1949年春，国民党军主力已被歼灭，国民党当局一面策划撤逃台湾，一面在华东、中南、西南和西北等地区作“应变部署”：预留大批特务和党政军骨干分子，妄图推行所谓“游击计划”，建立“大陆游击根据地”，等待时机配合台湾国民党军队反攻大陆。
他们开办“游击干部研究班”，培训土匪特务武装的领导骨干；将原来的军管区、师管区、团管区及保安旅取消，分别编为潜伏的“游击总队”或“支队”；积极网罗旧官僚、恶霸地主、反动军官和反动会道门成员，有计划地组织匪特武装；与此同时，大批残兵散卒和形形色色的地主武装、地痞流氓也或聚集为匪，或转化为匪。他们多则数千人、少则几十人，互相勾结，形成一股股猖獗的反动势力。
1949年夏秋，上述四地区的匪势已开始形成。他们占据着各省的结合部、偏僻山区和沿海岛屿，疯狂进行危害人民、颠覆新生政权的破坏活动。因此，从1949年5月到1953年底，人民解放军在继续完成解放全中国任务的同时，遵照中共中央和中央军委的战略部署，相继在华东、中南、西南和西北的新解放区，进行了大规模的剿匪斗争。各剿匪部队在广大人民群众的支援下，经过长期艰苦奋战，共歼灭土匪和武装特务260多万人，谱写了新中国剿匪斗争的光辉篇章。
东南沿海匪患严重，毛泽东数次批示
1949年春，当人民解放军准备横渡长江之时，国民党当局为延长其反动统治，阻止我大军南进，有计划、有组织地建立所谓“敌后第二战线”，其“国防部”拟订了“敌后游击计划大纲”，并针对不同地区作了不同部署。因此，当我人民解放军渡过长江，进军福建后，从胶东半岛到闽南的东南沿海地区，匪乱暴起，匪患成灾。他们占山为王，夺岛为窝，陆匪、海匪相互配合，十分猖獗。
据统计，1949年底，东南沿海地区仅陆上就有土匪11.3万多人，其中山东省有3000余人，江苏约有8600人，浙江有4.7万人，福建有4万多人，安徽有1.5万人。
众多土匪的存在危害着新中国的建设，影响着人民生命财产的安全。如皖北大别山区的土匪曾盘踞金寨县城，公开与新生的人民政府对抗。浙江省的于潜、开化县政府和所属区、乡政府，被土匪袭击达百余次之多。东南沿海地区遭土匪捕杀和暗杀的军政人员有数百名之多。疯狂的土匪还破坏公路、桥梁，袭击过往汽车、船只，煽动群众抗粮、抢粮，使我发展解放战争的胜利和新政权的建设都受到很大影响。
与此同时，退逃到海岛上的国民党军残部更是变本加厉，一边派遣特务潜入大陆，直接操纵各土匪武装，一边派飞机轰炸沿海城市，破坏我生产建设，并给土匪壮胆鼓劲。
对江南等新解放区可能出现的匪情，中共中央和中央军委是早有预见的。毛泽东在1949年3月召开的中共七届二中全会上指出，南方解放后，地方党组织和人民解放军要在乡村中有步骤地展开清剿土匪的斗争。同年，在渡江战役胜利后不久，毛泽东又指出：“剿匪是肃清残余反动力量的一个重要部分，又是保障实施各种政治、经济、文化、国防建设的先决条件。”
针对东南沿海地区的具体匪情，毛泽东在1950年11月17日发给陈毅、饶漱石的电报中指出：“闽浙两省剿匪工作极为重要，特别是福建匪患，必须使用四、五个主力师用全力穷追猛打、限期肃清。”
1951年2月26日，毛泽东在给叶飞的《关于继续肃清福建一切股匪》的电报中说：“在清匪斗争中，对于一切为民众痛恨的匪首惯匪及恶霸，必须在人民同意下坚决迅速地处以死刑，是为至要。”只有采取坚决镇压的政策，“群众才能翻身，人民政权才能巩固”，“才能从根本上降低匪焰，伸张正气”。后来，毛泽东主席还曾多次批示，这些批示对华东的剿匪作战起到了重要的指导作用。
陈毅受命坐镇南京，华东剿匪全面展开
东南沿海地区的严重匪患极大地阻碍了人民解放战争的进程和新生政权的建设，因此，从1949年5月起，华东军区和第三野战军先后投入5个军部、19个师、1个旅又15个团和海军部分兵力，展开了剿匪作战。
