东晋与西晋虽然都是司马氏建立的“晋”，但两晋似乎对晋的历史根源认同有明显的不同。这种不同，主要体现在究竟是晋朝的正统来自于哪里？
西晋毫无疑问则把魏朝作为正统，西晋的皇位来自于曹魏皇帝的禅让，属于合法合理的从魏朝继承正统地位。东晋则似乎忘记了有魏存在，直接从汉过渡到晋。他们把蜀汉上升到比曹魏更高的地位。
东晋时期撰写的一本史书叫《汉晋春秋》，专门记述东汉、三国到西晋灭亡这段的历史，他的记述和历代史书记述有很大区别，他们以蜀汉为正统，但却把三国中最强最被认可的正统曹魏作为“篡逆”来对待。这就出现了最奇葩的情况：偏居一方的蜀汉成为了正统，处于中原拥有绝对实力的曹魏，则被定义为不是法理的存在。
《汉晋春秋》让汉朝和晋朝“无缝衔接”，虽然《汉晋春秋》不是后世确立的二十四史，但是能够流传下来，足见其影响力，也说明在当时是有一定认可的，更反映了南渡士大夫的态度。说通俗点，这些人要给东晋找一个正统和偏安的理由。
西晋尊曹魏为正朔，这是非常正常的。司马炎的皇位来自于曹魏末代皇帝曹奂的“禅让”，曹魏皇位则是来自于汉献帝刘协的“禅让”。禅让其实都是假的，谁会愿意放弃天下之尊的位置呢？只不过是没有办法的办法。禅让虽然不真实，但是符合法理，也就是说在手续上合理。
换句话说，过去的皇帝做了很多代了，不合法也是合法的了，不合理也是合理的了。只要前朝的皇帝和后来的皇帝履行个禅位手续，谋朝篡位都是合法的了。过程都是虚的，只有结果是实。不断推辞的篡位者都是在演戏，他要是不想做皇帝，不会有臣子一而再，再而三的撺掇，有人有心，才有人敢做，所以禅让就是为了效仿上古贤德的君主，采取的平和权力移交的方式。唯一的好处就是不需要流血。
八王之乱，使得司马家几代人的努力付诸东流，关外各族入关，晋朝失去了队广大北方地区的统治，只能偏居在南方。虽然后来的晋被普通的国要大，但也已经失去了在中原地区的正统地位，成为了不伦不类的存在。八王之乱后的晋朝，已经不是当初司马懿子孙三代稳固下来的天下。偷来的天下，被自己的子孙给败光了一半，这其实也挺讽刺的。还有一部分皇族和贵族南渡，和南方的地主阶层结合在一起，恢复了晋朝，就是东晋。东晋和西晋皇帝的血缘关系要到司马懿这，其实联系已经不算多了，但还算是晋朝。
东晋属于承继于西晋，姑且不考虑司马睿出身的传闻，东晋肯定是要确立西晋的正统位置，但是必须要确保自己存在合理。东晋要找一找历史上和谁最像，其实应该是蜀汉，他们是想成为东汉的，可惜差距太大。东晋不能公开尊蜀汉，尊蜀汉，意味着曹魏得位不正，则西晋得位不正，西晋都不正了，东晋算什么呢？因此，蜀汉被尊崇，仅限于士大夫阶层，东晋小朝廷还不敢这样做。
中国历史上类似于东晋这样的情况很多，只要能够称皇帝的，都不太可能尊别人为正统，把自己算做一个割据势力，当然赵构既可以当宋朝的皇帝，也可以做金朝的臣子。除了赵构，再弱的皇帝，也要为自己坐天下找理由，没有正统，意味着龙椅做的不实在，别人不信服。
同样，那些士大夫也是有自尊心的，主子得位不正，自己的身份也不合适。没有人说，我是某某伪朝廷的臣子，这不符合读书人的清高。明知道，自己效力的是偏安的小朝廷，也有找个理由说自己是正统。
没有了魏朝，就失去了晋朝存在的正统。晋朝是汉朝禅让的或者是蜀汉禅让的？都不是，晋朝和汉朝就没有直接联系，蜀汉是被曹魏灭掉的，而后晋朝的开国皇帝司马炎才接受曹魏皇帝曹奂的禅让，建立晋朝。没有曹魏，晋朝从哪里来的呢？
东晋再怎么掩盖偏安的事实，再怎么树立正统地位，也不是正统。一句话，凭实力说话，弹丸之地，再说自己是正统正根，也没有人信，地盘小、人口少、实力弱，谁认你是正统呀，何为正统，实力就是正统，实力就是地位。