廷表功。觉华岛沦陷就足以定袁崇焕死罪了。
然而让袁崇焕没有想到的是，事情又有了巨大的逆转。因为帝国需要颜面，自萨尔浒以来，帝国都是节节败退。这次宁远没有丢失还有首级、俘虏进献。为了鼓舞士气，朝廷想将此战定性为大捷。
这个风声一传出，久经宦海的各级官员就心照不宣的行动起来。首先袁崇焕报告：“本月二十三日，大营达子俱到宁远扎营一日。至二十四日寅时攻打西南城角，城上用大炮打死无数。”你要问为啥首级、俘虏加起来也没三百，那是因为大炮威力太大，一炮糜烂数里，尸首都无法辨认了。接着山海关主事陈祖苞奏报：“二十四五两日，虏众五六万人，力攻宁远。城中用红夷大炮，及一应火器诸物，奋勇焚击，前后伤虏数千，内有头目数人，酋子一人。”在他们的基础上，高第又向朝廷追加上疏道：“丙子经略高第报，奴贼攻宁远，炮毙一大头目，用红布包裹，众贼抬去，放声大哭。”这前后呼应解释的合情合理。
朝廷接到辽东各级官员奏报后，先由兵部尚书王永光出来表态：“恢边胜筭以宁远为第一功，而灭奴要会以叙宁远为第一务，文武将吏从此立为脚，富贵功名从此发轫，皇上深嘉清野坚壁之伟伐酬报于前，而姑免失粮弃岛之深求策励于后。”然后内阁对王永光的奏疏票拟为：“虏遭屡挫，打死头目，此七八年来所绝无，深足为封疆吐气。关门既已无虞，宜亟发重兵，相机追剿，以收全胜。所获功次，一体优叙。”
是是而非的言语下，损失的几十万石粮食、数千船只、觉华岛上三万冤魂等等，似乎都不存在了。一场击毙奴酋的大捷就这么诞生了，不得不感慨读书人就是厉害。
天启也不会寒了臣子的心，批红加玺，是为宁远大捷。凭此功袁崇焕很快升任辽东巡抚，辽东开始步入袁崇焕的时代。