为加强工作的统一指挥，经毛泽东主席同意，中共华东局和解放军华东军区决定，陈毅驻南京主持剿匪工作，华东局和华东军政委员会亦逐渐将一部分支前机关分驻南京。华东地区的剿匪作战由此拉开帷幕。
1950年8月，华东军区召开剿匪工作会议。会议总结了前一段剿匪作战的经验教训，确定了剿匪的总方针，即军事政治双管齐下，把军事清剿和政治攻势、剿匪和反霸、清剿陆匪和清剿海匪、长期驻剿和分散清剿紧密结合起来，以军事镇压配合政治攻势，军队与地方齐头并进。要灵活运用奔袭、合围、伏击、搜捕等战术，坚决执行“首恶必办、胁从不问、立功受奖”的原则，争取多数，打击少数，利用矛盾，各个击破。
9月，针对当时福建境内的股匪最为猖獗的情况，华东军区决定，将福建境内的剿匪兵力由8个团增加到12个团。各剿匪部队以主要兵力打击主要股匪，以少量兵力、地方武装和民兵对付小股土匪，点面结合，突击清剿。
毛泽东主席同样关注着华东的剿匪作战，1950年11月27日，他电告华东军区，命令福建前线早已整装待发的中国人民解放军推迟进攻台湾的门户——金门的时间，决定前线所属各部队立即就地转入剿灭福建境内土匪的作战，同时增派5个师的兵力进入福建，加强福建境内剿匪部队力量，务于6个月以内剿灭福建全省一切大小土匪。
在中央军委和毛泽东主席的领导下，华东军区大大加强了剿匪作战的力量、在重点剿灭福建省内土匪的同时，其他省区的剿匪工作也全面展开。华东军区的剿匪斗争从1949年5月三野南进开始，到1953年底基本结束，历时4年多，共歼灭陆匪、海匪24.6万多人。
军事打击与政治攻势相结合，五省一市陆上大剿匪
华东地区，当时包括山东、浙江、福建、江苏、安徽和上海，其中匪患最严重的是福建省，遵照毛泽东和军委的作战部署，华东军区的剿匪作战重点选择在与台湾毗邻的福建省，以求得打蛇七寸、先声夺人的奇效。与此同时，安徽、江苏等省的剿匪斗争亦次第展开。
福建军区剿匪部队在押解俘虏
福建。1949年10月，我军正在进行漳厦战役，因此，剿匪兵力较薄弱，剿匪重点也多在产粮区及交通干线两侧。但由于这一时期的土匪组织指挥不统一，易于寻找弱点，所以我清匪兵力虽少，歼匪数量却甚大，到11月底，已歼匪1.3万余人。然而，受到我军沉重打击后的土匪，在活动方式上有所改变，从以城镇活动为主转入流窜于乡村之间，从到处游击变为建立匪巢，从公开对抗转为蔽扰，加上台湾当局不断派遣武装匪特在沿海登陆、入内地以加强土匪武装的统一指挥，因此，到后来，剿匪部队虽积极清剿，但收效甚微，土匪反而越剿越多，1950年底比1949年底增加了1万多人。
针对匪患日益严重的局势，依据中央军委和华东军区的指示，福建军区大力加强了剿匪力量和对剿匪作战的领导，迅速扭转了被动局面。下面记述的是几次较大的剿匪作战。
1950年10月5日，第32军第95师第283团得到情报，在福建建瓯县梨山和莲花山地区有两股土匪活动。该团立刻以7个连的兵力奔袭该敌，经过激烈交战和反复搜剿，共歼灭土匪90多人，击毙匪首“闽浙赣前线突击司令部”第4师少将师长郑长吉。同年11月，第29军第85师第253团，联合福建龙岩军分区警备团，对活动在汀东与清宁交界的主要股匪“中国人民自由军闽粤赣边区总司令部”进行19天的连续搜剿，消灭土匪400多人，活捉了由台湾派遣来大陆的匪首中将总司令唐宗。
福建军区剿匪部队在进行搜山
1951年1月，福建军区会同浙江、江西两省的部队，组织了对闽、浙、赣三省边界地区股匪的联防会剿。匪患严重的福建浦城、泰宁、德化、长汀所在军分区，与邻近省、县组成4个较大的联防区，对参与这一地区剿匪的5个团、6个营、12个连和28个县独立营，实行统一指挥，使土匪无路可逃，陷入重重包围之中。翌年2月，股匪“福建人民反共救国军第八纵队”遭我军搜剿，在其司令廖其祥带领下，该股土匪逃到福建将乐、泰宁两县交界的盖竹洋大山。
