抗日战争全面爆发后，国共两党开始合作抗日。南方八省的红军游击队改编为新四军，陕北一带的红军主力改编为八路军。但改编的过程并不顺利，过去双方在战场上拼杀多年，现在却突然要握手言和，这么大的转变，不少人一时之间难以接受。
而且在改编的过程中，一些国民党部队还背信弃义，借着改变谈判的机会，对下山的红军游击队进行包围和袭击，这更加剧了改编的难度。一些游击队吃过亏之后就再也不相信改编了，比如赣东北工农红军游击大队。当时国民党部队派人上山通知游击队的领导人杨文翰和裴月山下山接受改编，共同抗日。
杨文翰对国民党的话并没有全信，为了保险起见，他派了一支先头部队下山，并说自己率领其余的人马随后就到。结果游击队的先头部队刚下山，就遭到了国民党军队的伏击，数十名队员全部英勇牺牲。这件事之后，杨文瀚就再也不相信合作抗日了，带着部队一直在山里坚持斗争。
1943年春季，国民党调集重兵对赣东北工农红军游击大队进行围攻，游击队苦战后失利，杨文瀚也被敌人杀害。除了赣东北工农红军游击大队之外，还有一支红军游击队也没有接受改编，一直战斗到了1940年，这就是巴山游击队。1935年春季，红四方面军全部主力离开川陕根据地发起了嘉陵江战役。
那么四方面军的主力为何要离开辛辛苦苦开创起来的川陕根据地呢？有人说是为了策应中央红军长征，这种说法当然是正确的，但却并不是唯一的原因，而且我个人认为也不是最主要的原因。因为要策应长征中的中央红军的话，完全不用把全部主力八万人都拉出去。
道理很简单，四方面军当时的主要任务是策应，完成这个任务出动一半兵力就足够用了。八万人全部拉出去，老家还要不要了？事实上四方面军当时的做法还真是就不要川陕根据地这个老家了。自从川陕根据地创建后，就一直在和川军作战，虽然四方面军取得了反三路围攻和反六路围攻的胜利，部队也壮大到了八万之众。
但这些战斗都是在根据地内进行的，连年不断的战争严重破坏了根据地内的经济，粮食产量更是直线下降。反六路围攻胜利后，四方面军的主力扩充到了8万余人，再加上一些脱产的干部，根据地内的老百姓要供养将近十万人的吃穿，已经完全负担不动了，至少需要数年时间的休养生息才能恢复元气。
在这种情况下，四方面军不得不离开川陕根据地，以寻找新的落脚点。主力全部撤出之前，时任红四方面军总政委的陈昌浩和时任川陕省游击总指挥的周纯全等人经过商议后，决定成立巴山游击队，留在老区坚持游击战争。1935年2月，巴山游击队正式成立，下辖三个大队。
其中第一大队主要是由红31军政治部特务队改编而成的；第二大队由红31军92师277团3营9连改编而成；第三大队则是由红4军12师36团1营2连为主改编而成的。这三个大队加在一起，总兵力达到了300余人，对外称游击独立师，原红36团1营教导员刘子才任师长，赵明恩任游击师宣传部长。
红四方面军主力撤离川陕根据地之前，陈昌浩专门接见了刘子才和赵明恩，交给二人的任务是“坚持川陕边游击战，争取革命最终胜利。”主力离开后，川陕根据地被敌人占领，地主恶霸组成的“还乡团”对红军家属和进步群众进行了疯狂的迫害，并扬言“石头要过刀，茅草要过火”。
敌人的暴行激起了红军游击队的极大愤慨，由于兵力有限，不能正面和敌人硬拼，刘子才就带领游击队以夜袭、伏击和奔袭等战术打击敌人，取得了不俗的效果。同时游击队还处决了一些民愤极大的地主恶霸，沉重打击了“还乡团”的嚣张气焰。根据地内的老百姓得知游击队还在活动并不断打击敌人的消息后，心中也有了底气。
战斗之余，刘子才和赵明恩还组织战士们帮助老乡们干农活，春种秋收。有了粮食，老乡们的基本生活就有了保障。为了支持游击队，不少老乡把自己的孩子送到了部队里。到1935年年底的时候，巴山游击独立师由成立之初的300余人发展到了1200多人，进入了鼎盛时期。
游击队的发展壮大引起了敌人的恐慌，胡宗南多次调集重兵前来围攻。1936年上半年，敌人出动数个团的兵力对游击独立师进行围攻，由于战术不当加上指挥失误，游击独立师经过两个多月的苦战后遭到重大损失，仅剩下65人。战后负有领导责任的刘子才被撤职，降为炊事员，其职务由赵明恩接替。
在赵明恩的带领下，巴山游击队以灵活多变的战术继续坚持和敌人斗争。一年后，游击队的兵力就恢复到了600多人，并建立了以南江县桃园为中心，纵横300里的游击根据地。不久后抗日战争全面爆发，延安先是派何孝林来到巴山游击队，通知赵明恩率部离开桃园前往延安参加抗日。
但赵明恩对何孝林不熟悉，也不相信他说的话。无奈之下，何孝林只得返回延安汇报。1937年冬季，延安又派出了在四方面军担任过团长的王正坤前来和赵明恩联系。王正坤装扮成商人，经过数个月的艰苦辗转后终于找到了赵明恩，向他传达了中央的指示，并出示了相关的文件。
但赵明恩仍不愿意下山，坚持要陈昌浩的命令或他的亲笔信，并坚称当时陈昌浩给自己的命令是“坚持川陕边游击战，争取革命最终胜利。”，因此他表态没有陈昌浩的命令，自己不能下山。王正坤无奈，只得返回延安，途中被国民党特务逮捕并关进了监狱，延安也由此失去了和巴山游击队的联系。
之后赵明恩带着游击队一直坚持和敌人斗争。1938年秋季，蒋军出动7000多人对巴山游击队进行围攻，并制定了“空山清野、放水捉鱼、筑碉囤粮”三条毒计。敌人强行命令老百姓从山里面迁出，并在进山的主要路口设置哨卡，用这种办法隔断了游击队和老百姓的联系。
这样一来，游击队的后勤补给就成了难题，处境日益艰难。在困难面前，时任副营长的管业元叛变投敌。为了邀功请赏，他专门给敌人带路，对游击队进行疯狂的围攻。1940年3月，仅剩下数十人的巴山游击队转移到碑坝山的时候陷入了敌人的重围当中。
经过苦战后，大部分队员英勇牺牲，赵明恩率通信班长杨芝芳等4人突出重围，在猪槽沟休息时，被杨芝芳杀害，年仅30岁。刘子才突围后，化名陈机匠，以纺纱织布为掩护，联络失散的游击队员。
1940年5月，他不幸被捕，当时他的身份并未暴露，此时叛徒杨芝芳指认了刘子才，很快他就被敌人杀害，年仅28岁。至此巴山游击队在坚持了5年的游击战争后遭到失败，全军覆没。1959年，巴山游击队的叛徒杨芝芳在南江县被枪决。