“黄花塘事件”后，针对饶漱石和陈毅之间产生的严重矛盾，毛泽东决定暂时让两人分开，电示陈毅来延安，他在给陈毅的电报中这样说道：
“我们希望陈来延安参加七大。前次你们来电要求以一人来延，那时我们不知你们间不和情形，现既有此种情形，而其基本原因，因为许多党内问题没有讲通。如陈来延安参加七大，并在此留住半年左右，明了党的新作风及应作重新估计的许多党内历史上重大问题......如对此问题充分明了，则一切不和均将冰释，并对党有极大利益”。
根据毛泽东的指示，陈毅于1943年11月25日启程，经过近百日数千里的行程，辗转来到延安。
本来，陈毅一见到毛泽东，除要全面汇报华中抗战总体形势外，当然还想向毛泽东倾诉“黄花塘事件”挨饶漱石整的问题。但毛泽东却先给陈毅“浇了冷水”，对他说：“如果你谈三年游击战争的经验，谈华中抗战的经验，那很好，我可以召集一个会议，请你谈3天3夜。至于与小饶的问题，我看还是不要提，一句话也不要提。关于这件事，华中曾经有个电报发到中央来。这电报在，如果你要看，我可以给你看，但是我看还是暂时不要看为好”。
陈毅是个讲政治、讲原则的人，见毛泽东这样一说，他马上回复说：“那我就不看，华中的事也就不谈”。
毛泽东则说：“我欢迎你这个态度”。
之后，陈毅便一直留在延安，参加整风，参加七大的准备工作，参加外事工作，参加毛泽东交待的一些特别工作。尤其值得一提的是，陈毅被选定为七大“军事报告的起草人”。这使得陈毅在延安期间一直处于比较忙的工作状态。
随着时间的推移，随着对一些问题看法的不断深化，随着与毛泽东的接触越来越多，陈毅在延安期间的思想认识不断提高。毛泽东在给陈毅的一封回信中这样表扬陈毅：“你的思想一通百通，无挂无碍，从此到处是坦途了”。
《陈毅传》这样称：“15年前，他在闽西同毛泽东等的交往和在上海同周恩来等的讨论中，曾获得了他思想上的一次飞跃。15年后在延安，他又在毛泽东为首的中共中央帮助下，获得了第二次飞跃。一年以后，陈毅回到华东，有人问及他对毛泽东的印象，他说：毛泽东进步太大了，我是望尘莫及”。
“七大”闭幕后不久，抗日战争胜利后，全党又投入到了新的对国民党的斗争当中。此时，对于陈毅的工作安排问题，中央和毛泽东作了审慎的研究，曾一度考虑过派他去东北，但最终还是觉得他对华中的情况更熟悉，最后还是决定派他回华中。为此，毛泽东专门找陈毅进行了谈话。
对于回到华中工作，尽管陈毅心理早有思想准备，但他还是顾虑重重，最主要的当然就是和饶濑石的关系问题。于是，陈毅向毛泽东坦诚地说道：“回华中去恐怕没有事做，不起作用”。
对于陈毅的顾虑，毛泽东当即对陈毅说道：“怎么不起作用，只要你坐在那里就起作用”。
于是，陈毅答应下来，并向毛泽东表态说：请中央放心，回华中后一定把工作搞好。
就在陈毅飞离延安的第二天，中央便发了封电报给华中局：“陈毅同志昨日飞抵太行，转赴华中。陈态度很好，一切问题均谈通。分工：饶为书记及政委，陈为军长及副书记，其余不变”。