我追剿部队第287团第3连组织了19勇士，化装成便衣人员，翻山越岭，找到匪窝一个大山洞。班长金道谟不顾生命危险冲上去堵住洞口，经过激烈交火，当场击毙外逃的3个土匪大队长、1个中队长，打伤其情报参谋和上校军需参谋。匪首廖其祥被打伤后滚下数丈高的悬崖逃跑，金道谟及其战友没有丝毫犹豫，也随即纵身跳下，奋勇追击。在我军全力追剿下，廖其祥在逃亡途中死亡，其他土匪全部被俘虏。班长金道谟同志为此被华东军区授予“剿匪模范”的称号，他的英雄事迹也在剿匪部队中广泛传扬。
与加速军事进剿相配合，我剿匪部队还发动了强大的政治攻势。1950年9月，第32军第96师第287团2连和4连，在清剿股匪“闽浙赣前线突击司令部特务团”时，将土匪严密包围在一个小村庄里。我剿匪部队没有立即发动猛攻，而是组织工作组进村宣传剿匪政策，发动匪属和已降土匪做瓦解工作。在剿匪部队的军事压力和政治宣传的影响下，土匪团长林保才被部下打死，林保才的妻子和20多名土匪抬着他的尸体向剿匪部队投降。
福建军区剿匪部队向国民党残敌发起进攻
10月中旬，该师第286团在发动清剿的同时，多方开展政治工作，在6天内瓦解7股土匪，争取“闽北自救军第二支队”副支队长以下140人携枪投降。剿匪部队通过细致周密的政治工作，争取和瓦解了大批土匪武装。
到1951年中旬，福建境内股匪基本上被消灭，毛泽东于1951年2月和4月，两次致电嘉勉福建剿匪部队。
安徽。安徽北部的大别山区，也是匪患十分严重的地区。土匪以团为单位，四五百人或一二千人聚集在一起，明火执仗，公开活动。他们占据金寨县城，使之成为鄂豫皖交界地区的匪特老巢，土匪还在此设立“皖北长官公”，主任为汪夷。因此，大别山区也就成为我军清剿的重点。
参加剿匪的第24军第71师及华东军区兵团，在湖北军区的统一指挥下，与中南军区匪部队密切配合，从1949年9月6日起，分兵向金寨地区进行清剿，第213团1个班的战士，化装行动，在杨家滩一带俘获9名土匪，从中获得大量特情。我剿匪部队据此制定了作战计划，对土匪进行猛攻。至7日，第211团主力占领金寨县城，生俘土匪80多人，金寨县城区“区长”兼金寨支队第1团团长陈云溪率50余人投降。
匪首汪宪的左膀右臂——“淮河支队”司令岳岐山，率200多人仓惶出逃，后经剿匪部队连日追剿，除个别匪特漏网外，皆被歼灭。对溃散的土匪，我军进行梳篦式的逐村搜剿，并发动群众开展政治攻势，宣传剿匪政策，动员土匪家属劝降。匪首汪宪的妻子被说服后，带领剿匪部队将汪宪活捉。此战，我军共剿灭土匪3200多人，皖北土匪的指挥机构被我军彻底粉碎。
浙江。浙江为华东地区匪患仅次于福建的省份。1949年8月约有土匪4.7万人，尤以浙赣线附近最多，并在浙皖交界处频繁活动。剿匪部队根据匪情，首先以杭徽公路两侧为重点进行剿匪作战。
1949年9月2日，天刚蒙蒙亮，参加贵池地区剿匪的第221团，以少数部队控制要点，主力分6路对石棣以西的股匪老巢进行拉网合击。4日，各路合击部队联络行动时，突然遭到股匪袭击，经剿匪部队全力反击，俘虏10余名土匪。从审讯中得知，我方失利原因是土匪窃取了我剿匪行动计划。因此，第221团改变原定作战方案，6日分3路合击匪巢，土匪闻风逃窜。后经认真查明匪情，精心运用战术，终于歼灭了贵池地区的主要土匪。
土匪在我剿匪部队的强大攻势下，变得狡猾起来，他们行踪不定，经常转移，为我歼灭大股土匪带来困难。第73师主力在浙西山区两次合击股匪“皖浙边区游击队”，都未成功。剿匪部队改变战术，以小部队分散进剿，主力集结机动，组织群众，了解匪情，在1950年8月中旬全歼该股土匪，击毙纵队司令徐振东，生俘副司令徐建中。
浙江全省从8月至11月歼灭土匪1.4万人，连同7月以前剿灭的2.9万人，共歼匪4.3万人，基本上摧毁了浙江全省的大股土匪武装。
