蒙古帝国崩溃之后，本部就逐渐分裂为了三个部分，分别是漠北喀尔喀蒙古（外蒙古），漠南蒙古（内蒙古）和漠西卫拉特蒙古。其中卫拉特蒙古在明朝史料中被称为瓦剌，他们在明英宗时期十分强盛，在土木堡之战中打垮了明朝50万的军队，还俘虏了明英宗。在明朝后期，漠南蒙古强大起来，卫拉特被迫西迁，因此称为漠西蒙古。卫拉特蒙古主要有准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部、杜尔伯特部四大部族，其中和硕特部是其盟主。
1635年，皇太极击败了漠南蒙古林丹汗，得到了蒙古黄金家族的传国玉玺，登上了蒙古大汗的宝座。此后，蒙古各部都宣称臣服于清朝，包括准噶尔部和和硕特部。此后，准噶尔部迅速强大起来，1675年，其首领噶尔丹击败了盟主鄂齐尔图汗，随后在1678年正式建立准噶尔汗国。准噶尔汗国的兴起对中亚和东亚的格局产生了巨大的影响，在准噶尔的压迫下，土尔扈特部被迫西迁到了伏尔加河一带，和硕特部东迁投靠清朝。准噶尔长期和俄罗斯勾结，向西和哈萨克汗国开战，向东向清朝争夺土地。
噶尔丹
此时的亚欧大陆正进入了跑马圈地的黄金时代。清朝和俄罗斯正在进行了人类历史上最壮烈的领土扩张的竞争。在1657年，俄罗斯把疆域扩张到了太平洋沿岸，随后不断向蒙古、中亚、西域扩张，而清朝也在17世纪后期完成了对汉地的统一。此后，双方的竞争就公开了。1688年，康熙在雅克萨之战中击败了俄国人，逼迫俄国人进行了谈判，划定两国疆界。然而在谈判过程中，葛尔丹却趁机出兵占据了喀尔喀蒙古地区，使得抵抗俄国的蒙古喀尔喀蒙古军撤回，导致沙俄占据了贝加尔湖以东地区。这一个突发的局势使得清朝不得不在谈判中让步。
1689年，清朝和俄国签订了《尼布楚条约》，随后康熙得以腾出手来专门对付葛尔丹。而噶尔丹出兵喀尔喀蒙古后，其后方却发生了分裂。策妄阿拉布坦由于受到噶尔丹攻击，于是割据自立。噶尔丹无法击败策妄阿拉布坦，于是试图向东扩张。1689年，噶尔丹率领大军长驱直入，从西域不远万里来打清朝。这件事情彻底激怒了康熙，立即进行全面战争准备，并且向俄罗斯交涉，要求其不能干预。随后康熙亲率10万大军分五路进攻噶尔丹，双方大战于乌兰布通，这是东亚第一场大规模的热情兵器战争。最终，清朝的重型火炮攻陷了葛尔丹设置了“驼城”，葛尔丹失败。
乌兰布通之战，使得葛尔丹元气大伤。随后，策妄阿拉布坦也率领军队从后方进攻噶尔丹，葛尔丹两面受敌。1695年，噶尔丹再次出兵喀尔喀蒙古，康熙再次御驾亲征。这次战役，葛尔丹的3万铁骑难敌康熙的20万军队，而策妄阿拉布坦也趁机夺取哈密，切断其退路。最终，噶尔丹在1697年3月服毒自杀。葛尔丹是蒙古历史上最著名的人物之一，他的野心是建立一个统一的黄教蒙古国。可惜，他遇到了更厉害的康熙。
葛尔丹去世后，策妄阿拉布坦（简称策妄）成为了准噶尔汗国的大汗，他向康熙表示臣服，双方迎来了暂时的和平局面。此时的准噶尔汗国开始向哈萨克汗国进攻。1699年，准噶尔击败了哈萨克汗国，使其分裂为了大玉兹、中玉兹和小玉兹三个汗国，并均臣服于准噶尔。同时，策妄又出兵和俄罗斯交战，使得俄罗斯在中亚的扩张一度停滞。这时期的准格尔汗国已经进入了顶峰，可是他偏偏又惹怒了康熙。
康熙
这个得从西藏说起了。西藏是黄教的圣地，葛尔丹是经过喇嘛的册封才正式建立汗国的。1642年，青海一带的和硕特汗国攻入了西藏，统一了整个青藏高原。而和硕特汗国也属于卫拉特蒙古的一部，但是其首领却宣布臣服于清朝。1707年，策妄秘密支持西藏的桑结嘉措发动对和硕特汗国的反叛，结果遭到和硕特拉藏汗的镇压而失败。1717年，策妄派台吉大策凌敦多布率6000军军队从伊犁长驱直入攻占了拉萨，灭和硕特汗国。随即，1718年，清朝也出兵西藏，被策零顿多布击败。1720年，康熙再次派遣三路大军出发，最终将准噶尔的势力赶出了西藏。此后，康熙皇帝命令驻守喀尔喀地区的军队进攻准噶尔，一直打进了乌鲁木齐，并屯田于吐鲁番。此时，哈萨克汗国也开始进攻准噶尔，策妄面临四面楚歌，做好了最坏的打算，准备逃亡俄罗斯。
