张献忠攻入成都时，清军在吴三桂的引领下已经入关4个月了，李自成的大顺军撤离京师后还在苦守山西，因崇祯帝的3个皇子下落不明，南京的明朝遗老遗少们拥立小福王朱由崧监国，后正式称帝，是为南明弘光政权。彼时的中国，至少有三大势力互相角逐、抗衡，天下正处于一片混乱中。
但张献忠未能抓住这几个月的宝贵时间，他虽然也在成都建立了政权，但却没能夯实自己的统治基础，因认知局限 、加上小农所特有的鼠目寸光，他不仅不安抚民心，反而因为恣意妄为，残忍嗜杀而失尽了人心，也彻底摧毁了维护自己统治所必需的经济基础。
西南明朝残余力量因为张献忠大西政权不留余地地杀降灭俘政策而被迫进行殊死抵抗，并与远在江南的南明福王政权取得联系， 旋即获得了正统地位；（铁马冰河wu）四川各地稍有力量的豪强、缙绅，也纷纷出资组建民团，试图用武力对抗残暴的大西军。
纵观张献忠在巴蜀之地的所作所为，可说骨子里仍然是个彻头彻尾的“流贼”，他的谋士里也有几个明白人，譬如他任命的文华殿大学士汪兆龄就曾劝他建立自己的根据地，他也一时心血来潮尝试了几次，但骨子里的“流寇基因”使他浅尝遏止，这位草莽枭雄内心信奉的是其昔日亲密伙伴罗汝才嘴里常念叨的流寇理论：
“吾等横行天下为快耳，何专土为”！《绥寇纪略》
所以张献忠只擅长破坏，而不会经营、建设。这也注定了他终究成不了大事。
张献忠在明末清初那个兵燹遍地、动荡不宁的纷乱时代里，绝非一个具有平天下、治天下素质的领袖人物。他最喜欢采取的手段就是杀人，而只会滥杀无辜的人，即便你已经称王称帝，是不会获得老百姓衷心拥戴的。
李自成麾下的文官领袖牛金星曾评价张献忠说：
“（张敬轩）势虽强，不过为他人驱除耳”！《怀陵流寇始终录》
张献忠攻陷重庆后，稍作休整即向成都进军，仅留少量兵力驻守山城。防守长江一线的明军将领曾英率军尾随其后，旋即展开进攻，于1645年初一举收复重庆，四川东部的明军溃卒和难民纷至沓来归附曾英，重庆一时间成为川东抵抗张献忠集团的桥头堡。
对此，攻取成都后建立大西政权的张献忠当然无法容忍。1645年2月间，张献忠派麾下悍将刘文秀率3万兵马再次攻打重庆，大西军进抵合川后，占据多功城为大本营。多功城是南宋军队为抵抗蒙元而构筑的堡垒要塞，在今天的重庆时渝北区辖地内。
18日，刘文秀在多功城兵分两路，陆路进攻佛图关，水军则顺江陵江而下，对重庆城形成夹攻之势。曾英事先已经得到情报，先派人将城中的老弱妇孺护送到涪州，只留精锐部队据城固守，准备与刘文秀决一死战。曾英还派部将于大海率偏师防守嘉陵江水路 ，在沙坪坝龙门两侧构筑工事，严防死守，另遣部将张天相扼守佛图关，抵御大西陆路军，他再三叮嘱于、张二将，只须死守，不得出战，只要把刘文秀的水陆二军牢牢钳制住就算大功一件。
部署妥当后，曾英亲率500骁骑，用布裹马蹄，绕道潜至多功城下，旋即发起猛攻。刘文秀轻敌，疏于防备，明军轻骑迅速突入关内，多功城被一举攻破，断了大西军后路。
曾英攻破多功城后，取一面大西军旗让军士扛着，率部沿嘉陵江疾驰，与于大海军会合后猛攻刘文秀主力，一场激战于沙坪龙门一带展开。
这场战事发生在重庆沙坪坝和石门之间一段江面上，江中有两座石矶，将嘉陵水路一分为三，在此处下游，还有一片鹅卵石滩涂，这片石滩长达数里伸入江中，在2月枯水季，与嘉陵江南岸仅间隔数十米。
于大海用竹笼装满鹅卵石，沉到江中形成堰坝，并用铁链横截南北，截断了嘉陵江水道，他自率明军水陆在石矶上和两岸设防阻击大西军。刘文秀率兵到此后，遭明军猛击，顿兵不下，进退不得。曾英率数百骑兵伪装成大西军，从刘文秀背后发起突袭，于大海也趁机挥军从水、旱两路发起夹击，刘文秀军四面受敌，大败亏输，士兵被打死、落水溺毙者难计其数，舰船被明军焚烧、击沉殆尽。刘文秀带水路残军仓惶而逃，将士折损过半，船只尽毁。
曾英乘胜又挥军与大西军陆师鏖战于亭溪，再次大获全胜。刘文秀3万大军仅剩不足两千人 ，刘带余众狼狈退回成都。这是张献忠挥师入川 以来遭受的最大一次失败。