1950年8月，华东军区又抽调第22军第65、第66师，分别进驻浙江省穿山半岛和象山半岛地区剿匪，第23军第67师进驻浙江天台地区剿匪。年底统计，全年取得歼匪3.6万多人的重大战绩。
江苏。江苏的苏北地区因解放较早，已无大股土匪。而苏南地区曾是国民党长期的军事、政治、经济中心，反动势力的基础较坚固，加之地形复杂，河溪湖沼极多，给剿匪工作带来巨大困难。
1949年4月底，我军渡江进入苏南后，苏南军区即开展了剿匪工作。5月中旬，歼灭土匪“江苏联防支队司令部”1800多人，到5月底，共歼散匪3800多人。7月，苏南军区以苏州军分区为基础，会同华东军区海军炮艇部队组成太湖剿匪司令部，剿灭太湖地区的土匪。剿匪部队的官兵们经过一段时间的作战实践，总结出许多湖泊地带作战方法。如张网捕鱼（即两面佯攻，另一面猛追猛打，将敌赶入我主力伏击地区一举歼灭）、袋形兜剿、化装袭击等，收到明显效果，到8月底，共歼匪2400多人。
苏州军分区还在第20军的协助下，继续剿灭了苏州至上海铁路沿线地区的土匪。据1949年12月统计，苏南歼匪共7000多人。1950年上半年，苏南剿匪部队再接再厉，歼灭股匪“苏皖军区第三纵队”，活捉了土匪司令刘子贻。
在华东其他省进行大剿匪的过程中，山东和上海市则主要进行了消灭反革命、打击潜伏特务和清剿零星散匪的活动，这对于巩固新生政权和发展生产建设起到了重要作用。
海战陆战攻岛战，浙闽海域绝匪患
华东地区东临黄海、东海，是我国最主要的渔业生产基地，沿海的大小岛屿，更是海上运输的通道和门户。我军解放华东后，盘踞在浙江、福建海域和长江口外40多个岛屿上的1万多名海匪，在台湾当局的指使和支持下，不断进行海上袭扰和登陆破坏活动，给沿海地区的群众安全、海运和渔业生产造成严重的威胁。仅1951年，海匪就抢走渔船110艘，抓走渔民800多人。
华东军区为剿灭海匪，组织海军舰艇部队，配合各沿海地区海防巡逻队，在海上与海匪进行了殊死斗争。1951年上半年，海防巡逻部队在海上与海匪作战33次，歼灭海匪369人，俘获匪船26艘。海军剿匪部队在1951年内，单独进行海战30多次，歼匪246人，还配合陆军歼灭海匪298人，消灭匪船52艘。
剿匪部队多次渡海登岛消灭海匪。1949年11月，我军进剿浙江沿海的洞头、状元岙、高塘、南田等岛上海匪，歼匪300余人。1950年6月初，淞沪警备区第98师以4个营的兵力，在华东军区海军6艘舰艇的配合下，联合进剿长江口外的嵊泗列岛和崎岖群岛的海匪，歼灭海匪近千人。6月中旬，在海军炮艇大队配合下，第21军第186团2个营进剿披山，歼灭“浙东人民反共救国军瓯江指挥部”及“瓯江总队”480人，活捉海匪林森。6、7两个月中，华东海防部队共剿灭岛上海匪2200多人，解放了10多个岛屿。
蒋军退往海上
退踞海岛的海匪受到沉重打击，为逃避在狭小区域被全歼的厄运，纷纷登陆窜扰。华东军区针对出现的新情况，对登陆之匪进行分区围歼。仅1951年1月间，全区就击溃和歼灭登陆海匪120股，消灭海匪1500多人。从1950年夏季至1952年底，华东沿海地区军民先后阻歼登陆内窜的大小海匪370多股。
面对我剿匪部队的节节胜利，台湾国民党当局在1950年10月重新整编了浙江、福建沿海土匪，妄图与我军争夺沿海岛屿。为打破敌人的企图，解放军继续以主力部队进剿岛上海匪。12月，在海军配合下，第22军第190团和第193团各一部进剿了南韭山、檀头山岛的股匪，歼匪316人。浙江军区的部队从1950年10月7日开始，对占领洞头岛的海匪先后实施4次打击，歼匪2700多人，击毙“浙江保安纵队”少将副司令兼“浙南行署”主任王云沛，并于次年1月解放了洞头岛。
从1950年6月至1953年底，东南沿海剿匪部队共歼灭海匪7800多人，解放岛屿50多座。这一战果巩固了海防，保证了海上运输和渔业生产的安全，也为一江山岛登陆作战的胜利和解放大陈岛奠定了基础。