康熙初期的疆域
就在关键时刻，康熙去世了，随后驻守在西藏的西域的军队纷纷撤回。1722年，雍正继位，而雍正对大将军胤禵实施了终身圈禁，并进行了大规模的清洗，导致雍正前期的军事衰落。此后策妄又重振旗鼓，于1723年支持罗卜藏丹津在青海发动叛乱，但是很快也被清朝给平定。1724年，雍正在青海设置西宁办事大臣，随后又在1728年设置了拉萨办事大臣，将青藏纳入了清朝的版图。在康熙去世不久，策妄也于1727年去世，其子噶尔丹策零继位后，清朝和准噶尔的战争也从青藏高原再次向漠北转移。
康熙时期帝国疆域
从1729年到1734年，雍正和噶尔丹策零在漠北进行了4场大规模的交锋，分别是科舍图之战、和通泊之战、鄂登楚勒之战和光显寺之战。在前面几次战役中，双方互有胜负，僵持不下，而光显寺之战是双方的大决战。1732年，噶尔丹策零率兵3万绕开清军驻地，直接进攻喀尔喀蒙古。而清军得知消息后，突袭噶尔丹策零的营地，双方大战其中，最终噶尔丹策零惨败而归。此次战役后，准噶尔和清朝议和，双方在1734年签订了和平协议，规定两大帝国以漠北杭爱山为界，以东属清，以西属准噶尔。
和平协议签订后，双方在30年的和平。1745年，噶尔丹策零去世，其子策妄多济那穆扎勒即位，他是准噶尔汗国历史上第一位昏君。他在位期间，荒唐不理政务，并且引发准噶尔的内乱，这场内乱时间十分长久，使得汗国元气大伤。而此时的俄罗斯也试图消灭准噶尔，将其吞并，哈萨克也磨刀霍霍，准备分一杯羹。如果清朝再不出手，准噶尔将被俄罗斯占据。
1754年，阿睦尔撒纳率领2万余人投奔清朝，乾隆认为消灭准噶尔汗国的时机已经成熟，因此决定出兵西域。1755年，乾隆调集五万兵，分两路向准噶尔进攻。一路由乌里雅苏台出发，由于准噶尔混战已久，当地的各大部族都希望清军能够实现地区的和平，于是纷纷投降。很快，准噶尔汗国就宣告灭亡。
乾隆
准噶尔汗国灭亡后，清朝最初决定在此进行分封，将准噶尔汗国分为四部分，其中投降于清朝的阿睦尔撒纳也是其中一汗。然而阿睦尔撒纳随后又试图统一准噶尔，重建准噶尔汗国。乾隆皇帝得知后，重新分封四大汗国，准备第二次远征西域。1757年，清朝军队再次进攻伊犁，阿睦尔撒纳各部纷纷叛乱，投降于清朝。于是清军轻而易举就占据了伊犁，阿睦尔撒纳逃亡俄罗斯。
准噶尔灭亡后，但是南疆地区还未纳入清朝的版图。南疆地区本来是察合台汗国的土地，后来被叶尔羌汗国取代。在叶尔羌汗国后期，国内存在着两大宗教势力，分别是黑山派和白山派，其首领叫做“和卓”。1680年，白山派在葛尔丹的支持下驱逐了黑山派，实现了对叶尔羌的宗教控制。1692年后，叶尔羌汗国内乱不止，准噶尔汗国趁机吞并了叶尔羌汗国，将白山派的大和卓波罗尼都小和卓霍集占囚禁。清朝灭准噶尔汗国只是，大小和卓被释放，并表示臣服于清朝。然而，大小和卓在回到南疆之后，就反叛清朝。1757年，清朝军队开始进入南疆平叛，到1759年，大小和卓之乱被平定，南疆纳入清朝的版图。
平定大小和卓
平定大小和卓是清朝统一中国战争的最后一役，使天山南路复入中国版图。西域平定后，乾隆改名为“新疆”，意思为“故土新归”，1762年，清朝正式在新疆设置了伊犁将军，并进行了一定程度的改土归流。此后哈萨克、浩罕、布哈尔、安集延、巴达克山、爱乌罕（阿富汗）、博洛尔、乾竺特（坎巨提）等部落都臣属于中国。中亚被纳入了清朝的势力范围。
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